- Theo phân cấp hiện hành, hoạt động cấp nước sạch được chia làm 2 lĩnh vực: nước sạch đô thị và nước sạch nông thôn. Cấp nước đô thị do Bộ Xây dựng quản lý; cấp nước nông thôn do Bộ Nông nghiệp và phát triển nơng thơn quản lý. Theo đó, nước sạch đơ thị từ cấp thị xã trở lên do Cơng ty cấp nước tỉnh đảm nhiệm, cịn các thị trấn, thị tứ do UBND các huyện thành lập trạm cấp nước để quản lý; nước sạch nông thôn do các Trung tâm nước sạch trực thuộc sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn quản lý [49, tr.18].
- Trên địa bàn tỉnh Thanh Hoá, tổ chức quản lý hoạt động cấp nước do Uỷ ban nhân dân tỉnh quản lý. Uỷ ban nhân dân tỉnh quyết định quy hoạch phát triển, quyết định hoặc trình Chính phủ quyết định đầu tư các dự án cấp nước. Để thực hiện nhiệm vụ cấp nước sạch tỉnh giao cho Cơng ty cấp nước Thanh Hố làm nhiệm vụ sản xuất, cấp nước cho thành phố Thanh Hoá, thị xã Sầm Sơn, thị xã Bỉm Sơn; các thị trấn huyện lỵ do UBND huyện đảm trách thông qua các trạm cấp nước huyện. Các cơ quan tham mưu giúp UBND tỉnh quản lý hoạt động cấp nước đô thị là sở Xây dựng và các ngành có liên quan. Những năm trước đây, Cơng ty cấp nước Thanh Hố có năng lực về chun mơn cũng như tài chính muốn mở rộng phạm vi quản lý dịch vụ lại vướng các trạm cấp nước huyện. Thực tế xảy ra các trạm nước sạch của các huyện, do khơng có bộ phận chuyên mơn, kỹ thuật quản lý vì vậy, sau đầu tư cơng trình xuống cấp rất nhanh. Điển hình trạm cấp nước thị trấn Thạch Thành hoạt động một năm đã ngừng; trạm cấp nước thị trấn Hà Trung, công nghệ q sơ sài, khơng có khu xử lý lắng lọc, khơng có hệ thống khử trùng, chất lượng nước chưa đạt yêu cầu. Hai huyện Quảng Xương và Đông Sơn rất gần nhà máy nước Mật Sơn cũng thực hiện dự án cấp nước bằng nguồn vốn ngân sách; trong khi đó cơng suất cấp nước của công ty mới sử dụng 62% là một sự lãng phí rất lớn.
Mặc dù đã có phân cấp quản lý, nhưng tỉnh lại ra quyết định bàn giao Xí nghiệp nước Bỉm Sơn và Trạm cấp nước Bút Sơn thuộc quyền quản lý của uỷ ban cấp huyện cho Công ty cấp nước Thanh Hoá quản lý. Hoặc, trong 14 dự án cấp nước tại các huyện có 2 dự án do Công ty nước sạch nông thôn trực thuộc sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn quản lý, các dự án còn lại do uỷ ban huyện quản lý, dẫn đến sự thiếu đồng bộ và phối hợp trong quản lý hoạt động cấp nước.
- Đối với tổ chức quản lý hoạt động sản xuất kinh doanh nước sạch: Về bộ máy quản lý tỉnh bổ nhiệm giám đốc, phó giám đốc, kế tốn trưởng. Về giá nước, phương án
cơng ty lập căn cứ vào Thông tư liên tịch số 104/2004 hướng dẫn nguyên tắc, phương pháp xác định giá nước, Quyết định số 38/2005/QĐ-BTC về khung giá tiêu thụ nước sạch sinh hoạt. Phương án lập xong liên sở Tài chính-Xây dựng thẩm định và trình UBND cấp tỉnh quyết định giá nước.
Với cách tổ chức và phân cấp quản lý như trên hiện vẫn tồn tại, tạo ra sự manh mún, ngăn cách địa giới hành chính và khó thực hiện trong hoạt động phối hợp. Hoạt động cấp nước sạch đô thị chịu sự quản lý của nhiều cấp, ngành rất phân tán, thiếu đồng bộ, thiếu tập trung; khi chuyển giao hoạt động cấp nước nghĩa là phải chuyển giao cấp quản lý từ sở này sang sở kia, từ Bộ này sang Bộ khác. Xác định giá nước qua nhiều tầng nấc gây sự chậm trễ, kéo dài mỗi khi cần điều chỉnh giá cho phù hợp với việc tăng giá điện, giá nhân công hoặc giá vật tư khác; mặt khác giá nước sạch do tỉnh quyết định làm hạn chế quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm của Cơng ty cấp nước Thanh Hố và các trạm cấp nước. Vốn đầu tư dự án tại các huyện nặng về cơ chế xin- cho, thẩm định dự án hời hợt, khơng tính đến hiệu quả kinh tế. Doanh nghiệp cấp nước đang chuyển dần sang hoạt động sản xuất kinh doanh nhưng cơ chế chính sách và thực thi chính sách thiếu nhất quán, nhiều bất cập, là thách thức thực sự cho mục tiêu chuyển đổi từ hoạt động mang tính cơng ích sang hoạt động kinh doanh theo tinh thần nghị quyết TW 3 khoá IX.