Hiện tại hệ thống thanh toán trực tuyến của website còn đang trong thời kỳ sơ khai vì vậy các quy trình thanh toán của website diễn ra chưa an toàn đảm bảo và mất nhiều thời gian và chi phí của các bên giao dịch. Việc giao dịch thường diễn ra dưới hai hình thức chủ yếu là thanh toán trực tiếp bằng tiền mặt và thanh toán bằng sử dụng chuyển khoản ngân hàng. Tuy nhiên hình thức thanh toán trực tiếp bằng tiền mặt diễn ra phổ biến trong quá trình mua hàng của khách hàng tại Việt Nam. Sở dĩ hình thức thanh toán này phổ biến như vậy vì chịu sự ảnh hưởng bởi các thói quen của người tiêu dùng Việt Nam (muốn trực tiếp cầm thấy và trải nghiệm sản phẩm) ngoài ra còn đảm bảo an toàn và quyền lợi khi mua các sản phẩm. Ta có thể thấy với hình thức này sẽ tốn rất nhiều chi phí như tiền bạc,thời gian , nhân sự cho cả bên mua và bên bán .
Đối với bên bán, sẽ mất thêm các chi phí về thời gian nhập liệu các đơn hàng,số tiền bán ra thu vào của mỗi đơn hàng từ đó làm mất thêm các chi phí về nhân sự ,chi phí thời gian và không đáp ứng kịp thời về tính chính xác của các số liệu sau khi đưa lên bảng cân đối kế toán.
Đối với người mua sẽ mất các chi phí thời gian như đi lại,kiểm tra hàng hóa và việc cầm tiền mặt nhiều đôi khi không đảm bảo an toàn.
Vì vậy cần phải đơn giản các quy trình thanh toán cho website để tiết kiệm các chi phí và nguồn lực. Ngày nay với sự phát triển và hỗ trợ của các phần mềm như phần mềm bán hàng, hệ thống thanh toán trực tuyến website nên cần tích hợp các phần mềm trên để phục vụ quá trình bán hàng diễn ra nhanh chóng và thuận lợi.