Hoàn thuế GTGT là một trong những nội dung rất quan trọng của Luật thuế GTGT, góp phần phát huy tích cực của sắc thuế này trong việc khuyến khích và thúc đẩy các cơ sở kinh doanh xuất khẩu, khuyến khích đầu tư, thu hút vốn đầu tư nước ngoài, giải quyết khó khăn về vốn cho các cơ sở sản xuất kinh doanh. Bên cạnh những điểm tích cực của hoàn thuế thì khâu hoàn thuế rất dễ xảy ra các gian lận để chiếm đoạt làm thất thu cho NSSN.Chính vì vậy, công tác hoàn thuế phải được thực hiện chặt chẽ, đảm bảo vừa hoàn thuế đúng, kịp thời cho các đối tượng được hoàn, vừa phải kiểm tra, kiểm soát, phát hiện và ngăn ngừa sự chiếm đoạt tiền thuế của NSNN.
Tại chi cục thuế Tp.Vĩnh Yên trong những năm vừa qua, công tác hoàn thuế của các DNNQD và điển hình là các công ty TNHH rất được quan tâm. Trong năm 2014 đã tiếp tiếp nhận 18 hồ sơ hoàn thuế với số tiền 638 triệu đồng, chi cục thuế đã tiền hành hoàn thuế cho 13 công ty TNHH, với số thuế được hoàn sau kiểm tra là 416 triệu đồng.
Qua kiểm tra hoàn thuế những sai sót chủ yếu là do: Không đủ chứng từ ngân hàng, do các chứng từ đầu vào không hợp pháp nên không được khấu trừ. Công tác hoàn thuế cho các công ty TNHH tại chi cục đã được làm kịp thời, đảm bảo đúng thời gian, quy định. Như vậy, hoàn thuế GTGT là một biện pháp tốt để khuyến khích sản xuất kinh doanh phát triển nhưng thông qua hoàn thuế cũng phát sinh những kẻ hở để doanh nghiệp lợi dụng rút tiền ngân sách nhà nươc, đồng thời làm ảnh hưởng trực tiếp đến công tác quản lý thu thuế GTGT, do đó hiện nay tại chi cục thuế vẫn áp dụng quy trình kiểm tra sau hoàn thuế. Hiện nay, một số doanh nghiệp đã kê khai thuế đầu vào không hợp lệ ví dụ như công ty TNHH kinh doanh thương mại Phương Linh, MST:2500468304 đã kê khai sai số thuế đầu vào được khấu trừ do có một số
chứng từ không có thanh toán qua ngân hàng nhưng công ty vẫn đưa vào thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và việc quản lý, phát hiện những trường hợp này rất phức tạp bởi mỗi một hồ sơ hoàn thuế đều có rất nhiều tài liệu kèm theo liên quan đến nhiều nghiệp vụ, hợp đồng kinh tế của doanh nghiệp, doanh nghiệp thường có chủ ý từ trước nên rất tinh vi trong việc che dấu. Do đó, công tác hoàn thuế GTGT cần phải được quan tâm nhiều hơn, việc kiểm tra rà soát quá trình kinh doanh của công ty TNHH phải được diễn ra thường xuyên, liên tục trong kỳ tính thuế để tính chính các số thuế phải nộp, được hoàn trong kỳ.
2.3.Những đánh giá chung về công tác quản lý thu thuế GTGT đối với công ty TNHH tại chi cục thuế Thành phố Vĩnh Yên