Hệ thống tổ chức Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội hiện nay được tổ chức theo đơn vị hành chớnh quõn đội, đõy là vấn đề cú tớnh lịch sử, xuất phỏt từ yờu cầu nhiệm vụ củng cố kỷ luật, bảo vệ sức mạnh chiến đấu của
quõn đội từ trong giai đoạn chiến tranh thống nhất đất nước. Nờn mụ hỡnh này khụng phự hợp với tổ chức bộ mỏy của nhà nước, thẩm quyền điều tra của cỏc Cơ quan điều tra hỡnh sự trong quõn đội thực hiện vừa theo nguyờn tắc địa bàn lónh thổ, vừa theo nguyờn tắc đơn vị quản lý hành chớnh là chưa phự hợp với quy định của phỏp luật tố tụng hỡnh sự. Dẫn đến một loạt những vướng mắc, bất cập. Vỡ vậy, mục tiờu đổi mới tổ chức Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội là phải phự hợp với hệ thống tổ chức bộ mỏy của nhà nước, đặc thự của quõn đội và theo đỳng quy định của phỏp luật. Cú nghĩa là, mụ hỡnh tổ chức của Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội sau khi đổi mới phải hoạt động điều tra theo địa giới hành chớnh nhà nước; cú sự phự hợp với tớnh chất đặc thự quõn đội, theo địa bàn tỉnh và khu vực cỏc tỉnh thuộc quõn khu quản lý, thẩm quyền điều tra theo nơi phỏt hiện tội phạm. Theo chỳng tụi, đõy là khõu đột phỏ, nhiệm vụ quan trọng nhất trong đổi mới Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội theo tiến trỡnh cải cỏch tư phỏp và việc đổi mới cần đạt được những yờu cầu sau:
Một là, đổi mới hệ thống tổ chức Cơ quan điều tra hỡnh sự qũn đội
phải đảm bảo sự lónh đạo tuyệt đối, trực tiếp về mọi mặt của Quõn ủy Trung ương đối với Cơ quan điều tra hỡnh sự.
Hai là, mụ hỡnh tổ chức Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội phải được
tổ chức theo ngành dọc. Đảm bảo sự chỉ đạo trực tiếp, thống nhất về nghiệp vụ của Thủ trưởng Cơ quan điều tra hỡnh sự Bộ quốc phũng.
Ba là, mụ hỡnh tổ chức Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội phải tiếp tục
thu gọn đầu mối, đồng bộ, kết hợp chặt chẽ giữa cụng tỏc trinh sỏt và hoạt động điều tra tố tụng hỡnh sự. Nõng cao được chất lượng và hiệu quả đấu tranh phũng, chống vi phạm, tội phạm, gúp phần vào việc duy trỡ, củng cố kỷ luật, bảo vệ phỏp luật và sức mạnh chiến đấu của quõn đội.
Bốn là, đổi mới hệ thống tổ chức Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội
với cụng tỏc tổ chức và chớnh sỏch cỏn bộ. Trỏnh gõy xỏo trộn, ảnh hưởng lớn tới hoạt động của Ngành điều tra hỡnh sự.
Năm là, mụ hỡnh tổ chức Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội phải phự
hợp với hệ thống tổ chức Viện kiểm sỏt quõn sự, Tũa ỏn quõn sự.