Hiện nay Cơng ty cấp nước Thanh Hố khơng thực sự tự chủ về tài chính, mặc dù hoạt động theo luật doanh nghiệp nhưng vẫn cịn mang nặng tính bao cấp thể hiện qua việc Nhà nước tìm dự án, cấp vốn đầu tư, quyết định giá nước, bổ nhiệm cán bộ chủ chốt, giá nước chưa được tính đúng, tính đủ... Để cơng ty hoạt động sản xuất kinh doanh có hiệu quả, được tự chủ về tài chính đúng nghĩa, nguồn thu của cơng ty phải đủ bù đắp chi phí và có lãi. Muốn vậy, giá thành phải được tính đúng, tính đủ, vì giá thành là cốt lõi của giá tiêu thụ nước sạch; trong tính giá thành mức trích khấu hao thường gây tranh cãi nhiều nhất, do khung thời gian sử dụng tài sản theo quy định của Bộ Tài chính quá rộng, liên ngành thường áp dụng thời gian tối đa để có mức trích tối thiểu, điều này khơng phản ánh đúng thực tế hao mịn hữu hình và vơ hình của tài sản cố định. Hiện nay, quy chế quản lý tài chính của các nước, trong đó có Việt Nam, khuyến khích doanh nghiệp khấu hao nhanh để thu hồi vốn, nhanh có nguồn tái đầu tư đổi mới cơng nghệ. Vì lẽ đó, phương án giá nước cơng ty lập, liên ngành thẩm định, tỉnh phê duyệt đều phải tuân thủ nguyên tắc, phương pháp tính giá thành, đặc biệt là mức trích khấu hao một cách khoa học, khách quan; có như vậy, nền tài chính của cơng ty mới vững mạnh, tự chủ, có điều kiện đổi mới cơng nghệ, duy tu, bảo dưỡng, giảm thất thốt nước, giảm giá thành và tăng sức cạnh tranh, bảo toàn và phát triển vốn. Trường hợp tỉnh quyết định giá nước thấp hơn giá thành cần có cơ chế bù giá thống nhất, rõ ràng (như tỉnh đã bù giá hàng năm xấp xỉ 20 tỷ đồng cho Cơng ty mơi trường đơ thị Thanh Hố), và đây cũng là nguyên tắc trong nghị định 117/CP.