Trung tâm Hỗ trợ doanh nghiệp Hà Nội tiền thân là Trung tâm Hồ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa Hà Nội (DNNVV), là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Kế hoạch và Đầu tu Hà Nội, được thành lập theo Quyết định số 54/2005/QĐ-UB ngày 20/4/2005 của UBND Thành phố Hà Nội.
Trung tâm có chức năng tham mưu giúp Giám đốc Sở Ke hoạch và Đầu tư triển khai các kế hoạch, chương trình hồ trợ của Chính phủ và Thành phổ cho các doanh nghiệp nhỏ và vừa; trực tiếp thực hiện các hoạt động tư vấn, hồ trợ, đào tạo và các dịch vụ công khác cho các DNNVV trên địa bàn Thành phố Hà Nội.
Đến thời điểm năm 2008, thực hiện theo Nghị quyết của Quốc hội về việc sáp nhập địa giới hành chính tỉnh Hà Tây vào Thành phố Hà Nội, Trung tâm tiếp tục được UBND Thành phố ra Quyết định kiện toàn chức năng nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức để thực hiện trong giai đoạn mới.
Trãi qua hon 10 năm hoạt động liên tục, trước yêu cầu cũa tình hình mới liên quan đến hỗ trợ phát triển doanh nghiệp, phát triển kinh tế tư nhân phát triển, xứng đáng là động lực của phát triển kinh tế, đến năm 2021, UBND Thành phố đã có Quyết định số 492/QĐ-UBND ngày 22/01/2021 về việc đổi tên, quy định lại vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa Hà Nội thuộc Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố Hà Nội.
Theo đó, Trung tâm có tên gọi chính thức là “Trung tâm Hồ trợ doanh nghiệp Hà Nội”, với mục đích và cũng là kỳ vọng mở ra một thời kỳ mới triến
khai các nội dung hỗ trợ doanh nghiệp toàn diện, không chỉ đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa mà cả doanh nghiệp lớn, không chỉ hỗ trợ một chiều mà còn là cầu nối hiệu quả giữa Nhà nước, chính quyền Thành phố với cộng đồng doanh nghiệp của Thủ đô.