Giống như các hoạt động, các mối quan hệ trong lĩnh vực kinh tế-xã hội khác, hoạt động và các mối quan hệ thủy sản được ràng buộc, chi phối và điều chỉnh bởi các văn bản pháp lý và diễn ra trong sự giám sát chặt chẽ của các cơ quan chức năng của nhà nước và xã hội. Do những đặc trưng riêng có của hoạt động thủy sản mà bên cạnh bị chi phối bởi các văn bản pháp lý chung còn được điều chỉnh bởi khung pháp lý riêng biệt cho ngành.
Các văn bản quy phạm pháp luật trong lĩnh vực thủy sản do chính phủ và các bộ ngành liên quan ban hành dưới các hình thức luật, nghị định, quyết định, thơng tư, công văn liên quan đến các nội dung về kiểm sốt chất lượng, an tồn vệ sinh sản phẩm thủy sản, bảo vệ môi trường, đảm bảo điều kiện an toàn vệ sinh ở các cơ sở sản xuất thủy sản, kiểm sốt vệ sinh vùng ni, khai thác chế biến, các văn bản về giống, thức ăn, thuốc kháng sinh thủy sản, về xử phạt vi phạm.
Năm 2003, Luật thủy sản ra đời cùng với những nghị định hướng dẫn thi hành đã đánh dấu bước ngoặt phát triển pháp lý của ngành thủy sản. Luật này được áp dụng cho các tổ chức, cá nhân Việt Nam, tổ chức cá nhân nước ngoài trên đất liền, hải đảo, vùng nội thủy, lãnh hải, vùng đặc quyền kinh tế và thềm lục địa của Việt Nam. Tuy nhiên sau gần 10 năm thực hiện luật thủy sản năm 2003 đã bộc lộ một số tồn tại, bất cập trước thực tế phát triển của ngành thuỷ sản Việt Nam và sự hội nhập quốc tế ngày càng sâu rộng, trong đó có nhiều hiệp định, điều ước, thoả thuận quốc tế mới mà Luật phải điều chỉnh, bổ sung cho phù hợp. Nhiều nội dung của luật vẫn
thiếu điều kiện áp dụng, thiếu văn bản dưới luật hướng dẫn thi hành chẳng hạn: tuy đã dành một chương quy định về "chế biến, mua bán, xuất khẩu, nhập khẩu thủy sản" nhưng vẫn thiếu những nội dung đồng bộ để đảm bảo thực thi có hiệu quả, trong đó vấn đề về điều kiện kinh doanh thủy sản chưa có tiêu chí đánh giá, hồn thiện quản lý chế biến và xuất khẩu thủy sản khi chế biến và xuất khẩu thủy sản được xác định là hoạt động có những đóng góp rất lớn cho đất nước. Vì vậy việc sửa đổi, bổ sung luật thuỷ sản 2003 là hết sức cần thiết. Văn bản dự thảo đã đưa ra nhiều quy định cụ thể để thay đổi, bổ sung cho Luật năm 2003, như thêm mới chương quy hoạch, kế hoạch phát triển thuỷ sản; chương kiểm ngư; quản lý tàu thuyền nghề cá Việt Nam hoạt động ngoài vùng nước quốc gia và một số điều quy định về hội, hiệp hội, quản lý cộng đồng, truy xuất nguồn gốc sản phẩm, v.v...
