Cơng Đồng Trento đã khơng giải quyết mọi vấn đề thần học do cuộc cải cách nêu ra. Những cuộc tranh cãi cịn kéo dài. Truyền thống Kinh Thánh bắt đầu va chạm với những tìm tịi và khám phá khoa học đầu tiên
1. Cuộc va chạm đầu tiên giữa khoa học và truyền thống Thánh Kinh
Mơt tu sĩ Ba Lan là Kopernik đã khám phá ra rằng, khơng phải mặt trời quay xung quanh trái đất, nhƣng là trái đất quay xung quanh mặt trời và quanh mình nĩ (1543). Nửa thế kỷ sau, lý thuyết này gây xáo động ở Rơma khi nĩ đƣợc Bruno, rồi Galilei lặp lại. Theo các nhà thần học Cơng Giáo cũng nhƣ Thệ phản, hệ thơng Kopernik đi ngƣợc lại những xác quyết của Thánh Kinh (Hc 1,4 ; Yos 10,12-13). Thực ra, từ lý thuyết của Kopernik, Bruno đã rút ra những kết luận xa rời Kitơ giáo, và ơng đã bỏ những lời khấn dịng. Vụ án kéo dài 7 năm, và kết thúc bằng việc Bruno bị thiêu sống ở Rơma năm 1600. Đến lƣợt Galilei cho rằng trong Thánh Kinh : "ý định của Chúa Thánh Thần khơng nhằm cho ta bầu trời xoay chuyển thế nào, nhƣng là ngƣời ta lên trời thế nào". Ơng bị giam lỏng năm 1633. Đây là bƣớc đầu hiểu lầm giữa Giáo Hội và khoa học.
2. Giáo thuyết Giansenio
Giáo thuyết này bắt nguồn từ cuộc tranh luận thời cải cách : đâu là vai trị ân sủng và tự do trong việc cứu rỗi con ngƣời ? Truyền thống Augustin nhấn mạnh ân sủng và sự tiền định, làm phƣơng hại đến tự do của con ngƣời. Những luận đề của Baio, nhà thần học ở Louvain, đi theo hƣớng này và bị kết án (1567). Ngƣợc lại, các cha Dịng Tên nhấn mạnh về tự do (tuy khơng phủ nhận ân sủng).
Dựa vào Augustino, Giansenio đƣa ra một quan niệm thật bi quan về bản tính của con ngƣời bị tội nguyên tội làm cho hƣ hoại. Rơma kết án 5 luận đề rút ra từ cuốn Augustinus. Cuộc tranh cãi cịn tiếp tục giữa phe Giansenio và phe Dịng Tên. Nhiều ngƣời theo phe Giansenio bị cầm tù. Giáo Hồng kết án 101 luận đề rút ra từ cuốn sách của Quesnel (1713). Phe Giansenio cịn tiếp tục chống đối trong thế kỷ XVIII.
Chƣơng XIII
CƠNG CUỘC TRUYỀN GIÁO
(Thế kỉ XV-XVIII)