Những lực cản chủ yếu đối với việc mở rộng quan hệ Mỹ - Việt là sự khác biệt về chế độ chính trị và trình độ phát triển. Mỹ là nƣớc theo chế độ chính trị đa đảng với hệ giá trị, hệ thống luật pháp và cơ chế quản lý xã hội rất khác Việt Nam. Mỹ đã gây sức ép với nhiều nƣớc, trong đó có Việt Nam để thay đổi những giá trị và chuẩn mực phù hợp với giá trị của Mỹ, nhiều lần kêu gọi Việt Nam chấp nhận đa ngun, đa đảng. Ngồi ra cịn tồn tại sự cản trở mang tính thể chế. Nền chính trị Mỹ gắn với sự cạnh tranh của Đảng Cộng hòa và Đảng Dân chủ. Hai đảng thƣờng tranh cãi hầu hết các vấn đề về chính sách cơng, trong đó có chính sách đối với Việt Nam. Trong quan hệ với Việt Nam, quá trình bình thƣờng hóa đƣợc khởi đầu từ thời Tổng thống George Herbert Walker Bush, đã nhận đƣợc sự ủng hộ của Đảng Cộng hịa, Đảng Dân chủ ln tìm cách ngăn cản. Tổng thống của Đảng Dân chủ Bill Clinton tiếp tục các nỗ lực của cựu Tổng thống George Herbert Walker Bush thì Đảng Cộng hịa lại chống đối, do đó vấn đề Việt Nam bị kẹt trong cuộc chiến đảng phái.
Chính sách đối ngoại của Mỹ đƣợc thay đổi theo quan điểm của các đời Tổng thống cũng là lực cản khó khăn cho quan hệ Mỹ - Việt. Chính quyền Mỹ thực hiện chu kỳ bầu cử, khi một đảng mới lên cầm quyền chính sách đối ngoại của Mỹ sẽ thay đổi, điều chỉnh.
Nhƣ vậy, quan hệ hai nƣớc vẫn còn những vƣớng mắc nhất định, có thể tóm gọn trên một số lĩnh vực sau:
Thứ nhất, vấn đề quyền con ngƣời, tự do ngơn luận, báo chí, tơn giáo vẫn
là những trở ngại đáng kể cho việc mở rộng hơn nữa quan hệ hai nƣớc. Mặc dù Chính phủ Mỹ đã ghi nhận những cải thiện, thay đổi các vấn đề nêu trên (đƣa Việt Nam ra khỏi danh sách các nƣớc đặc biệt quan tâm về tôn giáo năm 2006) nhƣng hàng năm Mỹ vẫn đƣa ra những sức ép yêu cầu Việt Nam cải thiện hơn nữa những vấn đề về quyền con ngƣời, tự do ngơn luận, báo chí, tơn giáo giữa hai nƣớc. Nhìn chung, trong số các nhà hoạch định chính sách Mỹ, xu thế hợp
tác vẫn mang tính chất chủ đạo, tuy nhiên với các vấn đề trên, một số chính khách Mỹ vẫn duy trì những quan điểm cứng rắn có tính chất trừng phạt đối với Việt Nam (the Bill HR 1969 do một số Hạ Nghị sỹ đề xuất). Quan hệ giữa Việt Nam và một bộ phận dân cƣ Mỹ gốc Việt vẫn còn khá căng thẳng.
Thứ hai, trên một số lĩnh vực, quan hệ Mỹ -Việt vẫn chƣa qua giai đoạn tan
băng: Mỹ vẫn duy trì lệnh cấm vận bán vũ khí sát thƣơng cho Việt Nam, Chính phủ Mỹ vẫn khơng thông qua Quy chế ƣu đãi thuế quan phổ cập (GSP) cho Việt Nam,… Cho dù hai bên đã có những tiến bộ trong việc giải quyết hậu quả do chiến tranh để lại nhƣng phía Mỹ mới chỉ tập trung sự quan tâm chủ yếu vào các vấn đề POW/MIA. Các vấn đề khác, đặc biệt là vấn đề nạn nhân chất độc da cam ở Việt Nam còn chƣa đƣợc chính phủ Mỹ đề cập tới hoặc né tránh, phủ nhận. Sự quan tâm “một chiều” này khó làm cho sự cảm thơng giữa hai bên có ý nghĩa đầy đủ hơn.
Thứ ba, lợi ích kinh tế đã đạt đƣợc còn khiêm tốn với tiềm năng của cả hai
bên. Là thị trƣờng tiêu thụ lớn nhất thế giới, mỗi năm Mỹ nhập khẩu một lƣợng hàng hố lên đến hàng nghìn tỉ đơ la. Tuy nhiên, xuất khẩu của Việt Nam mới chỉ chiếm một phần rất nhỏ trong số đó. Vì vậy, cơ hội và triển vọng cho hàng hoá Việt Nam tại thị trƣờng Mỹ là rất lớn. Nhƣng do có thể là chƣa hiểu rõ hệ thống pháp luật, phƣơng thức kinh doanh, chiếm lĩnh thị trƣờng và cả thị hiếu của ngƣời tiêu dùng Mỹ nên các doanh nghiệp Việt Nam chƣa đáp ứng đƣợc những yêu cầu cao về chất lƣợng, đa dạng về mẫu mã sản phẩm, trong khi lại có giá cạnh tranh. Các doanh nghiệp của Việt Nam, phần lớn là vừa và nhỏ, hạn chế về nguồn lực tài chính, nên chƣa xây dựng đƣợc những thƣơng hiệu mạnh, chƣa có những chƣơng trình quảng bá lớn. Và thậm chí, nhiều khi có đơn đặt hàng với số lƣợng lớn đã khơng có đủ năng lực để ký kết. Chính những điều này đã góp phần khơng nhỏ vào việc làm giảm đi sức cạnh tranh của hàng hoá Việt Nam trên thị trƣờng thế giới, trong đó có thị trƣờng Mỹ. Trong lĩnh vực đầu tƣ, Mỹ cũng là nhà đầu tƣ lớn nhất trên thế giới nhƣng ở Việt Nam các nhà đầu tƣ
Mỹ vẫn chƣa cho thấy sự quan tâm đúng mức, tỷ trọng đầu tƣ của Mỹ còn thấp hơn một số nhà đầu tƣ từ các nƣớc nhỏ trong khu vực ASEAN.
Thứ tư, mặc dù quy mơ thƣơng mại của Việt Nam cịn nhỏ trong cán cân thƣơng mại Mỹ nhƣng đã xuất hiện những cuộc tranh chấp thƣơng mại giữa doanh nghiệp hai nƣớc. Các vụ kiện tụng liên quan đến hầu hết các mặt hàng xuất khẩu chủ lực của Việt Nam nhƣ cá basa, tôm, dệt may, giày dép,... đƣợc phán quyết chƣa thực sự cơng bằng ở các tồ án Mỹ gây ra tâm lý e ngại đối với đội ngũ doanh nhân về thực chất phát triển mối quan hệ này.