Quy trình quy định trình tự, thủ tục, hồ sơ và nội dung tiến hành các bước công việc từ thu thập thông tin, xác định đối tượng kiểm tra, thực hiện kiểm tra, xử lý kết quả kiểm tra và giải quyết các công việc có liên quan đến kết quả kiểm tra của cơ quan hải quan, công chức hải quan thực hiện kiểm tra sau thông quan.
Nguyên tắc thực hiện cơ bản của hoạt động kiểm tra sau thông quan dựa trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro trong việc lựa chọn đối tượng, phạm vi, nội dung kiểm tra sau thông quan; các đơn vị khi thực hiện kiểm tra sau thông quan có trách nhiệm phối hợp chia sẻ thông tin với các đơn vị trong ngành hải quan, đảm bảo hoạt động kiểm tra đúng quy định, hiệu quả, tránh trùng lắp, không gây phiền hà cho người khai hải quan. Đồng thời phản hồi các hệ thống thông tin, dữ liệu của ngành hải quan để thực hiện biện pháp quản lý, kiểm tra theo quy định; lãnh đạo các cấp, công chức liên quan trực tiếp đến cuộc kiểm tra có trách nhiệm: bảo mật thông tin liên quan đến cuộc kiểm tra, không được cung cấp thông tin cho bất kỳ tổ chức, cá nhân không liên quan khi chưa được sự phê duyệt của lãnh đạo các cấp; thu thập xử lý thông tin phục vụ kiểm tra sau thông quan là công việc chủ động thường xuyên hàng ngày của công chức được giao thực hiện công tác kiểm tra sau thông quan tại Chi cục Hải quan, Chi cục Kiểm tra sau thông quan, Cục kiểm tra sau thông quan.
Sơ đồ 3.2: Quy trình kiểm tra sau thông quan theo Quyết định số 1410/QĐ-TCHQ ngày 14/5/2015 của Tổng cục Hải quan
Hiện nay, thực hiện Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu, các trường hợp kiểm tra sau thông quan bao gôm: Kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan và quy định khác của pháp luật liên quan đến quản lý xuất khẩu, nhập khẩu; Thực hiện trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro; Kiểm tra việc tuân thủ pháp luật của người khai hải quan. Kiểm tra sau thông quan tại cơ quan hải quan chủ yếu đánh giá việc chấp hành pháp luật về thuế và pháp luật về hải quan của doanh nghiệp; kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp thường đối với doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, hải quan.
Các bước thực hiện về cơ bản thực hiện lần lượt các bước theo sơ đồ kèm theo việc ban hành các biểu mẫu được quy định về nội dung và hình thức cụ thể.
- Công bố quyết định kiểm tra sau thông quan khi bắt đầu tiến hành kiểm tra;
- Đối chiếu nội dung khai báo với sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, các tài liệu có liên quan, tình trạng thực tế của hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong phạm vi, nội dung của quyết định kiểm tra sau thông quan;
- Lập biên bản kiểm tra sau thông quan trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc việc kiểm tra;
- Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày kết thúc việc kiểm tra, người quyết định kiểm tra phải ký kết luận kiểm tra và gửi cho người khai hải quan. Trường hợp kết luận kiểm tra cần có ý kiến về chuyên môn của cơ quan có thẩm quyền thì thời hạn ký kết luận kiểm tra được tính từ ngày có ý kiến của cơ quan có thẩm quyền. Cơ quan chuyên môn có thẩm quyền có ý kiến trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận được yêu cầu của cơ quan hải quan;
- Xử lý theo thẩm quyền hoặc chuyển cấp có thẩm quyền xử lý theo kết quả kiểm tra.
- Trường hợp người khai hải quan không chấp hành quyết định kiểm tra, không giải trình, cung cấp hồ sơ, tài liệu đúng thời hạn cho cơ quan hải quan thì cơ quan hải quan căn cứ hồ sơ, tài liệu đã thu thập, xác minh để quyết định xử lý theo quy định của pháp luật về thuế, pháp luật về xử lý vi phạm hành chính hoặc thực hiện thanh tra chuyên ngành theo quy định của pháp luật.
3.3. Tình hình kiểm tra sau thông quan giai đoạn 2009 - 2014