a. Khó khăn về điều kiện tự nhiên
Hiện nay, du lịch Hoa Lư nói riêng và Ninh Bình nói chung vẫn chủ yếu dựa vào nguồn tài nguyên đã có sẵn. Việc bố trí các tuyến điểm cịn cũ mòn, chưa linh hoạt theo sự lựa chọn phù họp với nhu cầu của khách... Một số tai biến tự nhiên bất lợi như lũ quét, bão lụt, úng ngập... cùng những tác động tiêu cực của con người như phá rừng, khai thác vật liệu xây dựng bừa bãi... cũng gây ra những cản trở khơng nhỏ đối với cơng tác gìn giữ và khai thác tài nguyên du lịch. Vùng đất này là vùng hạn hán vào vụ chiêm xuân và đầu vụ mùa, thường bị mưa bão, úng ngập nhiều vào giữa vụ mùa trở đi, đòi hỏi tìm ra những giải pháp hữu hiệu về chuyển đổi cơ cấu sản xuất trong nơng nghiệp.
b. Khó khăn về đặc điểm kinh tế - xã hội
Do xuất phát điểm nền kinh tế của huyện Hoa Lư cịn hạn chế, đất canh tác ít, manh mún và nằm trong vùng thường xuyên chịu ảnh hưởng của thiên tai, lũ, bão, dịch bệnh. Cơ chế chính sách của Nhà nước đối với việc phát triển du lịch chưa đồng bộ, thiếu tính đột phá, đầu tư từ ngân sách nhà nước và các thành phần kinh tế cịn thấp
Trình độ nhận thức của một bộ phận không nhỏ cán bộ đảng viên và nhân dân còn hạn chế, nhất là cán bộ cơ sở nên việc triển khai thực hiện còn lúng túng, chưa chủ động, chưa tạo được sự đồng thuận của nhân dân.
Công tác quy hoạch giữa các ngành các cấp chưa đồng bộ, chồng chéo và việc triển khai công bố quy hoạch, ban hành quy chế quản lý xây dựng ở nông thôn của các cơ quan quản lý nhà nước chưa chặt chẽ, lỏng lẻo, tình trạng xây dựng nhà
cửa và các cơng trình của các hộ gia đình phát triển tự phát, không theo quy hoạch. Cơ sở vật chất, hạ tầng kỹ thuật ở nông thơn lạc hậu. Trình độ hiểu biết, nhận thức về xã hội của người dân có mức độ. Đây cũng là một trong những khó khăn, tồn tại trong xây dựng nơng thơn mới.
Nguồn vốn ngân sách nhà nước còn hạn hẹp, khai thác nội lực có hạn, huy động vốn khác gặp nhiều khó khăn. Trình độ, năng lực về huy động, sử dụng các nguồn lực cho phát triển du lịch sinh thái còn hạn chế.