Nguyên tắc: là phương pháp tách chiết nucleic acid dựa trên sự hấp thụ của nucleic acid với các hạt silica. Trong môi trường nồng độ cao của các tác nhân như guanidine thyocyanate, các nucleic acid sẽ gắn vào các phần tử silica hay thủy tinh. Phương pháp này được phát triển đầu tiên bởi Boom vào năm 1989. Ưu điểm của nó là ít độc hại cho người thao tác, quy trình đơn giản, nhanh, hiệu suất tách chiết khá cao, nguy cơ nhiễm ít [10], [18], [26].
Cách pha các dung dịch được sử dụng trong tách chiết RNA theo Boom như sau: Dung dịch Silica
+ 6g Silicon dioxide vào 50 ml H2O đã khử trùng trong falcon.
Lắc đều, sau đó để yên 24h ở nhiệt độ phòng.
+ Loại bỏ 43 ml và tái huyền phù trong 50 ml H2O. Để yên trong 5h. Sau đó loại bỏ 44 ml H2O. Thêm 60 µl HCl pH2.
+ Phần Silica còn lại được chia vào các eppdorf 1,5 ml. Hấp khử trùng và trữ trong tối.
Dung dịch rửa
+ Dung dịch L6: Cân 24g GuSCN (guanidine thyocyanat) vào
hoàn toàn. Sau đó thêm 4,4 ml EDTA 0,2 M pH 8 và 0,5 ml Triton X-100 (Calbiochem). Trữ trong tối.
+ Dung dịch L2: cân 24g GuSCN (guanidine thyocyanat) vào
falcon 50 ml. Cho vào 20 ml Tris-Cl 0,1 M pH 6,4. Trữ trong
tối.
+ Ethanol 70%: 35 ml Ethanol + 15 ml H2O.
Quy trình tách chiết RNA (Boom):
- Cho 900 µl dung dịch L6 và 40 µl silica vào eppendorf 1,5 ml. Vortex cho
đều.
- Thêm 100 µl huyết thanh vào. Vortex ngay khoảng 5 giây. Để yên 10 phút
ở nhiệt độ phòng. Vortex 5 giây. Li tâm ở 13.000 vòng/phút trong 15 giây. Loại bỏ dịch nổi.
- Rửa tủa hai lần bằng dung dịch L2, hai lần bằng ethanol 70 % và một lần bằng acetone.
- Làm khô ở 560C trong 10 phút.
- Thêm 50 µl DEPC. Vortex kĩ (5 giây). Ủ 10 ph ở 56 0C. Vortex 5 giây và li tâm ở 13.000 vòng/phút trong 2 phút.
- Thu dịch nổi chứa DNA và RNA.
Chú ý:
- Cách rửa tủa: cho 1 ml dung dịch rửa tủa. Vortex cho tủa tan hoàn toàn. Li tâm 15 giây ở 13.000 vòng/phút . Loại bỏ dịch nổi.
- Silica rất khó vortex cho tan hoàn toàn. Vì vậy cần sử dụng máy vortex với tốc độ mạnh.