Mặc dù đạt được những kết quả đáng khích lệ ở trên, song chi nhành vẫn còn tồn tại một số mặt hạn chế như sau:
Thứ nhất, các mô hình đánh giá yếu tố phi tài chính trong việc xác định RRTD của một đối tượng khách hàng còn tổng quát, chưa linh hoạt trong việc phân tích yếu tố phi tài chính của từng đối tượng khách hàng, thiếu các công cụ đo lường rủi ro hiện đại: Mô hình chấm điểm xếp hạng tín dụng cá nhân còn nhiều chỉ tiêu cảm tính, chưa thể đầy đủ các chỉ tiêu để chấm điểm, các chỉ tiêu chỉ mang tính chất cơ bản, sơ lược; công tác đánh giá và đo lường chưa đi sâu vào thực chất (do chưa phản ánh được những biến động đặc biệt những thay đổi về cơ chế nhà nước, địa bàn tỉnh Hải Dương).
Thứ hai, các biện pháp sử dụng để QTRRTD vẫn chưa phát huy hết hiệu quả, thể hiện qua kết quả dự báo rủi ro của các cán bộ TĐ&QLNCV vẫn chưa thực sự chính xác. Việc sử dụng bảo hiểm tín dụng khi RRTD xảy ra có thể khắc phục một các tốt nhất hậu quả của rủi ro, tuy nhiên nhược điểm của biện pháp này là phải mất chi phí đóng bảo hiểm, thêm vào đó ngành bảo hiểm Việt Nam chưa thực sự phát triển đến mức độ tạo dựng được niềm tin nơi khách hàng nên nhiều khách hàng cũng như ngân hàng không mấy hứng thú trong việc mua và sử dụng bảo hiểm tín dụng.
Thứ ba, ệ thống dự báo rủi ro còn chưa iệu quả. Trên thực tế, chi nhánh xây dựng được phương pháp nhận diện và phân loại RRTD trong cho vay KHCN không thống nhất: Việc nhận diện và phân loại chủ yếu dựa trên kinh nghiệm của cán bộ thẩm định và cán bộ TĐ&QLNCV. Bên cạnh đó, công tác dự báo rủi ro còn chưa kịp thời, dẫn đến các công văn chỉ đạo hạn chế tín dụng khi đã phát sinh nợ xấu hoặc khi tỷ trọng cho vay KHCN quá lớn, vượt mức giới hạn cho phép, gây lúng túng trong việc QTRRTD, trong đó có phòng ngừa và hạn chế RRTD.
Thứ tư, việc tuân thủ quy trình tín dụng chưa được coi trọng đúng mức. Một số cán bộ TĐ&QLNCV khi quyết định cho vay quá chú trọng vào tài sản đảm bảo mà chưa coi trọng, xem xét kỹ lưỡng về nguồn trả nợ của KHCN.
Thứ năm, nguồn thông tin để phân tích và thẩm định tín dụng còn hạn chế: Thiếu nguồn thông tin chính xác, đáng tin cậy dẫn đến sự hạn chế trong công tác thẩm định, giám sát tín dụng và đánh giá RRTD trong cho vay KHCN tại chi nhánh.