Vấn đề kiểm soát chuyển giá phức tạp và địi hỏi cán bộ thanh tra có trình độ năng lực cao và chuyên sâu. Kinh nghiệm một số nƣớc nhƣ Mỹ, Anh đều có đội ngũ chuyên gia (specialist) về chuyển giá, và các cuộc thanh tra chuyển giá đều có sự tham gia của các chuyên gia này (tƣơng tự việc thanh tra một số ngành, lĩnh vực đặc thù nhƣ ngân hàng, bảo hiểm, dầu khí,… đều có sự tham gia của các chuyên gia chuyên về các ngành, lĩnh vực này).
Một số nƣớc trong khu vực nhƣ Trung Quốc, Malaysia, Thái Lan trong thời gian qua đã thành công trong công tác thanh tra chuyển giá. Các nƣớc này đều đã có bộ phận chuyên về chuyển giá.
Thực tế hiện nay tại Việt Nam đã có một bộ phận chuyên trách về chuyển giá trực thuộc Ban Cải cách và hiện đại hoá tại Tổng cục thuế. Bộ phận này đã đƣợc đào tạo và có nhiều cơ hội học tập, nghiên cứu kinh nghiệm các nƣớc trong việc chống chuyển giá. Để có thể hoạt động hiệu quả hơn, cần thiết hình thành một bộ phận độc lập với nhiệm vụ chính là:
- Nghiên cứu hoàn thiện các quy định về chuyển giá.
- Định hƣớng cho hoạt động thanh tra chuyển giá của các địa phƣơng.
- Chỉ đạo các cơ quan thuế địa phƣơng tổ chức thu thập, xây dựng hệ thống dữ liệu thông tin ngƣời nộp thuế trên phạm vi cả nƣớc.
- Chủ trì tham gia trong các “Thoả thuận trƣớc về xác định giá”, trao đổi thông tin với cơ quan thuế các nƣớc.
Trong giai đoạn hiện nay, bộ phận này cần thiết lựa chọn một số trƣờng hợp để trực tiếp thực hiện thanh tra chuyển giá, từ đó đúc kết kinh nghiệm thực tiễn để thiết lập quy trình, kỹ năng thanh tra chuyển giá, và đánh giá tính thực thi của chính sách để có những điều chỉnh phù hợp.
Với mơ hình tổ chức cơ quan thuế hiện nay, cấp Cục thuế là nơi trực tiếp quản lý các doanh nghiệp có vốn đầu tƣ nƣớc ngồi và các doanh nghiệp khác có quy mơ lớn và vừa. Bộ phận chuyên trách về chuyển giá cần tập trung chủ yếu nằm ở bộ máy Cục thuế. Tuy nhiên, do đặc điểm phân bố doanh nghiệp không đồng đều
giữa các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ƣơng và để đảm bảo hiệu quả trong công tác quản lý thuế, không nhất thiết thành lập 63 bộ phận chuyên trách về chuyển giá tại 63 Cục thuế tỉnh, thành phố. Nhiệm vụ chủ yếu của bộ phận này là:
- Tổ chức triển khai việc thu thập và xây dựng hệ thống thông tin dữ liệu so sánh (có quyền yêu cầu các bộ phận khác cung cấp thơng tin).
- Xây dựng chƣơng trình, kế hoạch thanh tra chuyển giá.
- Theo dõi, tiếp nhận và tập hợp các hồ sơ, thông tin về giao dịch liên kết do ngƣời nộp thuế lập và nộp cho cơ quan thuế.
- Nghiên cứu, đánh giá hồ sơ giao dịch liên kết; đề xuất các biện pháp xử lý (chấp nhận hoặc mở cuộc kiểm tra, thanh tra chuyển giá).
- Tiến hành kiểm tra, thanh tra chuyển giá và thực hiện điều chỉnh (nếu có). Để bộ phận này hoạt động có hiệu quả, điều quan trọng nhất là trình độ năng lực cán bộ ở bộ phận này. Phân tích các hồ sơ thanh tra cho thấy cán bộ thanh tra còn lúng túng trong việc lựa chọn giao dịch dộc lập để so sánh, lựa chọn áp dụng phƣơng pháp xác định giá thị trƣờng,… Vì vậy việc đào tạo huấn luyện cán bộ bộ phận này không thể thiếu và cần thực hiện thƣờng xuyên. Về lâu dài, cần có cơ chế chuyên gia nhƣ một số nƣớc phát triển đang áp dụng (Mỹ, Anh, Nhật).
Nhƣ đã phân tích, vấn đề thanh tra chuyển giá địi hỏi cán bộ thanh tra có trình độ năng lực cao và chuyên sâu. Vì vậy đi đôi với yêu cầu cao về năng lực, trình độ, bên cạnh việc tăng cƣờng đào tạo, huấn luyện, cũng cần xem xét chế độ đãi ngộ đối với cán bộ chuyên về chuyển giá, đặc biệt khi có cơ chế chuyên gia địi hỏi mức độ đãi ngộ tƣơng ứng, thậm chí rất cao thì mới có thể có và giữ đƣợc cán bộ giỏi thực hiện công tác thanh tra chuyển giá một cách hiệu quả.