Theo Luật Quản lý thuế số 78 có hiệu lực thi hành ngày 01/07/2007 được Quốc Hội khóa XI, Kỳ họp thứ 10 thông qua ngày 22/11/2006: Các doanh nghiệp, các cơ sở kinh doanh tiến hành cơ chế tự kê khai, tự nộp thuế.
Theo cơ chế này thì các công ty TNHH nộp thuế căn cứ vào kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của mình và căn cứ vào các quy định của pháp luật về cơ chế tự kê khai, tự nộp thuế. Từ đó, các công ty TNHH tự kê khai và tự thực hiện nghĩa vụ nộp thuế đã kê khai vào NSNN theo đúng quy định. Yêu cầu đặt ra là các công ty TNHH phải kê khai đúng, đầy đủ các chỉ tiêu trên tờ khai thuế GTGT như: Doanh thu, thuế suất mặt hàng, số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, số thuế GTGT đầu ra phát sinh…
Hàng tháng hay theo kỳ thuế, theo quy định của pháp luật, NNT lập tờ khai thuế gửi Chi cục thuế đúng hạn. Tờ khai thuế được kiểm tra và chuyển tới Đội kê khai-kế toán thuế, nghiệp vụ dự toán và tin học để nhập vào hệ thống bằng phần mềm TMS. Tất cả dữ liệu liên quan đến số thu (như việc ghi thu, hoàn thuế, miễn, giảm thuế, phạt thuế) cũng được nhập vào, sau đó hệ thống tự tính thuế, lập sổ và khi cần thiết thì in ra thông báo thuế có chữ ký điện tử của Chi cục trưởng để gửi tới NNT. Theo quy định, NNT tự lập chứng từ (giấy nộp tiền) đến nộp tiền thuế tại KBNNvà KBNN chuyển một liên giấy nộp tiền cho Chi cục thuế, sau đó Đội kê khai-kế toán thuế, nghiệp vụ dự toán và tin học lại nhập chứng từ vào hệ thống, hệ thống tự trừ số đã nộp để rút số
thuế còn phải nộp chuyển kỳ sau. Chương trình ứng dụng quản lý thuế cấp Chi cục (TMS) tự động tổng hợp chứng từ, lập báo cáo tiền thuế nộp NSNN. Hàng tháng, Đội kê khai-kế toán thuế, nghiệp vụ dự toán và tin học kết xuất các loại báo cáo kế toán thuế, báo cáo thống kê gửi lên cơ quan thuế cấp trên qua chương trình ứng dụng, đồng thời in tất cả các loại báo cáo trình lãnh đạo Chi cục ký và lưu giữ theo quy định. Nhờ có sự trợ giúp của máy tính và khoa học công nghệ hiện đại mà các quy định trong chính sách thuế được thực hiện một cách có hiệu quả, tăng cường tính khả thi của từng sắc thuế như: Kiểm tra tính toán lại tất cả thuế đầu ra theo từng thuế suất thuế GTGT, phân biệt được sai số nhỏ do làm tròn số với sai cố ý, phát hiện các trường hợp thuế phát sinh bất thường, có dấu hiệu sai lệch, xác định lại thuế phải nộp, theo dõi nợ chuyển sang hệ thống quản lý thu nợ, kết xuất ra các số liệu báo cáo, thống kê phục vụ phân tích và kiểm tra thuế. Các trường hợp không nộp hồ sơ khai thuế thì Đội kê khai kết xuất từ hệ thống và ra thông báo yêu cầu NNT nộp hồ sơ khai thuế.
Trong quá trình triển khai ứng dụng TMS, Chi cục thuế đã tích cực khai thác các chức năng của chương trình. Cán bộ tin học đã chủ động sáng tạo xây dựng nhiều công cụ bổ trợ nhằm tăng mức độ tin học hoá quản lý thuế như: In danh bạ NNT kèm cấp chương, loại, khoản; in thông tin cho một DN; rà soát mã số thuế hộ không quản lý; in thông báo đôn đốc nộp tờ khai, nộp quyết toán thuế; in quyết định phạt vi phạm hành chính về kê khai thuế; lập chứng từ hoàn thuế. Bằng sự trợ giúp của máy tính, tất cả các đối tượng nộp tờ khai chậm đều được thông báo đôn đốc. Do vậy, số lượng tờ khai bị lỗi và số người nộp thuế nộp chậm tờ khai thuế giảm dần. Đến nay, tỷ lệ các công ty TNHH nộp tờ khai thuế GTGT đúng hạn đạt tỷ lệ cao.
Việc áp dụng công nghệ mã vạch hai chiều trong kê khai nộp thuế, nhập tờ khai thuế đạt kết quả tốt. Đến năm 2014, Chi cục thuế Tp.Vĩnh Yên
đã triển khai 100% tới các công ty TNHH toàn Thành phố về việc sử dụng phần mềm hỗ trợ kê khai thuế HTKK (cung cấp phần mềm và hỗ trợ cài đặt miễn phí) và giúp đỡ NNT sử dụng phần mềm. Đối với công ty TNHH, khi sử dụng phần mềm hỗ trợ kê khai có nhiều tiện ích: Phần mềm được tích hợp với các phần mềm kế toán nên số liệu trên các hồ sơ khai thuế khi gửi đến cơ quan thuế là hoàn toàn chính xác và DN tự chịu trách nhiệm đối với số liệu đã kê khai. Với cơ quan thuế đã giảm được khối lượng công việc nhập dữ liệu rất lớn bằng việc sử dụng mã vạch để nhận dữ liệu kê khai của DN, tránh được việc sai sót trong quá trình xử lý dữ liệu trước đây.
Khâu xử lý tờ khai thuế với việc ứng dụng tin học đã đạt được những bước tiến đáng kể. Toàn bộ tờ khai thuế của công ty TNHH đã được xử lý bằng hệ thống máy tính và phần mềm TMS, từ việc xác định số thuế phải nộp, tính nợ, tính phạt, theo dõi số thu nộp và truyền các báo cáo về số thu lên cấp trên, cung cấp các thông tin kịp thời phục vụ cho việc chỉ đạo thu của cơ quan thuế cấp trên.
Chi cục thuế Tp.Vĩnh Yên luôn chấp hành tốt chế độ kế toán, thống kê theo quy định của Bộ Tài Chính, ngành thuế. Việc nhận chứng từ của Kho bạc và chuyển vào ứng dụng quản lý thuế đã được kết nối qua hệ thống mạng máy tính giữa cơ quan thuế và Kho bạc. Vì vậy, số liệu thu nộp ngân sách được phản ánh kịp thời, chính xác góp phần tham mưu kịp thời cho Lãnh đạo trong công tác chỉ đạo thu của Chi cục.
Công tác thực hiện quy trình quản lý khai thuế, nộp thuế và kế toán thuế tại Chi cục Thuế Tp.Vĩnh Yên được thực hiện tốt. Cụ thể:
Số lượng công ty TNHH nộp hồ sơ khai thuế chậm và không nộp ngày càng giảm, việc không nộp tờ khai và kê khai thuế sai được hạn chế rất nhiều.
Công tác đối chiếu số nộp Ngân sách với KBNN đã được nối mạng vì thế số thu cuối tháng, cuối quý, năm tương đối chính xác.