Thứ nhất, trình độ pháp luật và năng lực nghiệp vụ của một bộ phận cán bộ làm công tác bảo vệ pháp luật còn hạn chế, chưa được đào tạo đầy đủ, chưa ngang tầm nhiệm vụ.
Hiện tại đội ngũ cán bộ tư pháp không những thiếu số lượng, mà trong số những người đương nhiệm, rất nhiều người chưa đạt trình độ yêu cầu. Chính vì việc non yếu về trình độ đã dẫn đến sự nhận thức và áp dụng các nội dung của nguyên tắc suy đoán vô tội không đầy đủ, dẫn đến nhiều sai phạm trong lúc thực hiện, áp dụng pháp luật. Thông qua thực tiễn các vụ án cho thấy, có những vụ án vì Thẩm phán không có khả năng nhận diện sai phạm của giai đoạn tố tụng trước đó, kiến thức chuyên môn chưa đúng, dẫn đến việc kết án oan sai. Thêm vào đó, các Hội thẩm trên thực tế không nắm vững kiến thức pháp luật, thường chỉ có mặt cho đủ thành phần, và cũng không đóng vai trò quan trọng trong việc xét xử.
Bên cạnh đó, Cán bộ điều tra, Kiểm sát viên còn thiếu tinh thần trách nhiệm, sự phối hợp chưa chặt chẽ, công tác lãnh đạo, chỉ đạo, thanh tra, kiểm tra các hoạt động tố tụng trong từng giai đoạn còn hời hợt, chưa đáp ứng yêu cầu. Từ đó có nhiều vụ án sai từ quá trình điều tra cho đến giai đoạn xét xử, gây ra nhiều vụ án oan sai, ảnh hưởng đến nhiều người dân vô tội. Đáng chú ý, nhiều người THTT vẫn có biểu hiện áp dụng nguyên tắc “suy đoán có tội”, bảo thủ, định kiến trong giải thích và áp dụng pháp luật theo hướng bất lợi cho bị cáo cùng với tâm lý cho rằng thủ phạm ngoan cố, vì thế đã có thái độ đối xử với người bị buộc tội như người có
tội, thậm chí bức cung, dùng nhục hình. Đây là một trong những vi phạm nghiêm trọng nguyên tắc suy đoán vô tội.
Ngoài ra công tác chỉ đạo chưa sâu sát, không kiểm tra thường xuyên nên không nhắc nhở chấn chỉnh rút kinh nghiệm kịp thời. Nên nhiều vụ án oan sai kéo dài trong nhiều năm mới bị phát hiện.
Thứ hai, sự tham gia của Luật sư, người bào chữa bảo vệ quyền lợi cho đương sự (gọi tắt là người bào chữa) còn hạn chế. Địa vị pháp lý và vai trò của người bào chữa chưa được tôn trọng và đảm bảo, không có cơ chế hữu hiệu để họ có thể thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của mình theo quy định pháp luật. Việc không tạo điều kiện thuận lợi cho người bào chữa tham gia tố tụng đã tạo cơ hội phát sinh những vi phạm pháp luật từ phía các cơ quan THTT. Mặt khác, đội ngũ Luật sư ở nước ta còn thiếu về mặt số lượng, lại chủ yếu tập trung ở các thành phố lớn. Theo đó, tính đến tháng 1/2019, cả nước có hơn 13.000 Luật sư hành nghề (bình quân khoảng 01 Luật sư/7.300 dân)81. Điều này có thể dẫn đến tình trạng quyền và lợi ích hợp pháp của người bị buộc tội bị vi phạm, nhất là trong những vụ án không có Luật sư bào chữa.
Thứ ba, việc xử lý những hành vi vi phạm pháp luật trong điều tra, truy tố, xét xử còn chưa nghiêm, thậm chí có hiện tượng bao che, dung túng. Nhìn vào thực tế, có thể thấy vẫn còn tình trạng một số cán bộ lợi dụng chức quyền để vụ lợi, làm sai lệch kết quả giải quyết vụ án. Nhưng hiện nay việc xử lý các vi phạm pháp luật của những người làm nhiệm vụ bảo vệ pháp luật vẫn chưa nghiêm minh, thông thường chỉ dừng ở mức kỷ luật và rất ít đưa ra xét xử hình sự. Nhiều sai phạm của những người THTT vẫn chưa được xử lý bởi sự bao che, muốn bảo vệ thành tích của đơn vị. Như vậy, có thể thấy đây chính là một trong những nguyên nhân làm cho nguyên tắc suy đoán vô tội tiếp tục bị vi phạm từ phía các chủ thể THTT. Việc xử lý nghiêm minh các sai phạm sẽ góp phần giảm bớt những vụ án oan sai trong việc giải quyết các VAHS.
Thứ tư, công việc quá tải trong khi chế độ đãi ngộ cho những chủ thể THTT 81Yến Châu, “Cả nước có hơn 13.000 Luật sư, gần 5.000 Luật sư tập sự”, https://plo.vn/phap-luat/ca-nuoc- co-hon-13000-luat-su-gan-5000-luat-su-tap-su-811412.html, truy cập ngày 01/06/2021.
còn quá thấp.
Một vấn đề mà gây ra nhiều vụ án oan sai, hay bỏ lọt tội phạm, vi phạm nguyên tắc suy đoán vô tội có thể kể đến đó là công việc của các cơ quan THTT hay người THTT đang ở trong tình trạng quá tải, người THTT kiêm nhiệm nhiều lĩnh vực. Cụ thể: Ở Tòa án, một Thẩm phán có thể phải kiêm nhiệm nhiều lĩnh vực không chỉ riêng hình sự, mà còn có thể xét xử các vụ việc dân sự, hành chính, thương mại,... Không chỉ các Thẩm phán mà công việc cần xử lý của các Điều tra viên, Kiểm sát viên cũng đang rơi vào tình trạng quá tải. Hằng năm CQĐT thụ lý khoảng gần 100.000 VAHS với khoảng 160.000 bị can82. Với lượng công việc như thế, khó có thể cơ chế nào có thế đảm bảo mọi hoạt động tố tụng đều chính xác, hay mọi vi phạm đều được phát hiện, xử lý, khắc phục kịp thời.
Trong khi đó, thu nhập của người THTT có thể chưa xứng đáng với công việc họ phải làm. Các chủ thể THTT khó có thể chuyên tâm thực hiện công việc với chế độ lương bổng thấp như bây giờ, điều này có thể dẫn đến tình trạng tha hóa ở một số cán bộ do những cám dỗ vật chất, gây nên những vụ án vi phạm nguyên tắc suy đoán vô tội. Xem xét ở một số quốc gia, điển hình là Pháp và Nhật Bản, Nhà nước đã thực hiện việc bổ nhiệm nhiệm kỳ suốt đời với chế độ đãi ngộ cao đảm bảo cho các Thẩm phán một cuộc sống đầy đủ dể hoàn toàn công tâm trong thực hiện nhiệm vụ. Vì vậy, đòi hỏi Nhà nước cần cấp thêm kinh phí hoặc các chế độ hỗ trợ thích hợp khác cho họ, điều này sẽ giúp họ thực sự yên tâm, có thêm động lực làm việc và hoàn thành tốt các nhiệm vụ của mình, tránh các hành vi tiêu cực.