Chương 3 : Nội dung, vật liệu và phương pháp nghiên cứu
4.6. Khảo sát mối tương quan di truyền giữa các chủng virus dại thực địa với chủng
4.6.3 Khoảng cách di truyền và phân tích trình tự
Kết quả phân tích tỷ lệ tương đồng về nucleotide các chủng phát hiện được với các chủng tham chiếu bằng phương pháp so sánh cặp (Compute Pairwise Distance) sử dụng phần mềm MEGA7.0 cho thấy các chủng 1230.19-Ha Tien (MK790256.1), 20328-Ca Mau.18 (MK790254.1), 1231.19 Ca Mau (MK790257.1) và 1229.2019 Tra Vinh (MK790255.1) có độ tương đồng cao với nhau với tỷ lệ tương đồng từ 98,30% đến 99,06%; và tương đồng cao nhất với các chủng ở Campuchia như U0520629 (KM366216.1), V0627625 (KM366222.1), và V0808656 (KM366221.1) với tỷ lệ tương đồng 98,30% đến 99,81%. Bên cạnh đó các chủng phát hiện ở nghiên cứu này có độ tương đồng thấp so với các chủng vaccine với tỷ lệ tương đồng và nucleotide từ 84,67% đến 86,35%. Kết quả này phù hợp với kết quả phân tích phả hệ di truyền trước đó ở Hình 4.18
Cho đến thời điểm ngày nay, có nhiều nghiên cứu về sự lưu hành và phân tích di truyền phả hệ virus dại ở trên thế giới. Nghiên cứu trước đó của Chiou et al. (2016) cho thấy 97 - 99% tương đồng về nucleotide gen N của virus dại ở ba chủng phân lập từ Taiwan Ferret Badgers. Jamil et al. (2012) đã công bố 98 - 100% tương đồng nucleotide gen N của virus dại từ bảy mẫu não. Reddy et al. (2011) tìm thấy 88,8 - 99,7% sự tương đồng của gen N giữa 30 chủng virus dại tại Ấn Độ và chủng virus Pasteur tiêu chuẩn. Nagrajan et al. (2009) nhận thấy rằng các chủng virus dại Nam Ấn Độ tương đồng hơn 95%. Bên cạnh đó, Susetya et al. (2008) so sánh 34 chủng virus dại đã phân lập với 20 chủng virus dại từ các vùng khác và ba chủng virus vaccine cho thấy sự tương đồng nucleotide là 88,4 - 90,2, 86,1 - 88,4, 85,9 - 87,4 và 86,2 - 87,4% với trình tự chủng virus dại từ Trung Quốc, Thái Lan, Ấn Độ và Shri Lanka, tương ứng. Kết quả nghiên của nghiên cứu này còn phù hợp với cơng bố trước đó của Chiou et al. (2016), Jamil et al. (2012) và Nagrajan et al. (2009).
Tóm lại, qua phân tích di truyền và hệ và so sánh tương đồng nucleotide giữa các chủng virus dại phát hiện được ở Hà Tiên, Cà Mau và Trà Vinh với các chủng tham chiếu cho thấy các chủng phát hiện được ở nghiên cứu có nguồn gốc từ thực địa, có quan
hệ di truyền gần với các chủng đang lưu hành tại các nước Đông Nam Á như Campuchia, Lào và Thái Lan.
Bảng 4.31: So sánh mức độ tương đồng về nucleotide giữa các chủng phát hiện được với các chủng tham chiếu Mã số_Chủng (1) (2) (3) (4) (5) (6) (7) (8) (9) (10) (11) (12) Tỷ lệ tương đồng nucleotide (%) 1 KM366216.1_U0520629 2 LN713659.1_SadWistar_3 _var01 85,65 3 LN713576.1_SadBatch793 _3_var01 85,41 99,44 4 EU182346.1_RB/E3-15 85,65 100,00 99,44 5 M13215.1_PV 85,43 98,87 98,68 98,87 6 GU992320.1_93127FRA 85,41 99,63 99,06 99,63 98,87 7 KM366222.1_V0627625 99,81 85,41 85,17 85,41 85,19 85,17 8 KM366221.1_V0808656 99,81 85,41 85,17 85,41 85,19 85,17 99,63 9 MK790256.1_1230.2019 (HaTien) 99,81 85,42 85,17 85,42 85,19 85,17 99,63 99,63 10 MK790254.1_20328.2018 (CaMau) 98,30 85,15 84,91 85,15 84,69 84,67 98,11 98,11 98,11 11 MK790257.1_1231.2019 (CaMau) 98,49 86,35 86,11 86,35 85,89 85,87 98,30 98,30 98,30 99,06 12 MK790255.1_1229.2019 (TraVinh) 99,25 85,39 85,15 85,39 85,41 85,39 99,06 99,06 99,06 98,11 98,30
MK790256.1_1230.2019 (HaTien), MK790254.1_20328.2018 (CaMau), MK790257.1_1231.2019 (CaMau), MK790255.1_1229.2019 (TraVinh) với các chủng tham chiếu KM366216.1_U0520629, LN713659.1_SadWistar_3_var01, LN713576.1_SadBatch793_3_var01, EU182346.1_RB/E3-15, M13215.1_PV, GU992320.1_93127FRA, KM366222.1_V0627625, KM366221.1_V0808656
Hình 4.16: So sánh trình tự nucleotide của các chủng phát hiện được
Trình tự nucleotide một phần gen N virus dại các chủng 1230.19-Ha Tien (MK790256.1), 20328-Ca Mau.18 (MK790254.1), 1231.19 Ca Mau (MK790257.1) và 1229.2019 Tra Vinh (MK790255.1) đã được căn chỉnh và so sánh với các chủng tham chiếu tại Campochia và chủng vaccine như U0520629 (KM366216.1), V0627625 (KM366222.1), V0808656 (KM366221.1), sadWistar_3_var01 (LN713659, Đức), sad Batch793_3_var01 (LN713578, Đức), RB/E3-15 (EU182346_1, Trung Quốc), RABV (M13215_1, Mỹ), và 93127FRA (GU992320.1, Pháp). Chủng U0520629 (KM366216.1) được phân lập ở Campuchia được sử dụng như chủng tham chiếu để xác định các vị trí khác biệt về nucleotide giữa các chủng. Kết quả cho thấy trình tự nucleotide của các chủng phát hiện được ở nghiên cứu có ít sai khác (16/571 vị trí, Hình 4.20). Trong khi đó, các chủng vaccine có nhiều vị trí sai khác hơn so với chủng tham chiếu. Những vị trí sai khác này chủ yếu do đột biết thay thế. Kết quả này phù hợp với kết quả phân tích di truyền phả hệ và so sánh tương đồng trước đó.