Có thể nói triển khai thủ tục hải quan điện tử ở mức độ cao ngoài nỗ lực của ngành Hải quan, sẽ liên quan đến các khâu thủ tục hành chính và sự cải cách hiện đại hóa của các cơ quan chức năng có liên quan.
Thực tiễn việc tham gia của các ngành trong quá trình triển khai thực hiện thủ tục hải quan điện tử chưa thực sự đáp ứng với yêu cầu đòi hỏi của quá trình hiện đại hoá hải quan. Chắng hạn như khi xây dựng chương trình xử lý dữ liệu phục vụ cho thủ tục hải quan điện tử thì gặp phải khó khăn rất lớn về công tác mã hoá hàng hoá đối với những loại hàng hoá thuộc danh mục hàng hoá phải quản lý về chính sách mặt hàng do các Bộ, ngành ban hành chưa chuẩn hoá; hệ thống đường truyền nối mạng giữa cơ quan Tổng cục với các đơn vị Hải quan chưa đảm bảo; vấn đề kết nối trao đổi thông tin giữa cơ quan hải quan với kho bạc, ngân hàng, các nhà vận chuyển, hoặc cơ quan quản lý cảng chưa thường xuyên hoặc còn thiếu dẫn tới thông tin phục vụ cho hoạt động nghiệp vụ của hải quan chưa tốt.
Bên cạnh đó, doanh nghiệp còn chưa thực sự yên tâm về lợi ích do cải cách phát triển và hiện đại hoá hải quan đem lại cho hoạt động xuất nhập khẩu hàng hoá; tư duy và cách thức làm việc vẫn theo phương thức cũ ngại thay đổi; thậm chí không muốn thay đổi vì ảnh hưởng đến cách thức làm ăn có thể gian lận được khi làm theo kiểu cũ nên việc ủng hộ của doanh nghiệp đối với quá trình hiện đại hoá chưa nhiều ảnh hưởng đến việc thực hiện mục tiêu đề ra.
Vì vậy, bên cạnh yêu cầu thiết yếu đầu tiên của quá trình thực hiện thủ tục hải quan điện tử là ngành Hải quan phải có hạ tầng cơ sở thông tin đủ mạnh đáp ứng được yêu cầu thu thập và xử lý thông tin đa dạng, cơ quan hải quan cần có sự phối hợp thực hiện chặt chẽ với các Bộ, ngành có liên quan và các tổ chức, hiệp hội doanh nghiệp nhằm không ngừng tạo thuận lợi cho hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, đồng thời đáp ứng yêu cầu nâng cao chất lượng quản lý hải quan. Cụ thể, đó là sự phối hợp đặc biệt với Bộ Công thương, Công an, Giao thông vận tải... để liên kết thông tin điện tử, tạo cơ sở dữ liệu điện tử giúp cơ quan Hải quan xử lý được các thông tin phục vụ việc làm thủ tục hải quan (chẳng hạn như: giấy phép, tiêu chuẩn
chất lượng, các chế độ quản lý hạn ngạch…) cũng như công tác quản lý Nhà nước về hải quan. Trao đổi dữ liệu điện tử với các hãng vận chuyển, cảng vụ, đại lý và các cơ quan cấp phép để tiếp nhận thông tin về hàng hóa, hành khách trước khi phương tiện vận tải nhập cảnh; Xây dựng quy chế phối hợp giữa Hải quan - Biên phòng để thu thập thông tin phục vụ công tác chống buôn lậu, vận chuyển hàng trái phép qua biên giới; cơ chế hợp tác ba bên Hải quan - Kho bạc - Ngân hàng để đảm bảo thông tin kịp thời cho hoạt động nghiệp vụ và thông quan hàng hóa...
Mức độ tự động hóa của hệ thống thông quan điện tử còn phụ thuộc nhiều vào việc chuẩn hóa, mã hóa danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu phải quản lý, tuy nhiên thông tin về chính sách mặt hàng do các Bộ, ngành quản lý còn chậm ban hành và chưa chuẩn hóa. Vì vậy, cơ quan Hải quan cần thông báo các Bộ, ngành hoàn thiện việc chuẩn hóa dữ liệu để nâng cao mức độ tự động của hệ thống. Đề nghị Bộ tiếp tục có ý kiến về việc chuẩn hoá danh mục hàng hoá do các Bộ chuyên ngành quản lý theo danh mục H/S (có thể đưa ra đề xuất nếu Bộ, ngành nào chưa hoàn thiện thì không thực hiện việc quản lý đối với hàng hóa thuộc diện quản lý của Bộ ngành đó)
Sự phối hợp chặt chẽ của các cơ quan liên quan cùng với sự hưởng ứng của doanh nghiệp sẽ tạo ra bước ngoặt mới trong lĩnh vực thủ tục hải quan, tạo tiền đề thuận lợi cho quá trình hội nhập quốc tế, chuẩn bị các điều kiện để triển khai cơ chế một cửa quốc gia và một cửa ASEAN theo cam kết quốc tế.