Trong đó Chi cục KTSTQ được thành lập ngày 27/06/2006 (tiền thân là phòng Kiểm tra sau thông quan) với chức năng nhiệm vụ chủ yếu là tham mưu, hướng dẫn về cơng tác KTSTQ trong tồn cơ quan và trực tiếp thực hiện công tác KTSTQ chuyên sâu đối với các vụ việc có dấu hiệu gian lận thương mại trong các lãnh vực: trị giá tính thuế, thuế suất, ...
Các chi cục còn lại là đơn vị trực thuộc Cục Hải quan Đồng Nai có chức năng trực tiếp thực hiện các qui định quản lý nhà nước vềHQđối với hàng hóa XK, NK, quá cảnh, phương tiện vận tải XNC, quá cảnh, tổ chức thực hiện pháp luật về
PHÓ CỤCTRƯỞNG TRƯỞNG PHÓ CỤC TRƯỞNG - Phòng Tổ chức cán bộ - Phòng Thanh tra - Phòng Chống buôn lậu và xử lý viphạm
- Trung tâm Dữ liệu và CNTT
- Ban Cải cách, hiện đại hoá HQ
- Chi cục Kiểm tra sau thơng quan
- Phịng Giám sát quản lý về HQ
- Phòng Thuế XNK
- Chi cục Hải quan Long Thành
- Chi cục Hải quan Nhơn Trạch
- Chi cục Hải quan Thống Nhất
- Chi cục Hải quan Bình Thuận
-Văn phịng
- Phịng Tài vụ - Quản trị
-Đội Kiểm sốt HQ - Chi cục Hải quanBiên Hoà
- Chi cục Hải quan khu chế xuất Long Bình - Chi cục Hải quan Long Bình Tân
thuế và thu khác đối với hàng hóa XK, NK; phịng, chống buôn lậu, gian lận thương mại, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới trong phạm vi địa bàn chi cục đảm trách.