Vai trị trên của Cơng đồn được thể hiện qua các chức năng của nó. Chức năng của một tổ chức là sự phân công tất yếu, sự quy định chức trách tương đối ổn định và hợp lý trong điều kiện lịch sử xã hội nhất định của tổ chức để phân biệt với tổ chức khác. Chức năng của Cơng đồn được biểu hiện bằng những phương hướng, những mặt hoạt động chủ yếu để thực hiện bản chất và vai trị của Cơng đồn trong xã hội. Như vậy, chức năng của Cơng đồn mang tính chất khách quan, nó tồn tại khơng phụ thuộc vào ý chí, nguyện vọng của cá nhân. Nó được xác định bởi tính chất, vị trí, vai trị của Cơng đồn trong từng giai đoạn cách mạng.
ở từng thời kỳ lịch sử, chức năng của Cơng đồn kế thừa, phát triển thêm nội dung mới có ý nghĩa hơn.
Dưới CNTB, Cơng đồn tập hợp cơng nhân đấu tranh chống lại sự áp bức bóc lột của giai cấp tư sản, để bảo vệ lợi ích của cơng nhân lao động. Vì vậy, chức năng bảo vệ lợi ích cho cơng nhân lao động là chức năng bẩm sinh của Công đồn, nghĩa là vì nó mà Cơng đồn hình thành và khi ra đời Cơng đồn sẽ làm chức năng đó. Song, muốn bảo vệ lợi ích cho người lao động, Cơng đồn khơng thể khơng tập hợp, vận động, giáo dục để họ tiến hành đấu tranh bảo vệ lợi ích của mình. Và vì vậy giáo dục đã phát triển thành chức năng của Cơng đồn. Hai chức năng đó của Cơng đồn có mối quan hệ khăng khít, tác động qua lại thúc đẩy lẫn nhau
Dưới XHCN, vị trí của giai cấp cơng nhân đã thay đổi, từ người làm thuê trở thành người làm chủ. Vì vậy chức năng của Cơng đồn khắc hẳn so với chức năng của Cơng đồn dưới CNTB.
Một trong những chức năng chủ yếu của Cơng đồn hiện nay là bảo vệ lợi ích. Đây
ln là chức năng quan trọng nhất của Cơng đồn. Trong xã hội cũ, Cơng đồn tập hợp, tổ chức công nhân đấu tranh chống lại bọn thực dân, phong kiến, địi lợi ích chính đáng của mình. Trong thời kỳ quá độ lên CNXH, Cơng đồn vẫn phải thực hiện chức năng bảo vệ lợi ích. Tuy nhiên, bảo vệ lợi ích cho cơng nhân trong giai đoạn hiện nay có những hình thức rất khác so với trong xã hội cũ. Nó khơng chống lại Nhà nước, khơng mang tính chất đối kháng giai cấp mà chỉ chống lại các thói hư, tật xấu, sự thối hố biến chất của một số người, yêu cầu họ thực hiện đúng chính sách, pháp luật của Nhà nước, để đảm bảo quyền lợi của cơng nhân. Việc bảo vệ lợi ích cho người lao động ở đây cũng chính là bảo vệ chính quyền nhà nước, xây dựng một Nhà nước trong sạch vững mạnh, Nhà nước thực sự của dân, do dân, vì dân. Bởi vì lợi ích của người lao động gắn liền với lợi ích của nhà nước, của tập thể. Sự tồn tại của nhà nước chun chính vơ sản chính là sư đảm bảo quyền lợi cho người lao động, hơn nữa lợi ích người lao động khơng chỉ ở chỗ có đủ cơm ăn, áo mặc mà cịn ở chỗ có lợi ích chính trị, kinh tế, lợi ích văn hố tinh thần, lợi ích trước mắt và lợi ích lâu dài. Nhà nước là người đảm bảo lợi ích cịn Cơng đồn là người bảo vệ lợi ích. Đây là vấn đề quan trọng nói lên mối quan hệ khăng khít, biện chứng giữa quyền lợi và nghĩa vụ, đồng thời nó là cơ sở nhận thức về lợi ích của người lao động trong điều kiện mới.
Thực hiện chức năng này, Cơng đồn phải tham gia một loạt các hoạt động như: tham gia cùng chính quyền để giải quyết việc làm cho cơng nhân; tham gia trong lĩnh vực tiền lương, phân phối phúc lợi, nhà ở, ký kết hợp đồng lao động, giải quyết tranh chấp lao động...
