Thông điệp dữ liệu điện tử hải quan là những thông tin được tạo ra, gửi đi, được nhận và được lưu trữ bằng phương tiện điện tử để thực hiện thủ tục hải quan điện tử. Như vậy, để đẩy mạnh thực hiện thủ tục hải quan điện tử thì điều đầu tiên yêu cầu là hệ thống thông điệp dữ liệu điện tử phải được chuẩn hóa một cách chính xác nhất. Có như vậy thì cơ quan Hải quan mới có thể nhận được thông tin từ phía doanh nghiệp tham gia hải quan điện tử cũng như truyền đi các thông tin về quyết định của mình.
Để hệ thống thông quan điện tử có thể xử lý thông tin một cách tự động, yêu cầu về việc chuẩn hóa các thông tin nội tại của hải quan cũng như các thông tin về cơ chế điều hành xuất nhập khẩu từ các Bộ, ngành và các cơ quan liên quan là rất cao. Đối với các thông tin nội tại, Tổng cục Hải quan có thể chủ động chuẩn hóa để đưa vào hệ thống. Tuy nhiên, các thông tin đến từ các Bộ, ngành và các cơ quan liên quan khác, do vẫn chưa được chuẩn hoá dẫn đến nhiều công đoạn trong quá trình thông quan vẫn phải xử lý thủ công (như biểu thuế, chính sách quản lý mặt hàng XNK...), chính vì vậy, cần yêu cầu các Bộ, ngành hoàn thiện việc chuẩn hóa danh mục hàng hóa thuộc diện chính sách mặt hàng và thực hiện cấp giấy phép cho hàng hóa theo mã số, tạo điều kiện thuận tiện cho quá trình thực hiện thủ tục hải quan điện tử. Trước mắt những Bộ, ngành đã chuẩn hóa danh mục mặt hàng thuộc diện chính sách mặt hàng thì đưa vào hệ thống để cảnh báo cho cán bộ hải quan lưu ý khi kiểm tra tiếp nhận bộ hồ sơ hải quan.
Hơn nữa, hệ thống mạng cần phải đảm bảo thông suốt thì các quá trình truyền và nhận thông điệp dữ liệu điện tử mới được kịp thời và chính xác.