Còn thiếu một đội ngũ cán bộ kỹ thuật và cán bộ quản lý giỏi, nguồn nhân lực có chất lượng chưa cao đồng đều để có thể đáp ứng được yêu cầu phát triển của doanh nghiệp trong những năm tới. Việc đào tạo nguồn nhân lực còn phải tiếp tục phấn đấu thì mới theo kịp được sự phát triển của quá trình đổi mới của nền kinh tế thị trường hơn nữa trong bối cảnh hội nhập khu vực và quốc tế.
Cơ cấu tổ chức còn khá cồng kềnh, thiếu năng động, hiệu suất chưa cao.
Cơ chế hoạt động còn thiếu mạnh dạn, chưa dám nghĩ, dám làm, dám chịu trách nhiệm.
Vốn lưu động thiếu, năng lực tài chính còn yếu, so với các tổng công ty, công ty mạnh thì còn rất hạn chế. Khả năng tự tài trợ về vốn và khả năng
thanh toán nhanh còn ở mức thấp vì vậy doanh nghiệp chưa chủ động được nguồn vốn kinh doanh. Khó khăn trong việc điều hoà vốn, không phát huy được sức mạnh tập trung tài chính của toàn công ty nhằm đầu tư chiến lược định hướng lâu dài. Chưa phát huy được tính chủ động trong sản xuất kinh doanh của các đơn vị thành viên, không đẩy mạnh được hợp tác trên tinh thần tự giác vì lợi ích chung của các đơn vị thành viên với các bộ phận khác trong công ty.
Chiến lược phát triển chưa cụ thể và thiếu chiều sâu.
Chưa có kinh phí và kinh nghiệm trong công tác đào tạo cán bộ có chuyên môn để đáp ứng cho sự phát triển theo chiến lược đề ra.
Các đơn vị thành viên hoạt động phối hợp với công ty chưa có hiệu quả.
Trang thiết bị còn chưa hiện đại và chưa đồng bộ, trình độ công nghệ thiết bị và ứng dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật còn hạn chế dẫn đến kỹ, mỹ thuật của sản phẩm chưa cao, chưa làm hài lòng các chủ đầu tư khó tính. Chính điều này làm cho công ty chưa đủ để cạnh tranh với những doanh nghiệp lớn, mà bản thân hiệu quả kinh tế của công ty cũng không cao.
Còn ít kinh nghiệm trong việc đấu thầu và thi công các công trình về cầu, hầm, thuỷ điện và các dự án mang tính chuyên ngành.
Các đơn vị trong công ty chưa chủ động lập chiến lược phát triển lâu dài, chưa quan tâm đến việc xây dựng thương hiệu sản phẩm và nâng cao đẳng cấp doanh nghiệp.