Kỳ họp thứ 10 Quốc hội khoá IX đã ra Nghị quyết điều chỉnh địa giới hành chính một số tỉnh, trong đó chia tỉnh Hà Bắc thành hai tỉnh: Bắc Ninh và Bắc Giang.
Năm 1997, Đảng bộ tỉnh Bắc Ninh có 5 Đảng bộ huyện là: Yên Phong, Thuận Thành, Gia Lương, Tiên Sơn, Quế Võ và Đảng bộ Thị xã Bắc Ninh; 3 Đảng bộ trực thuộc là Đảng bộ Công an, Đảng bộ Quân sự, Đảng bộ các cơ quan tỉnh. Đảng bộ tỉnh có 453 tổ chức cơ sở đảng: 115 Đảng bộ xã, 7 Đảng bộ phường, thị trấn, 201 Chi bộ, Đảng bộ cơ quan hành chính, sự nghiệp; 92
Chi bộ, Đảng bộ doanh nghiệp; 38 Đảng bộ lực lượng vũ trang địa phương; với tổng số đảng viên là 31.155 đồng chí, trong đó xã, phường, thị trấn có 26.464 đồng chí. Các cơ quan trực thuộc Tỉnh uỷ gồm: Ban Tổ chức, Ban Tuyên giáo, Uỷ ban Kiểm tra, Ban Dân vận, Ban Tài chính - Quản trị, Ban Kinh tế, Văn Phòng Tỉnh uỷ và Báo Bắc Ninh. [1, tr. 518 - 519]
Ngày 12 tháng 12 năm 1996, Bộ Chính trị ra Quyết định số 125 - QĐ/TW thành lập Đảng bộ tỉnh Bắc Ninh và chỉ định Ban Chấp hành lâm thời gồm 27 đồng chí. Đại hội đại biểu Đảng bộ tỉnh Bắc Ninh khóa XV, nhiệm kỳ 1997 - 2000 bầu ra Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh gồm 39 đồng chí, Đại hội đại biểu Đảng bộ tỉnh Bắc Ninh khóa XVI, nhiệm kỳ 2000 - 2005 bầu ra Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh gồm 45 đồng chí, Đại hội đại biểu Đảng bộ tỉnh Bắc Ninh khóa XVII, nhiệm kỳ 2005 - 2010 bầu ra Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh gồm 49 đồng chí, Đại hội đại biểu Đảng bộ tỉnh Bắc Ninh khóa XVIII, nhiệm kỳ 2010 - 2015 bầu ra Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh gồm 53 đồng chí.
Tính đến tháng 6 năm 2011, Theo báo cáo của Ban Tổ chức Tỉnh ủy Bắc Ninh: Đảng bộ tỉnh Bắc Ninh có 8 Đảng bộ huyện, thị xã, thành phố là: Yên Phong, Thuận Thành, Gia Bình, Lương Tài, Tiên Du, Quế Võ, Thị xã Từ Sơn và Thành phố Bắc Ninh; 4 Đảng bộ trực thuộc là Đảng bộ Công an, Đảng bộ Quân sự, Đảng bộ các cơ quan tỉnh, Đảng bộ khối doanh nghiệp tỉnh. Đảng bộ tỉnh có 609 tổ chức cơ sở đảng, trong đó 215 Đảng bộ cơ sở, 394 Chi bộ cơ sở, 1.848 Chi bộ trực thuộc Đảng bộ cơ sở; với tổng số đảng viên là 46.061 đồng chí. Các cơ quan trực thuộc Tỉnh uỷ gồm: Ban Tổ chức, Ban Tuyên giáo, Uỷ ban Kiểm tra, Ban Dân vận, Văn Phòng Tỉnh uỷ, Đảng uỷ các cơ quan tỉnh, Đảng uỷ khối doanh nghiệp tỉnh, Trường Chính trị Nguyễn Văn Cừ và Báo Bắc Ninh.
