Từ sau đại hội Đảng toàn quốc lần thứ VI (1986) đất nƣớc bƣớc vào thời kỳ đổi mới, cơ chế kinh tế quan liêu bao cấp chuyển dần sang cơ chế thị trƣờng, thuế trở thành nguồn thu chủ yếu của ngân sách nhà nƣớc, các sắc thuế chủ yếu đƣợc luật hóa và hoàn chỉnh dần, vị thế của ngành thuế Thủ đô ngày càng đƣợc nâng cao. Từ năm 1990 trở lại đây, bộ máy ngành thuế Thủ đô đƣợc kiện toàn nằm trong hệ thống thuế nhà nƣớc. Trong cơ chế thị trƣờng, dƣới sự lãnh đạo của Thành ủy, Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân thành phố, kinh tế thủ đô hàng năm tăng trƣởng cao và ổn định. Với sự nỗ lực của đội ngũ cán bộ thuế, đƣợc sự chỉ đạo sát sao của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế, sự hỗ trợ giúp đỡ tích cực của chính quyền các cấp, các ngành, ngành thuế thủ đô liên tục hoàn thành vƣợt mức dự toán thu năm sau cao hơn năm trƣớc, đáp ứng tốt nhu cầu phát triển kinh tế, xã hội của Thủ đô và góp phần quan trọng vào việc cân đối ngân sách của đất nƣớc.
Cuối năm 1959 hệ thống thu thuế của Thủ đô sát nhập nằm trong ngành tài chính. Thực hiện nhiệm vụ thu các loại thuế nhƣ thuế nông nghiệp, thuế doanh thu, thuế lợi tức doanh nghiệp, thuế hàng hóa, thuế buôn chuyến, thuế sát sinh, thuế rƣợu, thuế thổ trạch, thuế xuất nhập khẩu, thuế hàng tồn kho, công tác thuế Thủ đô đã phục vụ tốt cho việc thực hiện nhiệm vụ chính trị của từng thời kỳ: 1958-1960: cải tạo công thƣơng nghiệp tƣ bản tƣ doanh. 1961-1965: xây dựng cơ sở vật chất kỹ thuật cho CNXH, thực hiện một bƣớc công nghiệp hóa XHCN, tiếp tục củng cố và hoàn thiện quan hệ sản xuất, thực hiện cách mạng văn hóa tƣ tƣởng, cải thiện đời sống vật chất và tinh thần cho nhân dân, xây dựng, bảo vệ miền Bắc và chi viện cho tiền tuyến lớn miền Nam… Kế hoạch 5 năm (1961-1965) đang thực hiện dang dở thì đế quốc Mỹ mở rộng chiến tranh phá hoại ra miền Bắc. Công tác thuế Thủ đô
xuất, đảm bảo đời sống cho nhân dân đồng thời chi viện sức ngƣời, sức của cho tiền tuyến. Từ tháng 4/1966, Thủ đô bắt đầu đƣơng đầu trực tiếp với máy bay giặc Mỹ và trận Điện Biên Phủ trên không toàn thắng cuối tháng 12/1972 đã chấm dứt cuộc chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ.
Năm 1983, Chi cục thuế công thƣơng nghiệp đƣợc thành lập và ở các quận, huyện là phòng thuế công thƣơng nghiệp để quản lý thu thuế công thƣơng nghiệp đối với các hoạt động sản xuất, kinh doanh công thƣơng nghiệp dịch vụ. Tuy tổ chức quản lý thu thuế vẫn nằm trong ngành tài chính nhƣng có tính độc lập về tổ chức bộ máy, chỉ đạo nghiệp vụ, kinh phí hoạt động. Cán bộ thuế đƣợc bổ sung một số lƣợng lớn bộ đội chuyển ngành, phục viên chƣa qua đào tạo. Thời kỳ này nhiệm vụ thu ngân sách đƣợc thực hiện bởi các cơ quan: Chi cục thuế công thƣơng nghiệp, Chi cục thu quốc doanh, Phòng thuế nông nghiệp và Phòng thu quốc doanh - quản lý tài chính các xí nghiệp địa phƣơng thuộc Sở Tài chính vật giá Hà Nội.
Để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ thu ngân sách ngày càng nặng nề, phù hợp với yêu cầu cải cách thuế bƣớc 1 và yêu cầu hiện đại hóa công tác quản lý thu thuế, ngành thuế Thủ đô đã đƣợc tổ chức lại theo hệ thống ngành dọc thống nhất trong cả nƣớc theo quy định tại Thông tƣ số 38/TC/TCCB ngày 25/8/1990 hƣớng dẫn Nghị định số 281/HĐBT về việc thành lập hệ thống thuế Nhà nƣớc trực thuộc Bộ Tài chính. Tháng 10/1990 Cục thuế thành phố Hà Nội đƣợc thành lập trên cơ sở hợp nhất các cơ quan thu ngân sách: Chi cục thuế công thƣơng nghiệp, Chi cục thu quốc doanh, Phòng thuế nông nghiệp và Phòng thu quốc doanh các xí nghiệp địa phƣơng.