- Hiện nay ngành thủy sản nước ta còn nhiều thuận lợi với nguồn lợi thủy - hải sản tự nhiên và tiềm năng ni trồng thủy sản có khả năng mở rộng sản xuất. Tuy vậy, hệ quả của những năm tăng trưởng nóng, nhiều nhà máy thủy sản mới do chạy đua theo làn sóng đầu tư hiện đã bộc lộ điểm yếu, bất cập.
- Đối với mặt hàng cá tra, số nhà máy chế biến thủy sản qui mô vừa và nhỏ tăng nhanh đã dẫn tới cung vượt cầu. Trong đó có một số doanh nghiệp năng lực tài chính yếu, hoạt động chủ yếu bằng vốn vay, thiếu vốn; tỷ trọng cơ giới hóa, tự động hóa trong sản xuất chưa cao nên dẫn tới chi phí sản xuất tăng cao, giá thành sản phẩm cao, hiệu quả sản xuất kinh doanh thấp. Trong khi đó ngành hàng tơm do vùng nuôi thường xảy ra dịch bệnh, sản lượng tôm nguyên liệu trong nước cung không ổn định, giá thành sản xuất cao. Các nhà máy chế biến tôm, nhất là các loại nguyên liệu hải sản thường xuyên thiếu nguyên liệu.
- Thị trường nội địa tuy có nhu cầu lớn nhưng đa số người dân có thói quen tiêu thụ các sản phẩm tươi sống truyền thống hoặc sản phẩm đơng lạnh có chất lượng trung bình. Do vậy xu hướng tiêu dùng các sản phẩm thủy sản xuất khẩu của người dân trong nước sắp tới chỉ tăng lên khi có mức thu nhập cao hơn. Trong thời gian tới, thị trường xuất khẩu vẫn chiếm tỷ trọng lớn. Phần lớn các doanh nghiệp chế biến thủy sản xuất khẩu phải thực hiện chủ trương tái cơ cấu, chuyển đổi cơ cấu mặt hàng xuất khẩu là cần thiết. Hiện thời đối với cơng nghệ chế biến tơm có thể tạm bằng lịng với trình độ chế biến chung của các nhà máy chế biến trong nước, đáp ứng tỉ lệ hàng tinh chế ở ngưỡng cao của thế giới và đủ sức cạnh tranh mạnh để tiêu thụ các nước có thu nhập cao. Với sản phẩm cá tra, dù có nhiều ý kiến đóng góp, khuyến khích các doanh nghiệp tập trung vào chế biến sản phẩm tinh chế.
- Tốc độ phát triển của ngành thủy sản tương đối cao trong những năm gần đây. Nhu cầu về sản phẩm thủy sản trong nước cũng như xuất khẩu khơng ngừng tăng, ngày càng địi hỏi nhiều chủng loại sản phẩm khác nhau.
- Chất lượng nguồn nguyên liệu thấp, ảnh hưởng tính mùa vụ làm cho cung nguyên liệu không ổn định, sự cạnh tranh gay gắt giữa các nhà sản xuất trong cuộc chiến tranh giành vùng nguyên liệu. Tính mùa vụ của nhu cầu tiêu dùng làm ảnh hưởng đến tình hình tài chính của doanh nghiệp.
- Sự phụ thuộc của nhà sản xuất vào tình hình thị trường thế giới, các chính sách chống bán phá giá và rào cản kỹ thuật khắc khe của các nước nhập khẩu, chất lượng sản phẩm thủy sản hơn lúc nào hết được đặt lên hàng đầu.
- Do ảnh hưởng của chỉ số tiêu dùng tăng cao dẫn đến khả năng thanh toán ngày càng thấp của phần lớn bộ phận người tiêu dùng, đặc biệt trong các khu vực nông thôn, vùng sâu.
- Sự phụ thuộc của các nhà sản xuất vào trung gian buôn bán nhỏ, các nhà bán lẻ; sự cần thiết phải bán hàng trả chậm và phải nhận lại hàng khi hết hạn.
- Sự cần thiết phải đầu tư vào phát triển mạng lưới thương mại, quảng cáo và xúc tiến việc xây dựng thương hiệu.
Như vậy, trong ngành thủy sản hiện nay đang tồn tại những hạn chế nhất định. Vấn đề đặt ra là làm thế nào bảo toàn được khả năng cạnh tranh trong điều kiện như vậy, khơng đánh mất vị trí đã đạt được và không ngừng phát triển doanh nghiệp.