Uỷ ban Kiểm tra Tỉnh uỷ do Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh bầu, gồm một số đồng chí trong Ban Chấp hành và một số đồng chí ngồi Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh. Tổ chức bộ máy cơ quan Uỷ ban Kiểm tra Tỉnh uỷ theo
quy định của Trung ương và sự chỉ đạo của Ban Thường vụ Tỉnh uỷ. Trước năm 2000, cơ quan Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy có Văn phịng và 02 Phịng nghiệp vụ: Phịng nghiệp vụ I có nhiệm vụ kiểm tra tổ chức đảng cấp dưới và đảng viên (kể cả cấp ủy viên cùng cấp) khi có dấu hiệu vi phạm; giải quyết đơn thư tố cáo; lập hồ sơ đề nghị thi hành kỷ luật tổ chức đảng cấp dưới và đảng viên có vi phạm; hướng dẫn, tổ chức thực hiện các quyết định kỷ luật của Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy hoặc Tỉnh ủy. Phịng nghiệp vụ II có nhiệm vụ kiểm tra việc thực hiện nhiệm vụ kiểm tra và thi hành kỷ luật trong Đảng của tổ chức đảng cấp dưới; kiểm tra tài chính của cơ quan tài chính cấp ủy cùng cấp và cấp ủy cấp dưới; giải quyết đơn thư khiếu nại về kỷ luật trong Đảng. Văn phịng có nhiệm vụ tổng hợp, thống kê và thực hiện cơng tác hành chính, quản trị của cơ quan, đồng thời theo dõi tồn diện cơng tác kiểm tra của Ủy ban Kiểm tra và tổ chức đảng cấp dưới, trước hết là huyện ủy, thị ủy, đảng ủy trực thuộc [80, tr. 127 - 128].
Theo quyết định số 32 - QĐ/KT của Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy, ngày 21 tháng 02 năm 2000 về việc tổ chức các phòng nghiệp vụ thuộc cơ quan Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy: điều chỉnh tổ chức 02 phòng nghiệp vụ kiểm tra theo chuyên đề của cơ quan thành 03 phịng nghiệp vụ phụ trách cơng tác kiểm tra theo cụm. Như vậy, cơ quan Uỷ ban Kiểm tra tỉnh có Văn phịng và 3 Phịng nghiệp vụ, nhiệm vụ của phòng nghiệp vụ là giúp Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy thực hiện nhiệm vụ kiểm tra, giám sát, giải quyết khiếu nại, tố cáo và thi hành kỷ luật đảng theo quy định của Điều lệ Đảng đồng thời giúp Tỉnh ủy kiểm tra tổ chức đảng cấp dưới và đảng viên theo Điều 30 Điều lệ Đảng đối với cụm phụ trách. [80, tr. 138]
Hiện nay, Uỷ ban Kiểm tra Tỉnh uỷ có 07 đồng chí, trong đó: 01 Chủ nhiệm, 03 Phó chủ nhiệm và 03 uỷ viên Uỷ ban Kiểm tra (Phó trưởng ban Thường trực Ban Tổ chức Tỉnh uỷ, Chánh Thanh tra tỉnh kiêm nhiệm). Cơ quan Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy có 18 cán bộ.
Uỷ viên Uỷ ban Kiểm tra Huyện uỷ và tương đương là 60 đồng chí; Uỷ ban kiểm tra Đảng uỷ cơ sở là 789 đồng chí; cấp uỷ các cấp có 209 Uỷ ban Kiểm tra các cấp, 394 tổ chức đảng cơ sở cử chi uỷ viên phụ trách công tác kiểm tra, giám sát. Số cán bộ làm công tác kiểm tra của Đảng bộ tỉnh là 1.031 đồng chí. Cơ quan Uỷ ban Kiểm tra tỉnh có Văn phịng và 3 Phịng nghiệp vụ, có 18 cán bộ, cơ quan Uỷ ban kiểm tra Huyện uỷ và tương đương là 56 đồng chí.