Bên cạnh chức năng bảo vệ lợi ích Cơng đồn cịn có chức năng tham gia quản lý.
Đây là chức năng mới của Cơng đồn so với chức năng của Cơng đồn trong xã hội cũ. Trong xã hội cũ Nhà nước là Nhà nước của giai cấp bóc lột, giai cấp cơng nhân phải chịu sự thống trị, sự áp bức của Nhà nước này, không được tham gia quản lý các công việc của Nhà nước. Trong giai đoạn hiện nay, giai cấp công nhân từ người làm thuê đã trở thành người chủ của xã hội, Cơng đồn từ vị trí đối lập với Nhà nước của giai cấp bóc lột đã trở thành chỗ dựa, người cộng tác đắc lực của Nhà nước. Vì vậy, có quyền và nghĩa vụ
tham gia quản lý công việc của Nhà nước. Chức năng tham gia quản lý của Cơng đồn chính là sự phối hợp hoạt động giữa Cơng đoàn với các cấp quản lý của Nhà nước trên tất cả các lĩnh vực kinh tế, kỹ thuật, chính trị, văn hóa - xã hội theo một mục tiêu thống nhất, vừa bảo vệ lợi ích của giai cấp cơng nhân, vừa để cơng tác quản lý đạt kết quả cao. Lênin đã nói: Sự tham gia của Cơng đồn vào cơng tác quản lý kinh tế, và việc Cơng đồn lơi cuốn quần chúng rộng rãi tham gia vào cơng tác đó đồng thời cũng là biện pháp chủ yếu để đấu tranh chống sự quan liêu hố bộ máy kinh tế của chính quyền Xơ Viết và tạo khả năng thực sự kiểm tra thực tế của nhân dân đối với kết quả sản xuất kinh doanh. Nội dung tham gia quản lý của Cơng đồn rất đa dạng, phong phú, tùy doanhtheo tính chất của mỗi đơn vị mà có những nội dung tham gia quản lý khác nhau. Ngồi hai chức năng trên cơng đồn cịn có chức năng thứ ba đó là chức năng giáo dục. Đây là chức năng đã có từ khi tổ chức Cơng đồn mới ra đời. Trong xã hội cũ Cơng đồn giáo dục để cơng nhân thấy rõ bản chất và từ đó đấu tranh khơng khoan nhượng với giai cấp bóc lột. Trong giai đoạn hiện nay chức năng giáo dục của Cơng đồn là giúp đỡ cơng nhân không ngừng nâng cao giác ngộ chính trị, tư tưởng, phẩm chất đạo đức, làm cho Cơng đồn thực sự trở thành trường học CNCS của giai cấp công nhân. Nội dung giáo dục của Cơng đồn rất đa dạng, gồm cả giáo dục chính trị, tư tưởng; giáo dục pháp luật, giáo dục thẩm mỹ; giáo dục truyền thống, giáo dục đạo đức. Tất cả những nội dung đó đều nhằm xây dựng một đội ngũ cơng nhân có lý tưởng, có văn hố, có đạo đức và có kỷ luật nhằm thực hiện thành cơng sứ mệnh lịch sử của mình.
Chức năng của Cơng đồn là một chỉnh thể thống nhất, đan xen tác động qua lại lẫn nhau, chức năng này làm tiền đề cho chức năng kia. Trong ba chức năng này thì chức năng bảo vệ lợi ích là trung tâm, thể hiện đầy đủ vai trị và mục tiêu hoạt động của Cơng đồn, chức năng tham gia quản lý là phương tiện để đạt được mục tiêu, chức năng giáo dục là động lực tinh thần để đạt được mục tiêu. Nhưng hiện nay trong nền kinh tế thị trường định hướng XHCN, các nhà đầu tư vào nhiều, những khu công nghiệp, những khu chế xuất phát triển, giám đốc điều hành là người nước ngồi, vì vậy việc tranh chấp lao động ngày càng gay gắt, các cuộc đình cơng nổ ra liên tiếp, từ quy mơ nhỏ đến quy mơ lớn. Vì vậy, để bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho người lao động, Đại hội X Cơng
đồn Việt Nam đã khẳng định, chức năng bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho người lao động trở thành chức năng trung tâm, xuyên suốt trong hoạt động của tổ chức Cơng đồn Việt Nam.