Thứ nhất, Luật Tổ chức CQĐP năm 2015 quy định chung về quyền hạn, nhiệm vụ của chính quyền các địa phương1. Tuy nhiên, trên thực tế, bên cạnh những quyền hạn và nhiệm vụ chung như các tỉnh, thành phố khác, Thành phố cũng cĩ các nhiệm vụ, quyền hạn riêng như2: thực hiện chủ trương, biện pháp tạo nguồn tài chính, huy động vốn để phát triển đơ thị; xây dựng và quản lý thống nhất cơng trình hạ tầng đơ thị theo quy định của pháp luật; quyết định cơ chế khuyến khích phát triển cơng trình hạ tầng đơ thị trên địa bàn. Những quyền hạn, chức năng, nhiệm vụ riêng biệt này hiện chưa được quy định, phân cấp rõ ràng, chi tiết nên Thành phố vẫn chưa cĩ được cơ chế đặc thù để phát huy tiềm năng về kinh tế - xã hội.
Thứ hai, Luật năm 2015 quy định một
số điểm khác biệt về tổ chức bộ máy quản lý nhà nước, số lượng các cơ quan chuyên mơn thuộc Ủy ban nhân dân (UBND) các cấp cho thủ đơ Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh. Tuy nhiên, trên thực tế, tổ chức bộ máy quản lý nhà nước, các cơ quan chuyên mơn thuộc UBND các cấp của các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương trên cả nước vẫn được thực hiện theo quy định của Nghị định số 124/2004/NĐ-CP ngày 18/5/2004 của Chính phủ. Điều này đã làm cho bộ máy hành chính của Thành phố thường xuyên quá tải về cơng việc, từ đĩ cơ chế quản lý hành chính kém hiệu quả3.
Thứ ba, Luật năm 2015 quy định những quyền hạn riêng cho Chủ tịch UBND Thành phố thuộc diện đơ thị đặc biệt với số