Việc Việt Nam gia nhập tổ chức thương mại quốc tế (WTO) vào năm 2007 trở thành thành viên thứ 150 của tổ chức này bên cạnh những thuận lợi để ngành thủy sản nước ta phát triển và thâm nhập sâu hơn vào thị trường thế giới, mở rộng thị trường tiêu thụ, tạo điều kiện và lợi thế trong các vụ kiện chống bán phá giá…thì cũng gặp nhiều thách thức do hàng loạt cam kết theo quy định của WTO và Việt Nam đang dần phải thay đổi chính sách để phù hợp, hài hịa với những chuẩn mực chung, những tiêu chuẩn, chính sách, thơng lệ và luật pháp quốc tế. Chúng ta không phủ nhận những nỗ lực to lớn từ chính phủ, các bộ ngành liên quan, các tổ chức hội nghề nghiệp tạo lập nên một hành lang pháp lý thơng thống ổn định, có định hướng phù hợp, kịp thời giúp ngành thủy sản mở rộng thị phần tiêu thụ, gia tăng giá trị xuất khẩu, nâng cao năng lực cạnh tranh, uy tín thủy sản Việt Nam trên trường quốc tế thông qua ban hành các văn bản, tổ chức công tác quản lý kiểm tra ATTP, kiên quyết không xuất khẩu thủy sản “bẩn”, quản lý vùng nuôi, quản lý tàu cá và các thuốc kháng sinh như: luật thủy sản, luật ATTP, luật bảo vệ môi trường, nghị định 80/2006/NĐ-CP về quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của luật bảo vệ môi trường, nghị định 27/2005/ NĐ-CP về quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của luật thủy sản, Quyết định 1690/QĐ-TTg về phê duyệt chiến lược phát triển thủy sản Việt Nam đến năm 2020, bãi bỏ các quy định kiểm sốt tạp chất trong thủy sản trong thơng tư 09/2010/TT_BNNPTNT và quyết định 2568/QĐ- QLCL…
Tuy nhiên vẫn cịn nhiều bất cập trong quy trình làm việc, chính sách, cơng tác quản lý ATTP cần được điều chỉnh bằng các thiết chế pháp lý như: rào cản kỹ thuật, áp lực thuế, bảo vệ môi trường, thông lệ quốc tế… Hiện nay DN thủy sản ngồi khu cơng nghiệp đang áp dụng quy chuẩn về nước thải riêng của ngành thủy
sản là QCVN 11:2008 nhưng DN nằm trong khu công nghiệp lại phải thực hiện quy chuẩn khác của khu cơng nghiệp mà quy chuẩn này khơng thích hợp cho ngành thủy sản. Hoạt động xuất khẩu thủy sản nước ta chịu rào cản kỹ thuật từ các nước nhập khẩu thủy sản như vấn đề dư lượng kháng sinh trên sản phẩm tôm của Việt Nam vào thị trường Châu Âu vào năm 2001, hàng tôm nhập khẩu vào Nhật nhiễm Trifluralin năm 2010 và đến năm 2012 Nhật Bản kiểm soát dư lượng chất Ethoxyquin đối với mặt hàng tôm xuất khẩu của Việt Nam ... Hơn một nửa số cảnh báo do lây nhiễm kháng sinh cấm có nguồn gốc từ khâu nuôi trồng, khai thác, thu mua nguyên liệu nhưng công tác quản lý các khâu này đang bị bỏ trống trong khi các DN xuất khẩu thủy sản phải chịu chi phí kiểm tra 100% sản phẩm trước khi xuất khẩu. Mặc khác, việc cảnh báo dư lượng kháng sinh bị cấm còn “lệch pha” so với thị trường thế giới. Cụ thể, kháng sinh enrofloxacin và ciprofloxacin đã bị Nhật cấm từ năm 2007 nhưng phải 5 năm sau Bộ nơng nghiệp và phát triển nơng thơn (NN&PTNT) mới có lệnh cấm sử dụng những chất này trong nuôi trồng thủy sản. Việc cho phép sử dụng một số loại kháng sinh trong nuôi trồng thủy sản, kiểm sốt khơng tốt việc sản xuất, lưu thông các chất bị cấm ... là việc của nhà nước trên "chuỗi sản xuất”, nhưng DN lại là chủ thể phải chịu sự trừng phạt khi bị phát hiện cảnh báo trong bối cảnh đã tuân thủ đầy đủ theo yêu cầu lấy mẫu kiểm nghiệm và cấp chứng thư của cục quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản (NAFIQAD). Ngoài ra, sau khi luật ATTP được Quốc hội Khóa XII thơng qua và chính thức có hiệu lực từ ngày 01/7/2011 thì trong 4 tháng tiếp theo, Bộ NN&PTNT đã ban hành thông tư 