Thuế suất thuế GTGT được áp dung cho từng mặt hàng, nhóm hàng do vậy cần phải tuyên truyền, hỗ trợ, hướng dẫn để các công ty TNHH hiểu và nắm vững những mặt hàng nào áp dụng thuế suất 0%, 5%, 10%. Đê có thể quản lý tốt đươc thuế suất cán bộ thuế cần phải theo dõi ngành nghề kinh doanh, mặt hàng kinh doanh, thực tế kinh doanh của công ty để từ đó có thể xác định mức thuế suất phù hợp cho các mặt hàng một cách chính xác. Bên cạnh đó thường xuyên kiểm tra đột xuất việc sử dụng hóa đơn xem có áp dụng đúng thuế suất hay không.
Mặt khác cơ quan thuế cần ứng dụng công nghệ thông tin và các phần mềm quản lý thuế vào kiểm tra áp dụng thuế suất hơn nữa để tăng cường kiểm tra việc áp dụng thuế của các công ty nhằm tránh việc gian lận thuế. Bên
cạnh đó cần có các biện pháp răn đe, xử lý các công ty TNHH cố tình áp dụng sai mức thuế suất để trốn lậu thuế ngăn ngừa, tránh thất thu NSNN.
Việc áp dụng nhiều mức thuế suất trước hết làm cho việc hoạch định chính sách thêm phức tạp vì phải thực hiện xác định cơ cấu thuế suất và phân loại các nhóm hàng hoá thuộc các mức thuế suất khác nhau. Nhiều mức thuế suất dẫn tới chi phí hành chính, chi phí chấp hành pháp luật cao. Trên thực tế việc xác định số thuế phải nộp không đơn giản do việc chọn các tiêu thức để phân định hàng hóa, dịch vụ theo từng mức thuế suất khó bởi ranh giới giữa những phân định này không phải lúc nào cũng rõ ràng, mà chỉ mang tính tương đối. Mặt khác việc áp dụng nhiều mức thuế suất khiến khối lượng công việc của cơ quan thuế tăng lên, đặc biệt gây bóp méo hành vi tiêu dùng. Xuất phát từ những nhược điểm trên ngành thuế nên hạn chế tối đa số lượng thuế suất thuế GTGT, lý tưởng nhất là áp dụng một mức thuế suất.