Để thực hiện tốt việc hoàn thuế GTGT, trước hết cần có quy trình hoàn thuế rõ ràng, cụ thể, tăng cường phối hợp kiểm tra, thanh tra trong nội bộ
ngành thuế, nâng cao trình độ trách nhiệm của cán bộ làm công tác hoàn thuế, cần chuyển dần sang áp dụng công nghệ hiện đại vào hoàn thuế.
Bên cạnh đó, để nâng cao hiệu quả trong công tác quản lý hoàn thuế cán bộ quản lý nên lưu ý:
- Xác minh chặt chẽ và cụ thể từng loại hóa đơn đầu vào, đầu ra nếu có hóa đơn khác tỉnh thì phải nhanh chóng gửi đi xin đề nghị xin xác minh đến Chi cục thuế tỉnh đó. Nếu hóa đơn đầu vào là hóa đơn chứng từ đặc thù thì phải căn cứ vào quy định cụ thể để tính ra số thuế GTGT được khấu trừ. Khi kiểm tra phải kết hợp với các hóa đơn bán hàng, sổ chi tiết về mua hàng, bán hàng chế độ kế toán ở đơn vị. Sử dụng các phương pháp kiểm tra để các định chính xác lượng hàng hóa mua vào bán ra trong kỳ và tránh hiện tượng dùng hóa đơn khống.
- Đối với hàng hóa dịch vụ đầu vào dùng để sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì cần phân loại rõ ràng từng loại hàng hóa dịch vụ để tính thuế GTGT được khấu trừ. Phân loại một cách chính xác mức thuế suất được áp dụng cho mặt hàng.
- Đối với cơ sở sản xuất hàng hóa xuất khẩu phải kiểm tra giấy từ khai Hải quan, kiểm tra lượng hàng hóa xuất khẩu thực tế thông qua sổ chi tiết và tờ khai Hải quan đã xác nhận, hợp đồng xuất khẩu… Nếu doanh nghiệp thực hiện ủy thác xuất khẩu thì phải có tờ khai của đơn vị được ủy thác.
3.2.6.Đẩy mạnh công tác tuyên truyền hỗ trợ, giáo dục phổ biến pháp luật về thuế và ứng dụng mạnh mẽ công nghệ thông tin vào quản lý
Công tác tuyên truyền hỗ trợ, giao dục, phổ biến pháp luật về thuế và ứng dụng mạnh mẽ công nghệ thông tin vào quản lý thuế GTGT là một việc quan trọng giúp công tác quản lý thuế được đơn giản hơn cho cán bộ quản lý.
dân trí về thuế giúp tăng tình thần tự nguyện, tự giác chấp hành pháp luật thuế. Tuy nhiên bên cạnh việc tuyên truyền hỗ trợ cung phải có tăng cường kiểm tra xử lý sai phạm kịp thời đúng luật nhằm tăng tính nghiêm minh trong việc chấp hành pháp luật thuế. Mặt khác cũng phải hoàn thiện bộ máy chính sách về thuế để đảm tính thống nhất trong quản lý và đảm bảo sự công bằng.
Bên cạnh đó Đảng và nhà nước phải hoàn thiện các chính sách và các văn bản pháp luật quy định các cơ quan nhà nước liên quan hỗ trợ giúp đỡ cơ quan thuế trong quản lý thu thuế nhằm tránh thất thoát NSNN. Cơ quan thuế cũng phải phối hợp tốt với các cơ quan thông tin đại chúng để tuyên truyền phố biến pháp luật về thuế, đồng thời lên án mạnh mẽ các công ty trốn thuế, vi phạm pháp luật về thuế nhằm ngăn ngừa, răn đe các đối tượng nộp thuế thực hiện đúng pháp luật về thuế.
Ngoài ra cần đẩy mạnh áp dụng công nghệ thông tin, khoa học kỹ thuật vào công tác quản lý giúp giảm tải công việc cho cán bộ thuế cũng như cơ quan thuế. Từ đó giúp quản lý thuế được đơn giản dễ dàng hơn, đồng thời kiểm tra giám sát chặt chẽ ĐTNT hơn chống thất thu và đảm bảo công bằng.