Bảo vệ toàn bộ diện tích rừng tự nhiên, rừng trồng hiện có, phục hồi rừng tự nhiên và trồng rừng để duy trì và nâng cao chất lượng độ che phủ của rừng trên 95%, tạo không gian sống cho các loài động, thực vật. Tăng cường công tác nghiên cứu, ứng dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật phục vụ cho bảo tồn đa dạng sinh học. Bảo tồn các hệ sinh thái, đa dạng sinh học; trong đó, đặc biệt là bảo tồn 85 loài thực vật và 63 loài động vật quý, hiếm. Tuy nhiên, để
đảm bảo hài hòa giữa bảo vệ môi trường với phát triển kinh tế, xã hội đối với từng phân khu chức năng sẽ có các mục tiêu cụ thể:
+ Phân khu Bảo vệ nghiêm ngặt: Bảo tồn hệ sinh thái ở trạng thái “nguyên sinh” và “ít bị tác động” tự nhiên hoặc gần với tự nhiên;
+ Đảm bảo các quá trình tái sinh tự nhiên được diễn ra mà không có sự can thiệp của con người;
+ Bảo vệ các địa điểm cần thiết cho việc nhân giống, gây nuôi, thuần hóa, ngăn ngừa nạn khai thác trái phép hoặc làm xáo trộn các sinh cảnh tự nhiên;
+ Bảo vệ các sinh cảnh quan trọng của các loài động thực vật nguy cấp quý hiếm hoặc có giá trị khoa học và kinh tế cao;
+ Cho phép nghiên cứu quá trình diễn thế tự nhiên của các hệ sinh thái và các loài mà không có sự can thiệp từ con người;
+ Thúc đẩy bảo vệ các các hệ sinh thái, các sinh cảnh hoặc khu vực khỏi các nguy cơ bị đe dọa (như các khu vực có nguy cơ cháy rừng cao ).
- Phân khu phục hồi sinh thái: Bảo vệ ở mức độ cao hơn đối với các hệ sinh thái và diễn thế tự nhiên quan trọng mà không cần thiết đưa vào phân khu bảo vệ nghiêm ngặt.
+ Bảo tồn các cá thể và quần thể loài có tầm quan trọng đối với công tác bảo tồn nhằm mục đích đảm bảo việc bảo vệ các loài động thực vật quan trọng và các quần thể của chúng trong khu vực và sinh cảnh của chúng, đặc biệt những loài có thể bị xáo trộn ít hoặc không thường xuyên cần thúc đẩy việc bảo vệ ở mức độ cao đối với đa dạng sinh học của khu vực không cần thiết đưa vào phân khu bảo vệ nghiêm ngặt;
+ Quản lý, kiểm soát, phục hồi và khôi phục sinh cảnh;
+ Phục hồi và tái sinh các hệ sinh thái bị xuống cấp hoặc bị tổn hại có giá trị bảo tồn tiềm năng; Tạo sinh cảnh (ví dụ tạo nên những hệ sinh thái rừng trồng bằng loài cây bản địa gần giống với hệ sinh thái tự nhiên trước đây); Quản lý hoặc loại trừ các loài ngoại lai xâm hại; Kiểm soát sinh cảnh nhằm đảm bảo tính phù hợp đối với các loài nguy cấp quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng; tái tạo hoặc thả lại các loài bản địa;
+ Tạo cơ hội cho các hoạt động tái tạo hướng về tự nhiên, có ít tác động không chuyên sâu giúp khách du lịch có được trải nghiệm hoặc thưởng thức môi trường tự nhiên của Vườn quốc gia;
+ Tạo vùng đệm cho phân khu bảo vệ nghiêm ngặt ngăn ngừa những nguy cơ từ bên ngoài và tránh các khu vực được sử dụng đặc biệt;
+ Phục vụ nghiên cứu các loài, hệ sinh thái và quá trình tự nhiên cũng như ảnh hưởng của hoạt động của con người đối với chúng;
+ Phục vụ nghiên cứu thực nghiệm không mang tính hủy hoại đối với các loài, sinh cảnh và hệ sinh thái;
+ Phục vụ nghiên cứu về sử dụng tài nguyên và các dịch vụ môi trường rừng;
+ Giúp giảm thiểu nguy cơ gây hại đối với Vườn quốc gia;
+ Đảm bảo duy trì chất lượng cảnh quan tự nhiên trong khu vực rộng lớn, giúp ngăn chặn việc xây dựng các công trình mang tính xâm phạm như đường giao thông, đường điện ;
+ Phục vụ việc quy hoạch Vườn quốc gia với trung tâm là phân khu bảo vệ nghiêm ngặt và kết nối với mạng lưới sinh thái nằm ngoài Vườn quốc gia;
- Phân khu dịch vụ - hành chính:được thực hiện theo quy định sau đây: + Các công trình được xây dựng không được mở rộng ra ngoài ranh giới của phân khu này;
+ Việc xây dựng các công trình phải đảm bảo tuân thủ kiến trúc xây dựngphù hợp với địa phương, hài hòa với cảnh quan Vườn quốc gia, giảm thiểu tác động đến giá trị tài nguyên và môi trường.
Qua quá trình khảo sát trên các tuyến và phỏng vấn các chủ đầu tư và đơn vị thi công cho thấy các công trình xây dựng tại VQG Tam Đảo đều đảm bảo nghiêm túc quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường như đều có báo cáo đánh giá tác động môi trường được cấp có thẩm quyền phê duyệt, trong quá trình triển khai không làm ảnh hưởng đến cảnh quan, môi trường và các