L1 của HPV-18
Kết quả xác nhận trình tự nucleotide của các chuỗi gen E6 của HPV-16 và L1 của HPV-18 thu nhận sử dụng chương trình Blast thông qua truy cập Ngân hàng gen được thể hiện ở bảng 3.1 và bảng 3.2
Bảng 3.1. Kết quả truy cập Ngân hàng gen sử dụng chuỗi gen E6 của mẫu PK12
Số đăng kí Chuỗi gen đích truy cập Tỉ lệ tương đồng
GU951527.1 Human papillomavirus type 16 isolate NV1039 E6 protein
gene, partial cds 100%
GU951526.1 Human papillomavirus type 16 isolate NV1002 E6 protein
gene, partial cds 100%
FJ415228.1 Human papillomavirus type 16 isolate b00711 E6 (E6)
and E7 (E7) genes, complete cds 100%
FJ610149.1 Human papillomavirus type 16 strain CU4, complete
genome 100%
FJ610146.1 Human papillomavirus type 16 strain CU1, complete
genome 100%
FJ644983.1 Human papillomavirus type 16 isolate TV225a E6 protein
(E6) gene, partial cds 100%
FJ644982.1 Human papillomavirus type 16 isolate TV222a E6 protein
(E6) gene, partial cds 100%
FJ644976.1 Human papillomavirus type 16 isolate TV158a E6 protein
(E6) gene, partial ds 100%
FJ644974.1 Human papillomavirus type 16 isolate TV218a E6 protein
(E6) gene, partial ds 100%
FJ644968.1 Human papillomavirus type 16 isolate TV110a E6 protein
(E6) gene, partial ds 100%
FJ644967.1 Human papillomavirus type 16 isolate TV101a E6 protein
(E6) gene, partial ds 100%
FJ644965.1 Human papillomavirus type 16 isolate TV1474cE6
EU880266.1 Human papillomavirus type 16 isolate HPV16-32 E6
protein (E6) gene, complete cds 100%
EU880265.1 Human papillomavirus type 16 isolate HPV16-31 E6
protein (E6) gene, complete cds 100% (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
EF422108.1 Human papillomavirus type 16 strain P209 E6 protein
(E6) gene, complete cds 100%
FJ415228.1 Human papillomavirus type 16 isolate b00711 E6 (E6)
and E7 (E7) genes, complete cds 100%
Nhận xét:
Kết quả truy cập ngân hàng gen thể hiện ở bảng 3.1 cho thấy trình tự các chuỗi gen E6 của mẫu PK12 chúng tôi thu nhận đều có tỉ lệ tương đồng cao (100%) so với các gen E6 của HPV-16 đã được đăng kí trong Ngân hàng gen của chủng HPV-16 và các chủng HPV-16 khác trên thế giới. Các trình tự gen của chúng tôi thu nhận là gen E6 của chủng HPV-16 đang nghiên cứu. Điều này cũng khẳng định toàn bộ quá trình kĩ thuật, nhằm thu nhận gen E6 của HPV-16 được chúng tôi thực hiện là hoàn toàn tin cậy và là cơ sở cho việc xây dựng phương pháp chuẩn đoán nhanh bằng kỹ thuật PCR.
Bảng 3.2. Kết quả truy cập Ngân hàng gen sử dụng chuỗi gen L1 của mẫu PS16
Số đăng kí Chuỗi gen đích truy cập Tỉ lệ tương đồng
FJ528600.1 Human papillomavirus type 18 L1 antigen gene,
complete cds 100%
GQ180792.1 Human papillomavirus type 18 isolate CU16, complete
genome 100%
GQ180791.1 Human papillomavirus type 18 isolate CU15, complete
genome 100%
EU834744.1 Human papillomavirus type 18 L1 gene, complete cds 100% AY863162.1 Human papillomavirus - 18 clone L2574 L1 protein gene,
partial cds 100%
AY863160.1 Human papillomavirus - 18 clone L1060 L1 protein gene,
AY863159.1 Human papillomavirus - 18 clone L2207 L1 protein gene,
partial cds 100%
AY863158.1 Human papillomavirus - 18 clone L0526 L1 protein gene,
partial cds 100%
AY863157.1 Human papillomavirus - 18 clone L1703 L1 protein gene,
partial cds 100%
AY863156.1 Human papillomavirus - 18 clone L0011 L1 protein gene,
partial cds 100%
X05015.1 Human papillomavirus type 18 E6, E7, E1, E2, E4, E5,
L1 & L2 genes 99%
EF202155.1 Human papillomavirus type 18 isolate Qv04924,
complete genome 98%
EF202152.1 Human papillomavirus type 18 isolate Qv17199, (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
complete genome 98%
EF202154.1 Human papillomavirus type 18 isolate Qv03814,
complete genome 98%
EF202153.1 Human papillomavirus type 18 isolate Qv21444,complete
genome 98%
Nhận xét:
Kết quả truy cập ngân hàng gen thể hiện ở bảng 3.2 cho thấy trình tự các chuỗi gen L1 của mẫu PS16 chúng tôi thu nhận đều có tỉ lệ tương đồng cao (từ 98% đến 100%) so với các gen L1 của HPV-18 đã được đăng kí trong Ngân hàng gen của chủng HPV-18 và các chủng HPV-18 khác trên thế giới. Các trình tự gen của chúng tôi thu nhận là gen L1 của chủng HPV-18 đang nghiên cứu. Điều này cũng khẳng định toàn bộ quá trình kĩ thuật, nhằm thu nhận gen L1 của HPV-18, được chúng tôi thực hiện là hoàn toàn tin cậy và là cơ sở cho việc xây dựng phương pháp chuẩn đoán nhanh bằng kỹ thuật PCR.