Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan sẽ do một tổ chức cung cấp dịch vụ truyền nhận dữ liệu điện tử (C-VAN) xử lý. Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử là một hệ thống thông tin do Tổng cục Hải quan quản lý tập trung, thống nhất, được sử
dụng để tiếp nhận, lưu trữ, xử lý và phản hồi các thông điệp dữ liệu điện tử hải quan để thực hiện thủ tục hải quan điện tử. Đây là một hệ thống phức tạp, đòi hỏi những giải pháp cụ thể, hữu hiệu từ các công ty phần mềm lớn. Nếu hệ thống xử lý dữ liệu điện tử được xây dựng chỉ với mục đích truyền và nhận dữ liệu điện tử giữa cơ quan hải quan và doanh nghiệp tham gia thủ tục hải quan điện tử thì vấn đề sẽ không quá khó khăn. Tuy nhiên, yêu cầu đặt ra là hệ thống phải nhận thông điệp dữ liệu điện tử, xử lý các thông điệp đó để đưa ra các quyết định thông quan cuối cùng trên cơ sở áp dụng kỹ thuật quản lý rủi ro. Có thể nói hệ thống xử lý dữ liệu điện tử là toàn bộ hệ thống quy trình thủ tục hải quan điện tử hiện nay. Chính vì vậy, để có thể lựa chọn được đơn vị cung cấp hệ thống xử lý dữ liệu này là một vấn đề không đơn giản.
Giải pháp tổng thể triển khai C-VAN cho mục tiêu lâu dài sẽ bao hàm việc xác định, hướng dẫn vai trò, chức năng, nhiệm vụ của C-VAN về mặt pháp lý cũng như xây dựng một lộ trình triển khai phù hợp. Lộ trình này có thể tiến hành song song với việc triển khai dự án Hải quan trong khuôn khổ dự án lớn về triển khai thương mại điện tử của Chính phủ do Bộ Công thương làm đầu mối.
Để triển khai tiếp C-VAN và nâng cao trách nhiệm của C-VAN trong việc đảm bảo tính toàn vẹn, chính xác, đầy đủ và kịp thời của thông tin khai hải quan điện tử, xin đưa ra đề xuất thuê dịch vụ C-VAN và cơ quan Hải quan sẽ trả phí. Kinh phí có thể lấy trong khoản lệ phí hải quan. Tổng cục Hải quan cần phải có sự phối kết hợp chặt chẽ với các công ty phần mềm, cụ thể ở đây là công ty FPT, để xây dựng một hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hoàn thiện và chuẩn xác, hoàn chỉnh hệ thống phần mềm phù hợp với điều kiện thực tế. Đồng thời cơ quan Hải quan cần đưa ra các quy định ràng buộc trách nhiệm đối với cơ quan xây dựng phần mềm như:
+ Áp dụng đúng các quy định về định dạng dữ liệu khi truyền thông tin đến cơ quan Hải quan;
+ Cập nhật kịp thời để đảm bảo tương thích khi có các bổ sung, thay đổi định dạng dữ liệu của cơ quan Hải quan;
+ Có trách nhiệm bảo đảm bí mật về tên, mật khẩu và các thông tin có liên quan đến việc khai hải quan từ xa được cơ quan Hải quan cấp. Nghiêm cấm các hành vi xâm hại làm hư hỏng hệ thống máy tính và dữ liệu của cơ quan Hải quan.