Virus lây nhiễm tồn tại trong tế bào của bệnh phẩm, nên muốn tách được hệ gen của virus, chúng ta có thể tiến hành tách toàn bộ DNA có trong tế bào, trong đó có DNA của hệ gen virus (nếu tế bào nhiễm EBV và HPV); DNA của nhân tế bào chủ (tế bào người) và của hệ gen ty thể; RNA các loại (nếu không
dùng enzym phá hủy RNA) và có thể có RNA khác. Toàn bộ DNA tách được được gọi là DNA tổng số hay DNA toàn bộ (DNA hỗn hợp) (total genomic DNA). Quy trình tách chiết DNA tổng số sử dụng AccuPrep™ Genomic DNA Extraction Kit (Bioneer, Hàn Quốc) được mô tả tóm tắt như sau: mẫu bảo quản -
200C được lấy ra và để ở nhiệt độ phòng cho tan. Mẫu vật được nghiền kỹ và xử
lý với các dung môi của kít, rồi hấp phụ lên màng và ly chiết DNA theo qui trình tách chiết của hãng. Cụ thể các bước như sau:
1. Cho bệnh phẩm vào ống Eppendorf sạch. Cho tiếp 20 l Proteinase K và
thêm 180l Buffer ATL, trộn đều. ủ ở 560C trong 3 giờ.
2. Thêm 4 l RNAase và 200 l Buffer AL. Ủ ở 700C trong 30 phút. Thêm
200l Ethanol (96- 100%), trộn đều.
3. Chuyển mẫu sang cột có màng lọc, ly tâm 13000 vòng/phút trong 1 phút.
Loại bỏ dịch dưới.
4. Thêm 500 l Buffer AW1, ly tâm 8000 vòng/phút trong 1 phút, bỏ dịch
dưới.
5. Thêm 500 l Buffer AW2, ly tâm 13000 vòng/phút trong 2 phút, bỏ dịch
dưới. Tiếp tục ly tâm thêm một lần nữa như trên.
6. Chuyển cột lọc đã giữ lại DNA hệ gen của virus trong màng lọc sang
ống Eppendorf loại 1,5 ml. Thêm 100 l Buffer AE, để ở nhiệt độ phòng
trong 5 phút. Sau đó ly tâm 13000 vòng/phút trong 1 phút, thu dịch lỏng bên dưới, đó là DNA tổng số trong đó có hệ gen DNA của virus HPV.
Ký hiệu mẫu, bảo quản ở -200
C.
DNA tổng số tách chiết ra được kiểm tra bằng điện di trên thạch agarose 0,8%. Chạy điện di ở hiệu điện thế 100V trong 25 phút. Chụp ảnh dưới ánh sáng tia tử ngoại của máy soi chụp gel Dolphin-Doc (WEALTEC, USA).