Trong hoàn cảnh khó khăn chung của nền kinh tế cả nước như: tốc độ tăng trưởng chậm, tình hình nợ xấu, lãi suất cho vay cao,.. ảnh hưởng lớn đến hoạt động sản xuất kinh doanh của các công ty TNHH. Song dưới sự chỉ đạo sâu sắc, kịp thời của các cấp Đảng ủy, chính quyền địa phương và Cục thuế tỉnh, cùng sự nỗ lực cố gắng vượt bậc của lãnh đạo và cán bộ thuế Chi cục thuế Thành phố Vĩnh Yên, tỉnh Vĩnh Phúc mà công tác quản lý thu thuế GTGT đối với công ty TNHH đạt được các kết quả chủ yếu sau:
- Công tác quản lý thuế GTGT đối với công ty TNHH đã đạt được tương đối những yêu cầu cơ bản đặt ra cả về số thu ngân sách nhà nước và công tác ổn định Luật thuế GTGT. Cụ thể: Số thực thu của chi cục trong giai đoạn 2012-2014 đều vượt dự toán pháp lệnh và dự toán phấn đấu đã đề ra. Trong đó số thu từ thuế giá trị gia tăng từ công ty TNHH trong 3 năm đó cũng vượt dự toán đặt ra, ví dụ năm 2014 số thực thu là 27283,29 triệu đồng còn số dự toán là 24850,35 triệu đồng.
- Công tác quản lý thuế GTGT trong những năm qua đạt được những thành công nhất định nhờ đẩy mạnh công tác kiểm tra xử lý các vi phạm về thuế đã góp phần răn đe, ngăn chặn, đẩy lùi tình trạng trốn, tránh thuế, doanh nghiệp ma kinh doanh bất hợp pháp, kê khai khống một phần hoặc toàn bộ tiền hoàn thuế GTGT để chiếm đoạt tiền hoàn thuế của Nhà nước, góp phần làm cho việc thực thi các Luật và chính sách thuế cùa Nhà nước và góp phần làm cho việc thực thi các Luật và chính sách thuế đạt kết quả tốt hơn. Mặt khác qua công tác kiểm tra, các công ty TNHH đã quan tâm hơn đến hóa đơn chứng từ cả về nội dung và tính hợp pháp, sổ sách kế toán được mở đẩy đủ, số liệu cập nhật kịp thời và đảm bảo tính chính xác, nâng cao việc chấp hành pháp luật thuế của công ty TNHH.
- Tăng cường công tác tuyên truyền hỗ trợ, công tác kiểm tra thuế cũng đã góp phần nâng cao dần tính tuân thủ tự giác trong việc chấp hành nghĩa vụ thuế. Góp phần tạo niềm tin vào sự công bằng và tính nghiêm minh của các chính sách thuế của Nhà nước, thúc đẩy cạnh tranh bình đẳng giữa các doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế. Bảo đảm thu đúng, thu kịp thời các khoản thu nộp ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật, đảm bảo dân chủ công khai và minh bạch.
- Tổ chức bộ máy cán bộ quản lý thuế đang ngày càng hoàn thiện, đảm bảo tính gọn nhẹ, hiệu quả để nâng cao tính trách nhiệm trong công việc, tập trung xây dựng bộ máy quản lý thuế thành tổ chức trong sạch vững mạnh với đội ngũ cán bộ có phẩm chất đạo đức tốt, chuyên môn nghiệp vụ cao.
- Tuy cán bộ kiểm tra còn ít, công việc kiểm tra tương đối lớn, gặp nhiều khó khăn trong việc kiểm tra nhưng công tác kiểm tra của Chi cục thuế Tp.Vĩnh Yên đã đạt được nhiều hiệu quả trong việc chống thất thu thuế mặc dù số lượng kiểm tra còn chưa cao. Số thuế truy thu và phạt sau kiểm tra trung
bình qua 3 năm đều hơn 2 tỷ đồng, số thuế truy thu nộp vào NSNN cũng tăng qua các năm, năm 2014 số thuế truy thu nộp vào NSNN đạt 1466,7 triệu đồng.