Do đây là những tranh chấp liên quan đến các lĩnh vực chuyên sâu nên những người lựa chọn giải quyết tranh chấp phải là người am tường và có chun mơn cao về các lĩnh vực này. Tiêu chuẩn chọn thành viên của Tòa Trọng tài đặc biệt khác với Tòa trọng tài nêu trên. Ở đây, những người được đề cử là các chuyên gia mà không phải là các trọng tài viên và những người này phải là người có năng lực và thừa nhận chung về pháp lý, khoa học hay kỹ thuật trong các lĩnh vực nói trên.
Cũng khác với Tịa Trọng tài, danh sách các chuyên gia do các nước chỉ định không phải do Tổng thư ký LHQ lập và nắm giữ mà do các cơ quan chuyên môn trong các lĩnh vực lập và duy trì.
Theo quy định của UNCLOS 1982, tổ chức Nơng lương của LHQ lập và duy trì danh sách chuyên gia trong lĩnh vực đánh bắt hải sản; Chương trình mơi trường của LHQ lập và duy trì danh sách chuyên gia trong lĩnh vực bảo vệ và gìn giữ mơi trường biển; Tổ chức Hải dương học quốc tế lập và duy trì danh sách chuyên gia trong lĩnh vực nghiên cứu khoa học biển; và Tổ chức hàng hải quốc tế lập và duy trì danh sách chuyên gia trong lĩnh vực hàng hải, kể cả ô nhiễm do tàu thuyền (Điều 2, khoản 2 Quy chế Tòa trọng tài đặc biệt).
Mỗi bên tranh chấp có quyền lựa chọn hai thành viên Tịa Trọng tài đặc biệt và một trong hai người này có thể là cơng dân nước mình và hai bên tiến hành thỏa thuận cử ra Chánh Tòa Trọng tài đặc biệt. Trong trường hợp các bên không thể lựa chọn được chuyên gia hay Chánh Tịa trọng tài đặc biệt thì Tổng thư ký LHQ sẽ là người
tiến hành việc lựa chọn này.