Hiện tại cơ cấu lƣơng và phân chia lợi nhuận của Vietcombank đã có sự phân hóa các vị trí. Tuy nhiên, chƣa phát huy đƣợc tính hiệu quả bởi Vietcombank chƣa có thƣớc đo rõ ràng, chênh lệch lƣơng chƣa tƣơng xƣớng với sự khác nhau của từng vị trị công việc, mà chỉ mang tính hình thức. Bên cạnh đó, mỗi lần ban hành quy chế lƣơng mới phải mất một thời gian đƣa vào áp dụng thử nghiệm lại bộc lộ những điểm yếu của nó. Điển hình năm 2014 – 2015, đã thay đổi nhiều lần công thức trả lƣơng, điều này ảnh hƣởng đến tâm lý của nhân viên.
Chính sách chia tiền thƣởng giữa các chi nhánh còn phụ thuộc vào sự đóng góp lợi nhuận của chi nhánh đó trong toàn hệ thống. Do đó, mặc dù các chi nhánh hoàn thành các chỉ tiêu, nhƣng nếu lợi nhuận không cao vẫn không thể nhận đƣợc
mức thƣởng cao. Các chi nhánh sẽ chạy theo các chỉ tiêu mang lại lợi nhuận, và bỏ lại các chỉ tiêu khác, điều này làm cho các chi nhánh sẽ phát triển không toàn diện.
Hiện việc phân chia các chia nhánh theo mô hình 12 chức năng chuẩn đang bộc lộ điểm mạnh, và điểm yếu của nó. Mặc dù điểm mạnh là làm rõ chức năng của các phòng ban, bộ phận; giúp các bộ phận nắm đƣợc các phạm vi công việc, tuy nhiên quản lý khách hàng lại đƣợc đặt nặng trên vai của cán bộ bán hàng, trong khi tỉ lệ cán bộ bán hàng tại Vietcombank là chƣa nhiều. Ngoài ra, công tác bán chéo tại quầy luôn là kênh quan trọng trong phát triển khách hàng, tuy nhiên Vietcombank luôn là một trong những ngân hàng đông khách, áp lực tác nghiệp, giải phóng khách hàng tại quầy giao dịch phần nào là mất đi cơ hội tiếp thị sản phẩm của ngân hàng.
Nhân viên phòng giao dịch tại Vietcombank còn phải kiêm nhiệm nhiều chức năng, do vậy thời gian giải quyết công việc giấy tờ hàng ngày cũng làm cho nhân viên không thể làm tròn vai của mình trong việc làm hài lòng khách hàng, chăm sóc đến những nhu cầu gia tăng khi khách hàng đến giao dịch.