Đây là giai đoạn đạo Tin lành phát triển “đột biến”, diễn biến phức tạp. Từ năm 1993, những người Hmơng truyền đạo tìm đến Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc) ở số 2 ngõ Trạm, Hà Nội để tìm hiểu. Hội thánh tiếp đón họ, cấp tài liệu, giảng giải về đạo Tin Lành một cách bài bản. Trở về địa phương, số người này phân phát tài liệu về đạo Tin lành cho đồng bào của mình; lập danh sách người xin theo đạo.
Cho đến năm 1995, số người truyền đạo hoạt động công khai hơn, với nhiều hình thức. Trong khi đó, số người theo đạo cũng dần dần được củng cố đức tin, bước đầu hình thành tổ chức, như lập Ban Chấp sự, dựng nhà nguyện trái pháp luật. Tính đến tháng 8 năm 1999, số người chịu ảnh hưởng của đạo Tin Lành ở tỉnh Lai Châu là 14.000 người, tỉnh Hà Giang là 10.000 người [30; tr 19]. Những năm 2000 – 2002, đạo Tin lành vẫn phát triển mạnh.
Nhưng từ năm 2003, số người theo đạo Tin lành có chiều hướng giảm. Song đó là giảm về số lượng, cịn về niềm tin thì lại được củng cố và phát triển. Rất đáng chú ý là, để hạn chế những khó khăn trong sinh hoạt tơn giáo, những người theo đạo khẳng định theo đạo Tin lành chứ không phải theo Vàng Chứ và đề nghị có nhà nguyện để sinh hoạt đạo, có chức sắc hướng dẫn, được sinh hoạt như tín đồ của các tôn giáo khác ở nước ta.
Theo Ban Tơn giáo Chính phủ, đến năm 2004, cả nước ta có hơn 105.000 người Hmơng (chiếm 13% tổng số người Hmông), ở 735/2.384 bản Hmông theo đạo Tin lành [30; tr 20].
Cùng với sự tăng nhanh của số lượng tín đồ ở giai đoạn này, đạo Tin lành cũng dần hình thành tổ chức. Các điểm nhóm theo bản thực hiện cơ chế như tổ chức Hội nhánh, có một số hội nhánh cịn có trưởng nhóm. Từ hội nhánh tiếp tục phát triển lên thành Hội thánh cơ sở (Chi hội), lập ban
Chấp sự hoặc ban Hiệp nguyện. Thành viên ban Chấp sự, ban Hiệp Nguyện, trưởng nhóm là người dân tộc thiểu số ở địa phương, được Hội thánh giúp đỡ, đào tạo thành những người truyền đạo tích cực.
Đặc biệt trong giai đoạn này, có sự liên hệ về tổ chức với một số hệ phái Tin Lành khác nhau, có tổ chức được Nhà nước cơng nhận, có tổ chức chưa được Nhà nước công nhận như: Hội Thánh Liên hữu Cơ Đốc Việt Nam, Hội Thánh Báp-típ, Hội Thánh Trưởng Lão Việt Nam, Liên đoàn truyền giáo Phúc âm, Hội Thánh truyền giảng Phúc âm, Hội Thánh Phúc âm toàn vẹn Việt Nam, Hội Thánh Tin Lành Ngũ tuần…, trong đó đa số liên hệ vớ Hội Thánh Tin Lành Việt Nam (miền Bắc). Các hoạt động truyền đạo có tính tổ chức hơn và có hiện tượng ở bên ngồi can thiệp rõ ràng hơn, thông qua các tổ chức Tin Lành hoặc phi chính phủ của Tin Lành [19; tr 3].
Như vậy, sự phát triển của đạo Tin lành trong thời gian này đã có sự can thiệp trực tiếp hơn từ Hội thánh Tin Lành Việt Nam (miền Bắc) trở nên có quy củ và trật tự hơn, niềm tin tôn giáo cũng được củng cố hơn. Tuy nhiên, niềm tin vào Chúa Trời càng vững chắc thì càng dễ tạo ra mâu thuẫn giữa những người theo đạo và không theo đạo, đặt ra nhiều vấn đề phức tạp cần được giải quyết. Nhiều địa phương vẫn lựa chọn biện pháp cấm đạo Tin Lành.