Trong tế bào thực vật, phức ss- T- DNA ựược ựưa qua màng nhân vào nhân. Hai protein ựóng vai trò quan trọng trong bước này là Vir D2 và Vir E2. Tắn hiệu ựịnh vị trong nhân của Vir D2 và Vir E2 ựóng vai trò chủ yếụ Protein Vir D2 có chức năng xác ựịnh vị trắ cho T - DNA trong nhân. Phức ss- T- DNA là phức nucleoprotein lên ựến 20 kb chứa một ựầu 5Ỗ gắn với protein Vir D2. Nhưng phức ựược bao bọc bởi số lượng lớn phân tử Vir E2 (xấp xỉ 600/20kb T- DNA) và mỗi phức này có hai tắn hiệu
ựịnh vị trong nhân. Hai tắn hiệu này của Vir E2 ựóng vai trò quan trọng ựối với việc nhận liên tục phức T-DNA của nhân, có khả năng kắch thắch mở lỗ màng nhân. Khả năng nhận phức của nhân ựược ựiều khiển bởi protein kết hợp tắn hiệu ựịnh vị ựặc trưng trong nhân, protein này ựược tìm thấy trong tế bào chất của tế bào thực vật .
Hình 1.2: Sự tương tác giữa Agrobacterium với tế bào thực vật và cơ chế chuyển T - DNA
Bước cuối cùng trong quá trình vận chuyển T- DNA là sự tương tác trong genome tế bào thực vật. Các phản ứng trong sự tương tác T- DNA không có tắnh ựiển hình. Sự tương tác này tìm thấy bởi sự tái tổ hợp không theo quy luật. Theo cách nhìn nhận việc cắt bỏ bớt base, như microhomologies, ựược cần ựến ựối với bước lặp lại giữa cặp vận chuyển T- DNA với Vir D2 và DNA thực vật. Sự tương ựồng này rất
thấp và cung cấp ựặc trưng nhỏ nhất ựối với quá trình tái tổ hợp bởi sự xác ựịnh vị trắ của Vir D2 ựể gắn kết . ở trình tự gần kề hay ựầu 3Ỗ của T- DNA tìm thấy một vài sự tương ựồng nhỏ ựối với DNA thực vật, kết quả ở sự tương tác ựầu tiên giữa sợi T- DNA và DNA thực vật là tạo ra lỗ hổng ở sợi 3Ỗ- 5Ỗ của DNA thực vật. Sau ựó DNA thực vật ựược cắt ở vị trắ ựầu 3Ỗ của lỗ hổng bởi endonuclease và nucleotit của ựầu 5Ỗ bắt cặp với Vir D2 bởi một nucleotit của ựầu 5Ỗ bắt cặp với Vir D2 bởi một nucleotit
trong ựầu sợi (5Ỗ-3Ỗ) DNA thực vật. Phần 3Ỗ nhô ra của T- DNA cũng như DNA thực vật thay thế bị phân hủy bởi endonuclease hay 3Ỗ-5Ỗ enxonucleasẹ đầu 5Ỗ của T- DNA gắn với Vir D2 còn ựầu 3Ỗ kia cặp ựôi với DNA thực vật kéo dài từ bước ựầu của quá trình tương tác, nối liền với vết cắt trong sợi DNA dưới của thực vật. Sự ựưa vào của sợi T- DNA trong sợi 3Ỗ- 5Ỗ của DNA thực vật ựược bổ sung, tình trạng xoắn sinh ra bởi vết cắt trong sợi ựối ngược ựược sản sinh.
Tình trạng này hoạt hóa phản ứng sửa chữa của tế bào thực vật và sợi bổ sung ựược tổng hợp sử dụng ựể chèn dễ dàng sợi T- DNA như là sợi khuôn (Hille J. và cs 1983) [36]. Vir D2 có vai trò hoạt hóa trong sự hòa hợp chắnh xác sợi T- DNA vào
nhiễm sắc thể thực vật. Phóng thắch protein Vir D2 có thể cung cấp năng lượng chứa
ựựng trong các liên kết phosphodieste, như Tyr 29 với nucleotit ựầu tiên của sợi T-
DNA, qui ựịnh ựầu 5Ỗ của sợi T- DNA không còn. Ngoài ra, quá trình chuyển T- DNA còn có sự tương tác với các protein do gen trên nhiễm sắc thể của Agrobacterium