KBNN ở huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh (gọi chung là KBNN cấp huyện) là tổ chức thuộc KBNN ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (gọi chung là KBNN cấp tỉnh) có chức năng thực hiện nhiệm vụ của KBNN trên địa bàn theo quy định của pháp luật. Nói cách khác, KBNN tỉnh, thành phố là cơ quan trực thuộc Sở tài chính, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Sở tài chính quản lý Nhà nước về quỹ NSNN, các quỹ tài chính, quản lý ngân quỹ, thực hiện huy động vốn cho NSNN và cho đầu tư phát triển thông qua hình thức phát hành trái phiếu Chính phủ theo quy định của pháp luật.
Việc quản lý chi tiêu công là trách nhiệm của các ngành, các cấp, các cơ quan, đơn vị có liên quan đến việc quản lý và sử dụng NSNN; trong đó hệ thống KBNN giữ vai trò đặc biệt quan trọng. Luật NSNN đã quy định mọi khoản chi của NSNN chỉ được thực hiện khi có đủ điều kiện quy định, đồng thời theo nguyên tắc thanh toán trực tiếp cho đơn vị sử dụng ngân sách và các tổ chức được NSNN hỗ
trợ thường xuyên phải mở tài khoản tại KBNN, chịu sự kiểm tra của cơ quan tài chính và KBNN trong quá trình thanh toán và sử dụng kinh phí.
Như vậy, nói cách khác KBNN được Nhà nước giao nhiệm vụ kiểm soát trước khi đồng vốn của Nhà nước ra khỏi quỹ NSNN. Để thực hiện được nhiệm vụ này, KBNN chủ động bố trí vốn để chi trả đầy đủ và kịp thời cho các cơ quan, đơn vị sử dụng ngân sách theo lệnh của cơ quan tài chính, hoặc theo yêu cầu rút dự toán ngân sách của đơn vị sử dụng ngân sách trên cơ sở dự toán ngân sách đã được duyệt, đồng thời thông báo và phân phối dự toán ngân sách cho các cơ quan, đơn vị. Để thực hiện việc cấp phát, thanh toán kinh phí một cách kịp thời, KBNN còn thường xuyên phải cải cách quy trình cấp phát, thanh toán như mở rông hình thức thanh toán liên kho bạc trong nội bộ hệ thống, cải tiến chế độ kế toán, ứng dụng tin học vào quản lý các nghiệp vụ.. .Bên cạnh đó, KBNN thực hiện kiểm tra hạch toán các khoản chi của NSNN theo đúng chương, loại, khoản, mục, tiểu mục của mục lục ngân sách; đồng thời cung cấp đầy đủ và chính xác thông tin cần thiết, phục vụ các công tác chỉ đạo và điều hành của cơ quan tài chính và chính quyền các cấp. KBNN phối hợp chặt ché với cơ quan tài chính trong việc bố trí, sắp xếp các nhu cầu chi tiêu, đảm bảo thu chi ngân sách luôn được cân đối, việc điều hành quỹ NSNN được đảm bảo thuận lợi.
Tuy nhiên, KBNN không chỉ có nhiệm vụ xuất nhập công quỹ mà còn có trách nhiệm quản lý quỹ NSNN. KBNN chịu trách nhiệm về tính hợp pháp, hợp lệ của việc xuất tiền; vì vậy, KBNN phải kiểm tra việc sử dụng kinh phí NSNN cấp cho các đơn vị, tổ chức kinh tế, bảo đảm đúng mục đích, đúng chế độ định mức chi tiêu của Nhà nước. Trong quá trình chi ngân sách nếu phát hiện thấy cơ quan, đơn vị, tổ chức kinh tế sử dụng kinh phí được NSNN cấp không đúng mục đích, chế độ, chính sách thì KBNN được từ chối cấp phát thanh toán. Như vậy, trong quá trình quản lý và điều hành NSNN, KBNN không thụ động thực hiện theo các lệnh của cơ quan tài chính, hoặc đơn vị sử dụng ngân sách một cách đơn thuần; KBNN hoạt động có tính chất độc lập tương đối theo cơ chế tác động trở lại đối với các cơ quan, đơn vị có liên quan; qua đó KBNN đảm bảo được tính chặt chẽ trong quá trình sử dụng công quỹ nhà nước, đặc biệt trong mua sắm, xây dựng, sửa chữa,. từ
đó hạn chế được tình trạng lãng phí, thất thoát, đảm bảo sử dụng kinh phí NSNN đúng mục đích, hợp pháp, tiết kiệm, có hiệu quả.
Thông qua công tác cấp phát, thanh toán các khoản chi NSNN, KBNN còn tiến hành tổng hợp, phân tích, đánh giá tình hình chi NSNN qua KBNN theo từng địa bàn, từng cấp ngân sách và khoản chi chủ yếu. Từ đó rút ra nhận xét, đánh giá về những kết quả đã đạt được, hạn chế, tồn tại và nguyên nhân; phối hợp cùng các cơ quan hữu quan nghiên cứu cải tiến và hoàn thiện cơ chế cấp phát, thanh toán và kiểm soát chi NSNN.