Đõy là giải phỏp cú tớnh quyết định, bởi vỡ những bất cập, vướng mắc, cũng như sự kộm hiệu quả trong hoạt động của cỏc Cơ quan điều tra hỡnh sự trong quõn đội đều bắt nguồn từ mụ hỡnh hệ thống tổ chức hiện nay của Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội được tổ chức theo đơn vị hành chớnh quõn đội. Về mụ hỡnh tổ chức hệ thống mới của Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội dự kiến được xõy dựng như sau:
* Cú ba cấp điều tra như hiện nay, cấp thứ nhất (cấp Bộ Quốc phũng), cấp thứ hai (cấp quõn khu), cấp thứ ba (cấp tỉnh).
* Về tờn gọi: đổi tờn gọi cho phự hợp với tớnh chất, địa bàn hoạt động và hệ thống Viện kiểm sỏt quõn sự, Tũa ỏn quõn sự. Cụ thể: cấp thứ nhất, Cơ quan điều tra hỡnh sự Bộ Quốc phũng; cấp thứ hai, Cơ quan điều tra hỡnh sự khu vực quõn khu 1, 2, 3, 4, 5, 7, 9 và Thủ đụ Hà Nội; cấp thứ ba, Cơ quan điều tra hỡnh sự tỉnh hoặc thành phố trực thuộc trung ương..
* Về số lượng: 73 Cơ quan điều tra hỡnh sự, giảm 24 cơ quan: - Cơ quan điều tra hỡnh sự Bộ Quốc phũng.
- 08 Cơ quan điều tra hỡnh sự khu vực Quõn khu 1, 2, 3, 4, 5, 7, 9 và khu vực Thủ đụ Hà Nội.
- 64 Cơ quan điều tra hỡnh sự tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (Xem Phụ lục 4).
* Về thẩm quyền điều tra thực hiện theo địa bàn lónh thổ tỉnh (cấp thứ ba) hoặc khu vực cỏc tỉnh của quõn khu (cấp thứ hai).
* Về lộ trỡnh thực hiện:
- Giai đoạn từ năm 2011 đến năm 2015: chuẩn bị mọi điều kiện để tiến tới tổ chức lại cỏc Cơ quan điều tra hỡnh sự theo mụ hỡnh tổ chức mới. Giải thể Cơ quan điều tra hỡnh sự Bộ Tổng Tham mưu, Tổng cục Chớnh trị, Tổng cục 2, cỏc Tổng cục: Hậu cần, Kỹ thuật, Cụng nghiệp Quốc phũng, cỏc binh chủng, binh đồn, qũn đồn và cỏc Cơ quan điều tra hỡnh sự khu vực trực thuộc cỏc Cơ quan điều tra hỡnh sự núi trờn. Thành lập Cơ quan điều tra hỡnh sự cỏc tỉnh, trờn cơ sở Cơ quan điều tra hỡnh sự khu vực thuộc cỏc quõn khu hiện cú và thành lập mới ở cỏc tỉnh hiện nay chưa cú, ưu tiờn cỏc tỉnh cú địa bàn phức tạp về tỡnh hỡnh tội phạm hoặc nơi cú nhiều đơn vị quõn đội đúng quõn.
- Giai đoạn sau năm 2015: giải thể cỏc Cơ quan điều tra hỡnh sự cấp thứ hai cũn lại là: Cơ quan điều tra hỡnh sự cỏc Tổ chức sự nghiệp Bộ Quốc phũng, Cơ quan điều tra hỡnh sự Quõn chủng: Phũng khụng - Khụng quõn, Cơ quan điều tra hỡnh sự Hải quõn, Cơ quan điều tra hỡnh sự Bộ đội Biờn phũng và cỏc Cơ quan điều tra hỡnh sự khu vực trực thuộc. Để sỏp nhập với cỏc Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn khu và khu vực để thành lập 08 Cơ quan điều tra hỡnh sự khu vực quõn khu 1, 2, 3, 4, 5, 7, 9, khu vực Thủ đụ Hà Nội và 64 Cơ quan điều tra hỡnh sự tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.
* Về cơ chế lónh đạo, chỉ đạo, quản lý
Mụ hỡnh tổ chức hệ thống mới của Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội thực hiện cơ chế quản lý trực tiếp của cấp trờn đối với cấp dưới, thành một hệ thống tổ chức thống nhất theo ngành dọc về nghiệp vụ và hành chớnh quõn sự. Cơ quan điều tra hỡnh sự cỏc cấp chịu sự lónh đạo trực tiếp, thống nhất của Thủ trưởng Cơ quan điều tra hỡnh sự Bộ Quốc phũng. Ngành điều tra hỡnh sự quõn đội chịu sự lónh đạo, chỉ đạo trực tiếp của Quõn ủy Trung ương, Bộ Trưởng Bộ Quốc phũng. Và chỉ cú thực hiện như trờn mới phỏt huy sức mạnh của toàn bộ hệ thống Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội trong hoạt động tố tụng hỡnh sự và đỏp ứng yờu cầu, nhiệm vụ xõy dựng quõn đội trong tỡnh hỡnh
mới. Điều này được chứng minh trong thực tế từ năm 2004 đến nay, thụng qua mụ hỡnh Cơ quan điều tra hỡnh sự cỏc Tổ chức sự nghiệp Bộ quốc phũng được tổ chức trong Cơ quan điều tra hỡnh sự Bộ Quốc phũng, chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Thủ trưởng Cơ quan điều tra hỡnh sự Bộ Quốc phũng về cả nghiệp vụ và hành chớnh quõn sự. Với số lượng vụ ỏn hỡnh sự hàng năm lớn, nhiều vụ phức tạp, lực lượng cỏn bộ điều tra mỏng, địa bàn rộng, nhưng Cơ quan điều tra hỡnh sự cỏc Tổ chức sự nghiệp Bộ quốc phũng đó luụn hồn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ.
Việc tổ chức hệ thống Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội như trờn sẽ khắc phục được những bất cập, tồn tại, vướng mắc của hệ thống tổ chức Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội hiện nay. Hiệu quả hoạt động của Cơ quan điều tra hỡnh sự quõn đội (theo mụ hỡnh mới) sẽ được nõng lờn.