Thủ tục hải quan điện tử là thủ tục hải quan được thực hiện bằng các thông điệp dữ liệu điện tử thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan. Trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan điện tử, chứng từ hải quan điện tử chính là những căn cứ pháp lý chứng minh cho cơ quan hải quan sự tham gia của doanh nghiệp cũng như mức độ tuân thủ của doanh nghiệp đối với quy trình thủ tục hải quan điện tử.
Tùy theo từng quy trình thủ tục hải quan điện tử sẽ có các yêu cầu cụ thể về bộ chứng từ hải quan, có thể là chứng từ ở dạng điện tử hoặc ở dạng văn bản giấy. Các chứng từ hải quan kèm theo tờ khai hải quan điện tử tạo nên bộ hồ sơ hải quan điện tử. Bộ hồ sơ hải quan điện tử cần phải đảm bảo sự toàn vẹn, có khuôn dạng chuẩn và có giá trị pháp lý như hồ sơ hải quan giấy. Một trong những căn cứ xác nhận giá trị pháp lý của bộ hồ sơ hải quan điện tử chính là chữ ký điện tử. Đây là một nội dung được quy đinh tại Nghị định số 27/2007/NĐ-CP ngày 23/2/2007 của
Chính phủ về giao dịch điện tử trong lĩnh vực tài chính. Theo đó, cơ quan tài chính hoặc tổ chức, cá nhân có tham gia giao dịch điện tử trong hoạt động tài chính với cơ quan tài chính phải sử dụng chữ ký số (một dạng chữ ký điện tử được tạo ra bằng sự biến đổi một thông điệp dữ liệu sử dụng hệ thống mật mã không đối xứng). Nghị định cũng qui định các chứng từ điện tử được sử dụng trong giao dịch điện tử phải đáp ứng đủ các yêu cầu về quản lý nhà nước, phù hợp với qui định của pháp luật đối với các chuyên ngành về tài chính và phải có đủ chữ ký điện tử của những người có trách nhiệm. Đồng thời theo quyết định số 25/2006/QĐ-BTM về qui chế sử dụng chữ ký số của Bộ Thương mại, mọi văn bản điện tử được ký bằng chữ ký số có giá trị pháp lý tương đương văn bản giấy được ký và đóng dấu.
Như vậy việc công nhận giá trị pháp lý của các chứng từ điện tử đồng nghĩa với việc giảm tối đa các giấy tờ hành chính, là một trong những yêu cầu cơ bản quyết định thành công của hải quan điện tử. Chính vì vậy cơ quan hải quan cần chủ động nghiên cứu đề xuất, trình cấp có thẩm quyền ban hành các quy định pháp luật cho phép hình thành các cơ chế pháp lý của việc trao đổi dữ liệu điện tử, thanh toán điện tử, chứng từ điện tử. Theo đó, cần ban hành các văn bản pháp quy quy định về tính pháp lý của chứng từ điện tử cũng như của chữ ký điện tử trong hoạt động hải quan. Cần đặt ra yêu cầu chứng từ hải quan điện tử phải được lập ra theo đúng khuôn dạng điện tử do hải quan tạo ra, trên đó có đầy đủ các chỉ tiêu thông tin cần thiết và tuân thủ theo các quy định của Luật Giao dịch điện tử và Nghị định số 27/2007/NĐ-CP. Đồng thời khuôn dạng của chứng từ hải quan điện tử, các danh mục dữ liệu chuẩn sử dụng trên chứng từ và các dạng mẫu biểu theo quy định phải được cơ quan hải quan xây dựng một cách đầy đủ và chuẩn xác kèm theo hướng dẫn sử dụng cụ thể, rõ ràng, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp khi tham gia thủ tục hải quan điện tử.