55/2011/TT-BNNPTNT và các Quyết định liên quan đến kiểm soát chất lượng, vệ sinh, ATTP thủy sản xuất khẩu nhưng một số nội dung chưa tuân thủ đúng với luật ATTP, cách tiếp cận chưa đổi mới so với các thông tư và văn bản trước đây... Vì vậy bộ NN&PTNT, các cơ quan quản lý thuộc bộ phối hợp với VASEP đề xuất thay đổi cách tiếp cận kiểm soát ATTP phù hợp với luật ATTP, thông lệ quốc tế và giảm gánh nặng cho DN, gồm: kiểm soát điều kiện sản xuất là yếu tố chính để xuất khẩu thủy sản, khơng áp dụng việc lấy mẫu kiểm nghiệm bắt buộc lô hàng làm điều kiện để cấp chứng thư xuất khẩu, khơng u cầu các DN phải có chứng thư của nhà nước khi nước nhập khẩu không yêu cầu, phải phân loại và giảm kiểm tức là không quy định kiểm tra hồ sơ và cấp giấy chứng nhận đối với các lô hàng xuất khẩu của các DN chưa có lơ hàng bị cảnh báo và chỉ thực hiện kiểm tra tăng cường lấy mẫu kiểm nghiệm chỉ tiêu hóa chất, kháng sinh cấm đối với cơ sở sản xuất kinh doanh có lơ hàng bị cảnh báo trước khi xuất khẩu. Đồng thời, NAFIQAD sẽ thông báo với Tổng cục Hải quan danh sách các cơ sở bắt buộc phải có giấy chứng nhận chất lượng ATTP, cần
tách đơn vị thanh tra và đơn vị kiểm nghiệm ATTP ra làm hai bộ phận riêng biệt tránh tình trạng “vừa đá bóng vừa thổi cịi”, cần thay đổi cách kiểm soát kháng sinh và các yếu tố rủi ro ATTP theo hướng kiểm soát đầu nguồn thay vì kiểm tra lơ hàng như hiện nay, đề nghị xã hội hóa cơng tác kiểm nghiệm nhằm kịp thời phục vụ cho cơng tác xuất khẩu. Bên cạnh đó, Bộ NN&PTNT cần cập nhật những thơng tin mới nhất về ATTP từ các nước nhập khẩu thủy sản của Việt Nam và ban hành những quy định hướng dẫn thực hiện cho phù hợp với yêu cầu từ các nước nhập khẩu.
Trong năm 2012, ngành thủy sản đã xác định sẽ triển khai nhiều giải pháp đồng bộ, trong đó tiếp tục tập trung vào những đối tượng có lợi thế cạnh tranh cao nhất. Cùng với đó, ngành sẽ tiếp tục tăng diện tích ni thủy sản nước mặn, lợ, cơ bản giữ ổn định diện tích ni nước ngọt. Đồng thời tăng cường thanh tra, kiểm tra và xây dựng mới các tiêu chuẩn, quy chuẩn ngành… Đặc biệt, ngành sẽ đẩy mạnh tuyên truyền, phổ biến các chính sách hỗ trợ ngư dân, người ni thuỷ sản. Ngồi ra, ngành sẽ rà sốt lại danh mục các loại hóa chất sử dụng trong sản xuất nuôi trồng, khai thác thủy sản và có văn bản cấm sử dụng các chất gây ảnh hưởng đến chất lượng sản phẩm và xuất khẩu. Trong năm này, Bộ NN&PTNT cũng sẽ triển khai mạnh hơn việc kiểm soát chất lượng theo chuỗi giá trị thủy sản để góp phần giảm bớt các khó khăn cho DN. Bộ cũng đề nghị Ngân hàng Nhà nước chỉ đạo các ngân hàng thương mại tạo điều kiện cho các DN sản xuất kinh doanh trong lĩnh vực nông nghiệp tiếp cận được nguồn vốn lãi suất thấp, đảm bảo cho DN vay vốn thu mua tạm trữ nông sản với giá ưu đãi. Đặc biệt, đề nghị Ngân hàng Nhà nước chỉ đạo và kiểm tra sát sao các ngân hàng áp dụng lãi suất dưới 15% cho các khoản nợ cũ của DN và vay đầu tư dài hạn khơng q 15%/năm. Bên cạnh đó, VASEP đang tiến hành hỗ trợ quá trình tái cơ cấu chuỗi sản xuất thủy hải sản cũng như tham gia với Bộ NN& PTNT xây dựng nghị định về quản lý sản xuất và tiêu thụ cá tra, cá ba sa, trong đó đặc biệt chú ý đến việc xây dựng giá sàn mua cá nguyên liệu nhằm đảm bảo mức lợi nhuận tối thiểu 5% cho người nuôi; từng bước thiết lập chuỗi giá trị hoàn chỉnh, đạt tiêu chuẩn quốc tế cao về phát triển bền vững, giúp DN chủ động tái cơ cấu, khép kín tồn chuỗi sản xuất cũng như áp dụng những công nghệ tiên tiến vào quản trị tạo cơ hội cho ngành thủy sản chuyển dịch đạt hiệu quả kinh doanh bền vững trong tương lai.
