Thực hiện hải quan điện tử là một yêu cầu không thể thiếu trong nội dung tạo thuận lợi cho thương mại, nhất là khi nước ta đã tham gia tích cực vào quá trình hội nhập kinh tế quốc tế. Hệ thống thông tin của ngành hải quan hiện nay ở dạng phân tán, thiếu liên kết, thiếu đồng bộ. Để thực hiện hải quan điện tử cần phải có một mô hình hệ thống thông tin hoàn chỉnh, hợp nhất các cơ sở dữ liệu và các luồng thông tin. Hải quan điện tử ra đời nhằm giải quyết bài toán đó.
Trên cơ sở lộ trình cải cách hành chính, hiện đại hóa hải quan và dựa trên Luật Hải quan sửa đổi được Quốc hội khóa XI, kỳ họp thứ 7 thông qua tháng 5/2005, đồng thời từng bước cải cách hoạt động nghiệp vụ hải quan theo hướng phù hợp với chuẩn mực của hải quan hiện đại trong khu vực và thế giới; chuyển đổi từ thủ tục hải quan thủ công sang thủ tục hải quan điện tử để góp phần đẩy mạnh cải cách hành chính trong ngành hải quan, giúp cho ngành Hải quan nước ta tương thích với Hải quan các nước trong khu vực và phù hợp với tiến trình hội nhập. Cho đến nay, Tổng cục Hải quan đã triển khai thực hiện thủ tục hải quan điện tử qua 02 giai đoạn:
3.2.1.1. Giai đoạn 1: Triển khai thí điểm hẹp thủ tục hải quan điện tử (từ tháng 10/2005 đến tháng 11/2009).11/2009).11/2009).11/2009).11/2009).11/2009). 11/2009).
Từng bước cải cách hoạt động nghiệp vụ hải quan theo hướng phù hợp với chuẩn mực của hải quan hiện đại trong khu vực và thế giới; chuyển đổi từ thủ tục hải quan thủ công sang thủ tục hải quan điện tử; Tổng kết, rút kinh nghiệm để hoàn thiện quy trình thủ tục hải quan điện tử.
b) Nội dung thí điểm bao gồm:
- Đối tượng doanh nghiệp: Các doanh nghiệp tự nguyện đăng ký và được cơ quan hải quan chấp nhận tham gia thủ tục hải quan điện tử (có sự lựa chọn theo tiêu chí Ngành Hải quan đề ra);
- Địa bàn thí điểm: Cục Hải quan TP Hồ Chí Minh và Cục Hải quan TP Hải Phòng.
- Phạm vi áp dụng (11 quy trình thủ tục, chế độ quản lý hải quan): hàng hóa xuất nhập khẩu theo hợp đồng mua bán; hàng hóa xuất nhập khẩu thực hiện hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài hoặc đặt gia công tại nước ngoài; hàng hóa xuất nhập khẩu theo loại hình nhập nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu; hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất; hàng hóa đưa ra, đưa vào doanh nghiệp chế xuất; hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ; hàng hóa xuất khẩu để thực hiện các dự án đầu tư; hàng hóa xuất khẩu nhập khẩu chuyển cửa khẩu; phương tiện vận tải đường biển, đường hàng không xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh, chuyển cảng.
- Nội dung thực hiện: thủ tục hải quan được thực hiện bằng phương tiện điện tử thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan; hồ sơ hải quan điện tử bảo đảm sự toàn vẹn, có khuôn dạng chuẩn và có giá trị pháp lý như hồ sơ hải quan giấy; thực hiện các quy định về việc người khai hải quan được tự khai, tự nộp thuế và các khoản thu khác, áp dụng hình thức nộp hàng tháng đối với lệ phí làm thủ tục hải quan; cơ quan hải quan thực hiện thủ tục hải quan dựa trên cơ sở hồ sơ hải quan điện tử do doanh nghiệp gửi tới; quyết định thông quan dựa trên hồ sơ điện tử do doanh nghiệp khai; quyết định việc kiểm tra hải quan dựa trên kết quả phân tích thông tin từ cơ sở dữ liệu của hải quan và các nguồn thông tin khác.
3.2.1.2. Giai đoạn 2: Triển khai thí điểm mở rộng thủ tục hải quan điện tử (từ tháng 12/2009 đến hết năm 2011)tháng 12/2009 đến hết năm 2011)tháng 12/2009 đến hết năm 2011)tháng 12/2009 đến hết năm 2011)tháng 12/2009 đến hết năm 2011)tháng 12/2009 đến hết năm 2011) tháng 12/2009 đến hết năm 2011)
a) Mục tiêu thực hiện thí điểm mở rộng
- Tiếp tục mở rộng phạm vi thực hiện tại các Chi cục của Cục Hải quan trọng điểm, cho tất cả các doanh nghiệp được tham gia;
- Hoàn thiện các vấn đề còn tồn tại trước khi thực hiện chính thức như: mô hình tổ chức, loại hình xuất nhập khẩu, phạm vi doanh nghiệp, mức độ tự động hóa, chứng từ điện tử, hoàn thiện giải pháp ứng dụng công nghệ thông tin, cơ chế hỗ trợ doanh nghiệp, cơ chế phối hợp với các bên liên quan.
