Lượng cá tra đông lạnh nhập khẩu vào Mỹ qua các năm
2.2.2.2.3. Hạn chế ở khâu nuôi trồng
Hiện nay, do thị trường cá Tra nguyên liệu còn nhiều biến động nên người nuôi chưa thật sự an tâm để đầu tư sản xuất. Nhiều hộ chưa quan tâm đến chất lượng con giống, điều kiện sản xuất kinh doanh cũng chưa đảm bảo đúng quy định. Từ đó gây hao hụt trong quá trình nuôi, tỷ lệ hao hụt có khi vượt quá 30% số lượng cá thả nuôi. Trong khi đó, diện tích ương nuôi cá Tra ngày càng gia tăng, dẫn đến cạnh tranh giữa các hộ nuôi và giảm giá thành cá giống. Vì thế có những hộ nuôi cá giống tìm cách giữ số lượng cá giống bằng mọi giá nên đã lạm dụng thuốc kháng sinh để phòng và điều trị bệnh cá trong quá trình ương nuôi. Điều này dẫn đến hậu quả là chất lượng cá giống ngày càng giảm sút, đến khi nuôi thương phẩm thì khả năng mắc bệnh sẽ cao và khó điều trị hơn. Hơn nữa, để đảm bảo chất lượng cá giống, mỗi cá bố mẹ chỉ được sinh sản 2 lần trong năm nhưng do muốn thu nhiều lợi nhuận, một số trại giống đã ép cá bố mẹ đẻ nhiều lần trong năm khiến chất lượng cá giống kém, theo sau đó là sự suy giảm trong hiệu quả nuôi. Một ví dụ điển hình là Vào tháng 9/2010, khi giá nguyên liệu tăng lên 25.000 đồng/kg thì các nhà sản xuất con giống đã bất chấp những thiệt hại đối với người nuôi cá thịt và "ép" cá đẻ non để tăng lợi nhuận lúc con giống có giá, theo sau đó là một loạt các hệ lụy xuất hiện: Chất lượng con giống không đạt tiêu chuẩn, tỷ lệ hao hụt trong quá trình nuôi tăng lên...
Bên cạnh đó, nhiều người nông dân không những thiếu kiến thức dịch bệnh, về đặc tính của thuốc thú y và cách sử dụng thuốc chuyên dùng cho cá Tra một cách khoa học, mà còn thiếu hẳn sự nhận thức đúng đắn về phương pháp sử dụng để ngăn ngừa bệnh tật trong suốt quá trình nuôi;việc sử dụng hóa chất, thuốc kháng sinh chưa có sự tư vấn hay chỉ dẫn của các cán bộ kỹ thuật; thông tin về các loại kháng sinh, hóa chất bị cấm hoặc hạn chế sử dụng chưa được người dân cập nhật. Do vậy, người nuôi Cá Tra, Cá Basa cứ vô tư sử dụng các hóa chất, thuốc kháng sinh để xử lý ao hay chữa bệnh cá mà không cần biết sẽ ảnh hưởng như thế nào đến chất lượng cá thương phẩm sau này.
Một vấn đề khác là người nuôi đầu tư nhằm đạt năng suất cao nên đã tận dụng tối đa quỹ đất, sử dụng lượng thức ăn quá lớn dẫn đến nguy cơ xuất hiện dịch bệnh và lây lan cao. Sản xuất chủ yếu theo tín hiệu giá cả của thị trường, dẫn đến tình trạng thừa, thiếu nguyên liệu cục bộ phục vụ cho chế biến xuất khẩu và tính ổn định trong sản xuất rất thấp. Chất lượng sản phẩm không đồng nhất, chi phí sản xuất ngày càng tăng đã làm cho người nuôi trong vài năm gần đây luôn thua lỗ hoặc lợi nhuận rất thấp.
Hơn nữa, người dân sản xuất chủ yếu theo các mô hình nuôi nhỏ lẻ, tự phát, không qui hoạch vùng nuôi tập trung. Sự phát triển mang tính phong trào, do sự hấp dẫn của lợi nhuận, điều này cũng đồng nghĩa với độ bền của mô hình không cao. Yếu tố đầu vào như con giống, kích cỡ giống thả, nguồn gốc di truyền của giống, chất lượng giống …thiếu đồng bộ nên khi có sự biến động về giá hay những đòi hỏi của thị trường, các nhà máy thường ép giá, người nuôi không tự bảo vệ được chính mình.
Mặt khác, các loại thức ăn cho cá trên thị trường cung như tại các mô hình nuôi là rất khó quản lý. Thành phần thức ăn không được kiễm soát, điều tiết. Một số thành phần như rau xanh, bí đỏ, bột gòn tỉ lệ quá nhiều, ảnh hưởng đến chất lượng thịt cá. Do giá thành thức ăn cao, một số nơi dùng thức ăn tự chế, lấy từ các nguồn nguyên liệu khác nhau, do vậy chất lượng thức ăn khác nhau, điều này gây ảnh hưởng rất lớn đến chất lượng môi trường ao nuôi. Môi trường
nuôi thể hiện nhiều bất cập ở việc cấp-thoát nước, xử lý nước. Các mô hình nuôi cá tra hiện nay thả giống với mật độ rất dày, trung bình từ 30-40con/m2, một số nơi do chủ động nguồn nước cấp thoát, nên thả ở mật độ cao hơn. Điều này rất nguy hiểm, vì mật độ cao, đồng nghĩa với lượng chất thải rất lớn, hàm lượng các khí độc trong ao rất cao, hàm lượng oxy trong nước luôn thiếu. Khi có những thay đổi, dù nhỏ, cũng gây ra những ảnh hưởng rất lớn cho cá nuôi, theo chiều hướng bất lợi. Thức ăn, đặc biệt là thức ăn tự chế rất dễ gây ô nhiễm môi trường, do mau tan rã trong nước. Thức ăn dư thừa cùng với các sản phẩm thừa khác như phân, nước tiểu, xác cá chết…tập trung lắng tụ nơi đáy ao. Dưới tác động của nhiệt độ, hàm lượng oxy sẵn có trong ao, cùng với sự hiện diện các vi khuẩn hiếu khí, yếm khí…Những chất dư thừa trên sẽ phân hủy, cường độ tăng dần qua các tháng nuôi. Kết quả của quá trình phân hủy là những chất độc hại được sinh ra liên tục, làm môi trường ao nuôi ngày càng xấu đi. Do người dân có quan điểm cá Tra có cơ quan hô hấp phụ, có thể sống và phát triển trong môi trường thiếu oxy…Do đó việc thay nước, hoặc chủ động nuôi cá Tra trong nước chảy liên tục chưa được người nuôi áp dụng triệt để.
Một trong những vấn đề lớn hiện nay đó là người nuôi cá Tra còn thiếu kỹ thuật và công nghệ nuôi trồng. Do sự hấp dẫn của lợi nhuận, một bộ phận không nhỏ người dân chuyển qua nuôi cá Tra, mà không am hiểu gì về sinh học và kỹ thuật nuôi loài cá này. Không có biện pháp quản lý thức ăn, không áp dụng đúng phương pháp cho ăn, để dịch bệnh sảy ra liên tục, cá nuôi phân đàn, chậm lớn. Chí phí thuốc men, công cán tốn kém rất nhiều, giá thành sản xuất liên tục tăng cao, nhưng giá bán thấp, mô hình nuôi không có hiệu quả.