Thêm vào đó, Chính phủ đã bày tỏ quan điểm xác định việc tái cơ cấu ngành không chỉ chú trọng vào tăng giá trị xuất khẩu mà cần phải tính đến nhiều yếu tố liên quan đến chuỗi hoạt động, phát triển bền vững của ngành hàng đó. Ngồi ra, chính phủ cịn nhấn mạnh phát triển chuỗi thực phẩm an toàn là nhiệm vụ chiến lược quốc
gia trong quyết định số 20/QĐ-TTg ngày 04 tháng 01 năm 2012 về phê duyệt chiến lược quốc gia ATTP giai đoạn 2011-2020, tầm nhìn 2030 đã đưa ra mục tiêu đến năm 2015, các quy hoạch tổng thể về ATTP, từ sản xuất đến tiêu dùng phải được triển khai trên hệ thống quản lý đủ mạnh, có hiệu lực, có tác động rõ rệt và toàn diện tới việc cải thiện tình trạng ATTP; đến năm 2020, việc kiểm sốt ATTP trong tồn bộ chuỗi cung cấp thực phẩm phải phát huy hiệu quả trong việc bảo vệ sức khỏe và quyền lợi người tiêu dùng.
Về cơ quan quản lý kiểm tra giám sát thủy sản cũng có sự thay đổi qua các thời kỳ nhằm đảm bảo chức năng quản lý ngành. Năm 1981, Bộ Hải sản được tổ chức lại thành Bộ Thủy sản, ngành Thủy sản bước vào giai đoạn phát triển tồn diện cả về khai thác, ni trồng, hậu cần dịch vụ, chế biến và xuất khẩu, đẩy mạnh nghiên cứu và ứng dụng tiến bộ khoa học công nghệ vào sản xuất, mở rộng hợp tác quốc tế để giữ vững nhịp độ tăng trưởng. Đến ngày 31/7/2007 Bộ thủy sản nhập vào bộ NN&PTNT để đảm bảo yêu cầu quản lý tổng hợp, đổi mới phương thức hoạt động phù hợp với phương hướng nhất quán đa ngành đa lĩnh vực liên thơng khắc phục tình trạng một việc do nhiều cơ quan nhiều tập thể cùng chịu trách nhiệm, tinh giảm việc thực thi nhiều Luật, nhiều Nghị định, Pháp lệnh đã ban hành trong thời gian qua. Đến ngày 10-9-2009, Thủ tướng Chính phủ đã có quyết định cho phép thành lập 3 Tổng cục trực thuộc Bộ NN&PTNT gồm: Tổng cục Lâm nghiệp, Tổng cục Thủy sản và Tổng cục Thủy lợi. Đây là 3 lĩnh vực có vai trị quan trọng trong tồn ngành nơng nghiệp. Trong khi đó, nơng nghiệp là ngành có tính chất nền tảng trong sự phát triển của đất nước, là cơ sở của cơng nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước. Do đó, vai trị của ngành nơng nghiệp là vơ cùng lớn, sự ra đời của 3 Tổng cục sẽ giúp 3 lĩnh vực trọng yếu trong ngành nông nghiệp phát triển toàn diện và chuyên sâu hơn. Mỗi Tổng cục vừa phải làm tốt trách nhiệm quản lý Nhà nước, vừa phải đảm đương phát triển ngành trên phạm vi toàn quốc.