Công tác kiểm toán của KTNN được giao cho các KTNN chuyên ngành (khu vực) chủ trì thực hiện; riêng cuộc kiểm toán báo cáo quyết toán NSNN do Vụ Tổng hợp chủ trì thực hiện. Các KTNN chuyên ngành (khu vực) chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện các nhiệm vụ kiểm toán theo lĩnh vực, địa bàn được giao, gồm: Xây dựng kế hoạch kiểm toán hàng năm, tổ chức thực hiện các cuộc kiểm toán được Tổng KTNN giao, kiểm tra thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán. Trên cơ sở kế hoạch kiểm toán năm được Tổng KTNN giao, các đơn vị căn cứ vào lực lượng, cơ cấu và đặc điểm nhân sự để xây dựng kế hoạch tổng thể thực hiện các cuộc kiểm toán được giao, phân chia theo từng đợt kiểm toán (thông thường 2 - 3
đợt, mỗi đợt từ 2 - 3 cuộc kiểm toán), dự kiến thời gian và số lượng KTV tham gia mỗi đoàn kiểm toán.
Mỗi cuộc kiểm toán do một đoàn kiểm toán thực hiện. Đoàn kiểm toán được Tổng KTNN quyết định thành lập trên cơ sở đề nghị của thủ trưởng đơn vị chủ trì kiểm toán (Kiểm toán trưởng KTNN chuyên ngành hoặc khu vực), Vụ trưởng Vụ Tổng hợp, Vụ trưởng Vụ Chế độ và Kiểm soát chất lượng kiểm toán. Thông thường, đoàn kiểm toán gồm các thành viên thuộc đơn vị chủ trì kiểm toán; tuy nhiên, một số cuộc kiểm toán, nhất là các cuộc kiểm toán chuyên đề có thể do nhiều đơn vị tham gia phối hợp thực hiện. Một số cuộc kiểm toán ngoài các KTV của KTNN còn có sự tham gia của cộng tác viên, chuyên gia, KTV độc lập... Quy trình kiểm toán của KTNN bao gồm 4 giai đoạn: chuẩn bị kiểm toán; thực hiện kiểm toán; lập và gửi báo cáo kiểm toán; kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán. Giai đoạn 1 (chuẩn bị kiểm toán) và giai đoạn 4 (kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán) do Kiểm toán trưởng KTNN chuyên ngành (khu vực) tổ chức thực hiện. Đoàn kiểm toán thực hiện hai giai đoạn trong quy trình kiểm toán: thực hiện kiểm toán; lập và gửi báo cáo kiểm toán.
Đoàn kiểm toán có thểđược tổ chức theo mô hình trực tuyến hoặc mô hình phân tuyến (đã trình bày tại chương 1). Tổ chức theo mô hình phân tuyến mỗi đoàn kiểm toán có nhiều tổ kiểm toán khác nhau, đứng đầu là Trưởng Đoàn kiểm toán và có một số Phó trưởng Đoàn kiểm toán giúp việc; mỗi tổ gồm Tổ trưởng và một số thành viên. Công tác kiểm toán được thực hiện chủ yếu tại các đơn vị được kiểm toán; một số cuộc kiểm toán trong lĩnh vực dự án đầu tư xây dựng công trình được thực hiện tại trụ sở cơ quan KTNN. Mỗi tổ kiểm toán chịu trách nhiệm kiểm toán tại một sốđơn vịđược kiểm toán, trường hợp tổ chức đoàn theo mô hình trực tuyến không có tổ kiểm toán thì Đoàn kiểm toán chịu trách nhiệm kiểm toán tại đơn vị được kiểm toán. Khi tiến hành kiểm toán tại các đơn vị cơ sở, tổ kiểm toán phải thực hiện các bước công việc theo trình tự: lập kế hoạch kiểm toán chi tiết, tiến hành kiểm toán, lập biên bản kiểm toán, báo cáo kiểm toán của tổ kiểm toán. Thực chất đó là một quy trình kiểm toán tại một đơn vị cơ sở. Kế hoạch kiểm toán chi tiết do Tổ trưởng Tổ kiểm toán lập và phải được sự xét duyệt, thông qua của Trưởng Đoàn kiểm toán. Các thành viên đoàn kiểm toán thực hiện các công việc được phân
công theo kế hoạch kiểm toán chi tiết. Kết quả kiểm toán của các thành viên được Tổ trưởng Tổ kiểm toán tổng hợp lập thành biên bản kiểm toán. Biên bản kiểm toán là căn cứđể tổ trưởng tổ kiểm toán lập báo cáo cáo kiểm toán của tổ kiểm toán. Báo cáo kiểm toán là căn cứđể Trưởng Đoàn kiểm toán lập báo cáo kiểm toán.
Mỗi cuộc kiểm toán thực hiện kiểm toán nhiều nội dung, nhiều lĩnh vực khác nhau, tại nhiều đơn vị khác nhau. Chẳng hạn, một cuộc kiểm toán ngân sách (bộ, ngành, địa phương) bao gồm các nội dung kiểm toán: thu (thuế, phí, lệ phí, thu của các đơn vị hành chính, sự nghiệp), chi NSNN (chi thường xuyên, chi chương trình mục tiêu...); chi đầu tư xây dựng cơ bản (các dự án đầu tư xây dựng công trình); kiểm toán doanh nghiệp nhà nước. Mỗi cuộc kiểm toán thường thực hiện cả ba loại hình kiểm toán: kiểm toán báo cáo tài chính, kiểm toán tuân thủ và kiểm toán hoạt động.
Trên cơ sở quy định của Luật KTNN và thực tiễn hoạt động, Tổng KTNN đã có Quyết định số 04/2007/QĐ - KTNN ngày 02/8/2007 ban hành quy trình kiểm toán của KTNN (thay thế Quyết định số 03/1999/QĐ-KTNN ngày 06/10/1999 của Tổng KTNN). Theo đó:
Quy trình kiểm toán của KTNN quy định trình tự, thủ tục tiến hành công việc của mỗi cuộc kiểm toán. Quy trình kiểm toán được xây dựng trên cơ sở quy định của Luật KTNN, hệ thống chuẩn mực KTNN và thực tiễn hoạt động kiểm toán của KTNN.
Quy trình kiểm toán của KTNN bao gồm 4 giai đoạn: - Chuẩn bị kiểm toán;
- Thực hiện kiểm toán;
- Lập và gửi báo cáo kiểm toán;
- Kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán.
Hàng năm, các KTNN chuyên ngành (khu vực) đều phải lập kế hoạch và tổ chức kiểm tra việc thực hiện kiến nghị của KTNN ghi trong các báo cáo kiểm toán. Kết quả kiểm tra phải được lập thành báo cáo, gửi Vụ Tổng hợp thẩm định, trình lãnh đạo KTNN xét duyệt trước khi phát hành. Việc kiểm tra thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán được thực hiện theo hai hình thức: Yêu cầu đơn vịđược kiểm toán báo cáo bằng văn bản kết quả thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán; tổ chức
kiểm tra thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán tại đơn vị được kiểm toán và tổ chức, cơ quan, đơn vị có liên quan.