Hệ thống pháp luật là nền tảng cơ bản, nền móng vững chắc để khẳng định nghiệp vụ kiểm tra sau thơng quan có thành cơng hay khơng. Trên cơ sở hệ thống các văn bản quy phạm pháp luật, công chức hải quan, doanh nghiệp phải thực hiện đúng quyền hạn và nghĩa vụ, đảm bảo tính chuyên nghiệp và minh bạch. Mỗi quốc gia trước khi thực hiện lộ trình từng giai đoạn kiểm tra sau thơng quan cần rà sốt, bổ sung văn bản pháp luật để tránh chồng chéo, thiếu tính khả thi và mâu thuẫn với các điều ước, cam kết khu vực và quốc tế. Đồng thời, hệ thống pháp luật hải quan liên quan đến hoạt động kiểm tra sau thông quan cũng cần có thời gian đi vào thực tiễn kiểm nghiệm và hoàn thiện. Như vậy, muốn đạt được mục đích khuyến khích đúng doanh nghiệp chấp hành tốt, kiểm sốt chặt chẽ doanh nghiệp cố tình vi phạm pháp luật hải quan, hệ thống pháp luật cần phải được nghiên cứu, triển khai một cách quy mô và chuyên nghiệp.
Bên cạnh đó, nhận thức của doanh nghiệp quyết định rất lớn đến hiệu quả công tác kiểm tra sau thơng quan. Doanh nghiệp có kiến thức tốt về các chính sách mặt hàng, chính sách thuế, hoạt động lưu giữ sổ sách kế toán, kiểm soát nội bộ doanh nghiệp…sẽ hỗ trợ công tác kiểm tra sau thông quan rất lớn khi cần sự phối hợp, hợp tác cung cấp thông tin, số liệu thống kê nhằm xác định mức độ rủi ro của từng doanh nghiệp. Tuy nhiên, còn rất nhiều doanh
nghiệp lợi dụng kẽ hở của pháp luật thực hiện các hành vi gian lận như: khai thấp giá hàng nhập khẩu để giảm số thuế phải nộp, khai cao giá hàng xuất để được hoàn thuế nhiều hơn, khai sai mã HS để trốn thuế, giả mạo giấy chứng nhận xuất xứ để hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt,…Do đó, ln cần các biện pháp nâng cao ý thức doanh nghiệp mềm dẻo mà quyết liệt.
Cùng với các yếu tố khách quan trên, trình độ của cán bộ cơng chức hải quan tác động không nhỏ đến thành công của các cuộc kiểm tra sau thông quan. Quy trình kiểm tra sau thông quan rất cần các cán bộ có chun mơn sâu về kế toán, kiểm toán, kiến thức mặt hàng, công nghệ thông tin,… để kiểm tra, nhanh chóng phát hiện hành vi vi phạm của doanh nghiệp. Đồng thời tham gia tập huấn từ WTO, WCO, hải quan các nước phát triển, World Bank, JICA, IMF,…để lĩnh hội các kiến thức mới, phương pháp, công cụ mới phục vụ công tác kiểm tra sau thông quan.
1.3. Cơ sở thực tiễn về công tác kiểm tra sau thông quan