Mặc dù chi cục thuế Thành phố Vĩnh Yên đã đạt được những thành tựu đáng khích lệ trong công tác quản lý thuế song vẫn còn tồn tại những mặt hạn chế, khó khăn sau:
- Số lượng công ty TNHH phát triển nhanh không ngừng,đến tháng 12/2014 có 912 công ty TNHH đang hoạt động, tạo điều kiện thuận lợi cho phát triển kinh tế, tăng thu ngân sách nhà nước. Tuy nhiên còn tình trạng nhiều công ty TNHH thành lập nhằm mục đích mua bán hóa đơn rồi bỏ trốn. Điều này gây khó khăn trong công tác quản lý các công ty TNHH của nhà nước. Đặc biệt các công ty này mua bán hóa đơn rồi bỏ trốn làm cho việc nhiều hóa đơn khống, hóa đơn không chính xác gây khó khăn cho công tác kiểm tra cũng như gây thất thoát cho NSNN.
- Một số ý thức chấp hành pháp luật chưa tốt, có các biểu hiện sai phạm như: Hàng tháng không kê khai nộp thuế, lợi dụng quy trình quản lý “tự khai, tự nộp” đã kê khai không đúng với thực tế kinh doanh, không vào sổ sách kế toán, dùng đủ mọi thủ đoạn để trốn thuế, lậu thuế. Nhiều công ty TNHH đến kỳ kê khai đã không kê khai hoặc cố tình kê khai và nộp thuế chậm gây ra nợ đọng thuế nhiều . Đặc biệt nhiều công ty đã lợi dụng quy trình quản lý “tự khai, tự nộp” đã cố tình kê khai doanh thu bán ra , thuế GTGT đầu vào hoặc áp dụng thuế suất không chính xác so với tình hình thực tế kinh doanh gây thất thu cho NSNN.
- Cơ sở dữ liệu và thông tin về ĐTNT như địa chỉ, số điện thoại, tình hình hoạt động kinh doanh của các công ty chưa được cập nhật thường xuyên,
số liệu thiếu chính xác và chưa đầy đủ... Do vậy, thông tin phân tích chuyên sâu ban đầu về công ty TNHH tại cơ quan thuế đa phần chưa đúng với chưa thực tế tình hình sản xuất kinh doanh của đơn vị. Điều này gây khó khăn cho việc phân vùng kiểm tra của bộ phận kiểm tra và gây khó khăn cho các công ty được kiểm tra. Năm 2014 số công ty không có chênh lệch sau kiểm tra là 19 công ty. Khi kiểm tra 19 công ty này làm tốn thời gian chi phí của cơ quan thuế cũng như tốn thời gian chi phí của các công ty này.
- Tình trạng trốn thuế, gian lận thuế về thuế còn xảy ra ở nhiều khoản thu, sắc thuế nhưng chưa được kiểm tra phát hiện và xử lý truy thu kịp thời cho NSNN. Vì vậy, vừa làm cho thất thu NSNN, vừa chưa thật sự đảm bảo công bằng xã hội và tính nghiêm minh về pháp luật thuế.Các vụ vi phạm về thuế như khai sai, khai thiếu, kê khai khấu từ các hóa đơn bất hợp pháp chưa bị phát hiện hết và xử lý kịp thời.Thời gian một số cuộc kiểm tra bị kéo dài so với quy định của pháp luật. Công tác xử lý kết quả kiểm tra còn chậm. Các hạn chế này chủ yếu là do số lượng cán bộ kiểm tra còn ít trong khi số lượng công ty TNHH cần kiểm tra quá nhiều.
- Chất lượng công tác quản lý nợ thuế còn hạn chế. Đặc biệt là nợ thuế GTGT của các công ty TNHH chiếm tỷ trọng lớn trong nợ thuế của các DNNQD. Các biện pháp quản lý nợ và cưỡng chế nợ chưa áp dụng triệt để, đặc biệtviệc thông báo các đối tượng dây dưa chây ỳ nợ thuế trên các phương tiện thông tin đại chúng chưa thực hiện được.
- Công tác tin học gặp nhiều khó khăn vì thiếu thiết bị, hệ thống hiện đại, đồng bộ. Hệ thống máy tính và đường truyền internet còn chậm gây khó khăn cho cán bộ trong công tác quản lý.