CDĐL xác định Cơ quan, tổ chức có quyền quản lý chỉ dẫn địa lý bao gồm:
a) Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có khu vực địa lý tương ứng với chỉ dẫn địa lý trong trường hợp chỉ dẫn địa lý thuộc một địa phương;
b) Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương là đại diện theo uỷ quyền của các Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác nơi có khu vực địa lý tương ứng với chỉ dẫn địa lý trong trường hợp chỉ dẫn địa lý thuộc nhiều địa phương;
c) Cơ quan, tổ chức được Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trao quyền quản lý chỉ dẫn địa lý với điều kiện cơ quan, tổ chức đó đại diện cho
quyền lợi của tất cả các tổ chức, cá nhân được trao quyền sử dụng chỉ dẫn địa lý theo quy định tại khoản 4 Điều 121 của Luật Sở hữu trí tuệ.
Như vậy, việc phân công trách nhiệm đã rõ ràng song chưa thiết lập thành công một hệ thống quản lý CDĐL, mà chỉ giao cho một cơ quan chung. Điều quan trọng là cơ quan này có rất nhiều việc phải làm, và không có cơ chế cho cơ quan này thành lập, trong phạm vi quản lý của mình, một cơ quan chuyên biệt chuyên theo dõi tình trạng của các CDĐL đã được đăng ký xong. Điều này dẫn đến tình trạng, khi CDĐL bị xâm phạm, không có cơ quan, tổ chức nào xác định vấn đề này nằm trong phạm vi quản lý của mình, nên không thể có được các biện pháp nhanh, kịp thời để đối phó với vấn đề mới nảy sinh.