Tái cấu trúc hệ thống ngân hàng sẽ bao gồm các hoạt động: giải thể một số ngân hàng yếu kém, tiến hành sáp nhập một số ngân hàng yếu hơn vào ngân hàng khoẻ mạnh, và củng cố lại hoạt động của các ngân hàng còn lại trong hệ thống để đảm bảo rằng sau khi tái cơ cấu, hệ thống ngân hàng sẽ hoạt động an toàn hơn và hiệu quả hơn. Khác với việc xử lý một ngân hàng yếu kém trong thời kỳ bình thường, tái cấu trúc hệ thống ngân hàng đòi hỏi một kế hoạch đồng bộ và dài hạn, bao gồm trình tự xử lý cũng như xây dựng các kịch bản dự phòng cho các tình huống xấu nhất, để sao cho trong quá trình tái cấu trúc, hoạt động thanh toán và hoạt động tín dụng của hệ thống không bị ảnh hưởng.
Trong số những biện pháp nêu trên thì tái cấu trúc thông qua hoạt động mua bán sáp nhập (M&A) có thể giảm sở hữu chéo. Những ngân hàng có cùng một chủ sở hữu sẽ phải được gom về một chủ để dễ dàng quản lý, hoặc sáp nhập các ngân hàng
nhỏ vào các ngân hàng lớn hơn để nâng cao năng lực tài chính của ngân hàng. Tình huống hợp nhất 3 ngân hàng Tín Nghĩa, Đệ Nhất và SCB, hoặc Habubank sáp nhập vào SHB và hàng loạt các trường hợp sáp nhập khác trong năm 2013 – 2014 là minh chứng cho thấy giải pháp này khả thi.
Tuy nhiên, có một số vấn đề mà Chính phủ cần thực hiện để đảm bảo hiệu quả của quá trình tái cấu trúc. Thứ nhất, minh bạch hóa trong quá trình thực hiện các giao dịch mua bán sáp nhập các ngân hàng. Khi hoàn thành giao dịch M&A, cần công bố thông tin về việc ai là người chủ sở hữu sau cùng của các ngân hàng. Thứ hai, NHNN cần đưa ra các văn bản pháp lý rõ ràng về các hoạt động mua bán nợ, đặc biệt đối với các nhà đầu tư nước ngoài. Đây là một yêu cầu rất quan trọng để đẩy nhanh việc giải quyết nợ xấu, nợ quá hạn trong thời gian tới. Thứ ba, Chính phủ cần hình thành một quỹ tái cấu trúc hệ thống ngân hàng. Kinh nghiệm của các nước trên thế giới cho thấy quá trình tiến hành tái cấu trúc hệ thống ngân hàng chắc chắn sẽ tốn kém. Vì lẽ đó, việc hình thành một quỹ tái cấu trúc riêng do Bộ Tài chính và NHNN cùng quản lý sẽ phù hợp hơn.