Các kiểm toán viên tham gia cuộc kiểm toán cần phải nhận thức được rằng thủ tục phân tích mang lại hiệu quả đến các mục tiêu kiểm toán khác nhau trong các giai đoạn kiểm toán khác nhau.
Trong giai đoạn thực hiện kiểm tốn, cả hai nhóm cơng ty đều đánh thấp vai trò hiệu quả của thủ tục phân tích đối với việc xác định gian lận và sai sót trên báo cáo tài chính. Do đó các cơng ty cần áp dụng của thủ tục phân tích trong giai đoạn thực hiện kiểm tốn khơng chỉ mục đích giảm thử nghiệm chi tiết mà cịn giúp ích việc xác định gian lận và sai sót trên báo cáo tài chính, kiểm tốn viên cần phải sử
dụng thủ tục phân tích để đánh giá các biến động bất thường và biến động mong đợi. Khi phát hiện các biến động hay quan hệ bất thường, kiểm toán viên phải có sự hiểu biết về mơi trường hoạt động của doanh nghiệp để xem các biến động này có thật sự là biểu hiện của gian lận hay sai sót trên báo cáo tài chính hay khơng để từ đó có những thủ tục kiểm tốn thích hợp nhằm nâng cao chất lượng kiểm tốn.
Đối với mục tiêu xác định bản chất, phạm vi và mức độ kiểm tra chi tiết, nhóm cơng ty thuộc nhóm non-Big4 cần phải tăng cường sử dụng các thủ tục phân tích đảm bảo để giảm phạm vi và mức độ của kiểm tra chi tiết. Các cơng ty thuộc nhóm non-Big4 cần xây dựng một hướng dẫn chung cho các kiểm toán viên để xác định một cỡ mẫu cố định nếu thủ tục phân tích đảm bảo mang lại hiệu quả tốt. Thông thường, số lượng mẫu kiểm tra sẽ khoản 25 mẫu/khoản mục (hướng dẫn kiểm toán của của Ernst & Young Việt Nam).
Đặc biệt, các kiểm tốn viên cần áp dụng thủ tục phân tích cho các khoản mục đặc biệt trên báo cáo tài chính trong giai đoạn hồn thành kiểm tốn như khoản mục dự phịng, trích trước, vốn hóa chi phí, các khoản mục là ước tính kế tốn… trước khi ban hành chính thức báo cáo