b) Nội dung thí điểm mở rộng bao gồm
Từ ngày 1/10/2009 đến hết năm 2011, ngành Hải quan thực hiện thí điểm mở rộng thủ tục hải quan điện tử tại các Cục Hải quan tỉnh, thành phố sau: Hải Phòng, Hồ Chí Minh, Hà Nội, Đà Nẵng, Đồng Nai, Bình Dương, Lạng Sơn, Quảng Ninh, Bà Rịa - Vũng Tàu, Quảng Ngãi, Cần Thơ, Lào Cai, Hà Tĩnh và các Cục Hải quan tỉnh, thành phố khác khi có đủ điều kiện và được Bộ Tài chính phê duyệt.
Giai đoạn này chuyển sang triển khai mở rộng cả chiều sâu (mở rộng về đối tượng và loại hình) và chiều rộng (mở rộng về địa bàn bao gồm mở rộng ra các Chi cục trong các Cục Hải quan thí điểm và sang các Cục Hải quan trọng điểm khác). Theo đó, các nội dung đã triển khai tốt sẽ được nhân rộng về địa bàn và đối tượng doanh nghiệp; các nội dung chưa hoàn thiện hoặc chưa thí điểm sẽ tiếp tục được thí điểm, sau khi có kết quả sẽ được nhân rộng; các nội dung chưa đủ điều kiện triển khai sẽ khớp nối với dự án WB. Khi mở rộng tại một đơn vị Hải quan sẽ mở rộng cho toàn bộ các đối tượng làm thủ tục Hải quan tại đơn vị đó theo bước đi, lộ trình cụ thể.
c) Kết quả thực hiện
Thực hiện chủ trương trên, đến nay ngành Hải quan đã tiến hành triển khai mở rộng thủ tục hải quan điện tử tại 13 Cục Hải quan tỉnh, thành phố là Hải Phòng, TP Hồ Chí Minh, Hà Nội, Đà Nẵng, Đồng Nai, Bình Dương, Lạng Sơn, Quảng Ninh, Bà rịa- Vũng tàu, Quảng Ngãi, Cần Thơ, Lào Cai và Hà Tĩnh trên cơ sở mô hình thủ tục hải quan điện tử nêu tại Quyết định 456/QĐ-BTC.
Số lượng các Chi cục đã triển khai (tính đến 15/12/2010): 70 Chi cục, tăng gấp 35 lần so với năm 2009. Trong đó có 08/13 Cục Hải quan đã triển khai thủ tục hải quan điện tử tại 100% các Chi cục, có 11/13 Cục đạt trên 70% các Chi cục.
Số lượng loại hình thực hiện: 03 loại hình chính (Kinh doanh, Gia công, Sản xuất xuất khẩu) và 06 loại hình khác (Chế xuất ưu tiên, tạm nhập tái xuất, XNK dự án đầu tư, XNK tại chỗ, XNK trả lại, chuyển cửa khẩu).
Số lượng các Doanh nghiệp tham gia thực hiện thủ tục hải quan điện tử : 3.135 doanh nghiệp, gấp 7.78 lần so với năm 2009; chiếm khoảng 6% số lượng doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan điện tử trên địa bàn (tổng số doanh nghiệp trên 13 Cục: 50.329 Doanh nghiệp).
Trong năm 2011, 13 Cục Hải quan Tỉnh, TP nêu trên triển khai thủ tục Hải quan điện tử đối với tất cả các loại hình được quy định tại Thông tư 222 tại 100% các Chi cục, đạt tỷ lệ 80% kim ngạch và tờ khai.
Đối với 07 Cục Hải quan được lựa chọn (Long An, Nghệ An, Thanh Hóa, Tây Ninh, Khánh Hòa, Bình Định, Quảng Nam), mỗi đơn vị lựa chọn từ 1-2 Chi cục Hải quan có khối lượng công việc lớn để thực hiện thủ tục hải quan điện tử đạt tỷ lệ tối thiểu 50% kim ngạch và tờ khai.
Hiện tại, hệ thống thủ tục hải quan điện tử đã hoạt động tương đối ổn định tại các Cục Hải quan tỉnh, thành phố đã triển khai hải quan điện tử. Trong thời gian triển khai thủ tục hải quan điện tử, đại bộ phận cán bộ, công chức trong toàn ngành đã nhận thức được thủ tục hải quan điện tử là yêu cầu bắt buộc trong bối cảnh Việt Nam trở thành thành viên của WTO, nhằm đảm bảo sự phù hợp, tương thích với xu thế phát triển chung và hòa nhập với Hải quan thế giới và khu vực