Tuy rằng có rất nhiều điểm tích cực trong thực trạng nhưng song vẫn tồn tại các điểm hạn chế mà các doanh nghiệp bán lẻ cần khắc phục:
Thứ nhất, dù xu hướng thuê ngoài dịch vụ ngày càng tăng nói chung tại doanh nghiệp Việt Nam mang lại nhiều lợi ích cần thiết nhưng rõ ràng các doanh nghiệp bán lẻ chưa thích nghi kịp với xu hướng này. Thực tế hiện nay vẫn còn rất nhiều doanh nghiệp tham gia vào thị trường bán lẻ đều tự làm logistics. Việc tự thực hiện các hoạt động logistics tốn những chi phí không hề kém so với thuê ngoài. Nhu cầu tự thực hiện hoạt động logistics chỉ phù hợp với các doanh nghiệp có nguồn lực lớn mạnh, sẵn sàng bỏ ra nhiều chi phí đầu tư kho bãi, phương tiện vận tải, trang thiết bị bốc xếp, quản lý nhân lực…
Thứ hai, các doanh nghiệp bán lẻ Việt Nam còn thiếu khả năng áp dụng các phần mềm, ứng dụng công nghệ thông tin trong quản trị hoạt động logistics. Việc ứng dụng các phần mềm công nghệ thông tin trong các khâu thực hiện đơn hàng, quản lý kho hàng, sắp xếp hàng… là rất cần thiết, giúp doanh nghiệp quản lý hàng hóa của mình hiệu quả hơn, đồng thời nâng cao hiệu quả cho quá trình lên kế hoạch, kiểm soát các luồng hàng hóa, luồng thông tin liên quan đến đầu vào và ra của doanh nghiệp.
Thứ ba, thương mại điện tử bùng nổ đem lại lợi ích về nhu cầu mua hàng trực tuyến ngày càng tăng. Tuy nhiên nó cũng kéo theo khó khăn cho các doanh nghiệp bán lẻ vừa và nhỏ đó là hạn chế trong khả năng đáp ứng với nhu cầu mua hàng cực kỳ đa dạng của người tiêu dùng hiện đại.