mới chỉ được quy định có tính nguyên tắc tại một số điều
Từ trước khi Việt Nam tham gia WTO và gia nhập Công ước Kyoto sửa đổi; Hải quan Việt Nam đã chú trọng việc nội luật hóa hệ thống các cam kết quốc tế trong lĩnh vực hải quan. Bước chuyển biến rõ nhất trong việc nội luật hóa và thực hiện các chuẩn mực về thủ tục hải quan là khi ban hành Luật Hải quan sửa đổi và các văn bản hướng dẫn. Luật đã định hướng chuyển từ hoạt động quản lý từng giao dịch sang quản lý các doanh nghiệp xuất nhập khẩu theo CMQT, tạo khung pháp lý cho việc hiện đại hóa quản lý hải quan; trong đó hầu hết các cam kết trong khuôn khổ WTO đã được nội luật hóa và tổ chức thực hiện như các quy định về xác định trị giá hải quan, quy tắc xuất xứ, quy định về minh bạch hóa, phí và lệ phí hải quan, hài hòa hóa đơn giản hóa thủ tục hải quan... Về các chuẩn mực của Công ước Kyoto sửa đổi thì theo đánh giá của chuyên giá Gói thầu khuôn khổ pháp lý thuộc Dự án hiện đại hóa hải quan, về mặt pháp lý; Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn đã tuân thủ với 106 chuẩn mực và chưa tuân thủ 15 chuẩn mực của Phụ lục tổng quát Công ước Kyoto sửa đổi (theo kết quả rà soát của chuyên gia gói thầu khuôn khổ pháp lý thuộc Dự án hiện đại hóa hải quan tại Báo cáo cuối cùng ).
Liên quan trực tiếp tới thực hiện thủ tục hải quan điện tử, Luật Hải quan sửa đổi 2005 đã nội luật hóa một số chuẩn mực quan trọng, cụ thể:
Khai hải quan, nộp hồ sơ hải quan, các chứng từ có liên quan bằng phương tiện điện tử; tiếp nhận, xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan (Điều 16, 17, 22, 28 Luật Hải quan).
Khai báo trước: Quy định tại Điều 22 Luật Hải quan thể hiện nội dung của tờ lược khai.
Hiện đại hóa hải quan: Điều 8 Luật Hải quan quy định về thực hiện giao dịch điện tử và thủ tục hải quan điện tử, theo đó:
Chính phủ quy định cụ thể về hệ thống tiêu chuẩn kỹ thuật trao đổi số liệu điện tử, giá trị pháp lý của chứng từ điện tử phù hợp với quy định của pháp luật về giao dịch điện tử, trách nhiệm, quyền hạn của cơ quan hải quan các cấp, cơ quan nhà nước hữu quan, tổ chức, cá nhân hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh trong việc thực hiện thủ tục hải quan điện tử .
Qua nội dung liên quan tới thủ tục hải quan điện tử quy định tại Luật Hải quan sửa đổi 2005 và các văn bản hướng dẫn ta có thể thấy:
Các nội dung liên quan tới thực hiện thủ tục hải quan điện tử mới chỉ được quy định có tính nguyên tắc tại một số điều. Hiện chưa có quy định cho quy trình tự động hóa và nội dung hướng dẫn thực hiện thủ tục hải quan điện tử;
Một số chuẩn mực về thủ tục hải quan mang tính hỗ trợ trực tiếp thực hiện thủ tục hải quan điện tử thì phần lớn thuộc nhóm chuẩn mực chưa tuân thủ với Phụ lục tổng quát, Công ước Kyoto sửa đổi hoặc đã được quy định trong hệ thống pháp luật hải quan nhưng chưa đầy đủ và thực hiện với mức độ nhất định (ví dụ như các chuẩn mực về khai báo trước, thông quan trước, doanh nghiệp ưu tiên, bảo lãnh...). Bên cạnh đó một số quy định còn được xây dựng, hướng dẫn thực hiện khác với chuẩn mực (một ví dụ điển hình là theo Công ước; thông quan và giải phóng hàng, nộp thuế mặc dù là những nội dung có liên quan chặt chẽ với nhau nhưng đây là những nội dung tương đối độc lập. Việc Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn quy định nội dung thông quan bao gồm cả giải phóng hàng và nộp thuế làm ảnh hưởng trực tiếp tới tốc độ thông quan hàng hóa)...
Một số nội dung đã tổ chức triển khai trên thực tế (ví dụ: quản lý rủi ro) nhưng lại chỉ mới đề cập có tính chất nguyên tắc ở Luật. Điều này dẫn tới hậu quả là không có những bảo hộ pháp lý cần thiết cho cơ quan hải quan, cán bộ công chức hải quan khi thực hiện nhiệm vụ.
Đặc biệt Luật Hải quan thiếu hẳn quy định về vai trò của cơ quan hải quan trong tạo thuận lợi thương mại đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh- quy định làm nền tảng quan trọng cho việc giảm chứng từ và các hoạt động tạo thuận lợi thương mại khác.
Về tổ chức thực hiện các quy định liên quan tới thực hiện thủ tục hải quan điện tử: Trừ nội dung liên quan tới quản lý rủi ro đã được tổ chức thực hiện ở mức độ nhất định, hầu hết mới ở bước đầu triển xây dựng các hệ thống công nghệ thông tin, mức độ tự động hóa còn rất hạn chế, giao dịch giữa hải quan với doanh nghiệp về cơ bản vẫn dựa trên giấy tờ.
Thủ tục hải quan điện tử trong giai đoạn thí điểm hiện nay thực hiện theo Thông tư số 222/2009/TT-BTC của Bộ Tài chính, quá trình thực hiện nảy sinh nhiều vấn đề liên quan đến các cơ quan, tổ chức cần phải có văn bản pháp lý có hiệu cao hơn để công tác phối hợp, giải quyết các vấn đề vướng mắc lớn, cụ thể xây dựng Nghị định của Chính phủ hướng dẫn về thủ tục hải quan điện tử.
Tóm lại, về cơ bản thủ tục hải quan điện tử đã có hệ thống các văn bản quy phạm pháp luật thuộc các lĩnh vực: giao dịch điện tử, công nghệ thông tin, thủ tục hải quan, thủ tục thuế... làm cơ sở pháp lý cho việc thực hiện thủ tục hải quan điện tử thí điểm. Thực tế thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử từ năm 2005 đến nay đã đạt những thành công nhất định, trở thành yếu tố thúc đẩy quá trình thực hiện cải cách thủ tục hành chính nói chung, thủ tục hải quan nói riêng nhằm đáp ứng yêu cầu hội nhập kinh tế quốc tế và nâng cao hiệu quả hoạt động của bộ cơ quan nhà nước, theo đó thể hiện cơ quan hải quan là một trong cơ quan đi đầu về cải cải thủ tục hành chính. Tuy nhiên, cũng qua thực tế thí điểm hệ thống pháp luật về thủ tục hải quan điện tử vẫn còn để "nhiều khoảng trống" chưa được điều chỉnh,
làm ảnh hưởng đến hiệu quả của thủ tục hải quan điện tử đem lại không đạt được như mục tiêu đề ra. Điều này, đòi hỏi cần phải có giải pháp để hoàn thiện pháp luật về thủ tục hải quan điện tử.